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万見
- PDB-3p9k: Crystal structure of perennial ryegrass LpOMT1 complexed with S-a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p9k
タイトルCrystal structure of perennial ryegrass LpOMT1 complexed with S-adenosyl-L-homocysteine and coniferaldehyde
要素Caffeic acid O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / S-adenosylmethionine dependent O-methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / catechol O-methyltransferase activity / : / : / catechol O-methyltransferase / methylation / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能
Plant methyltransferase dimerisation / Dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Plant methyltransferase dimerisation / Dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2E)-3-(4-hydroxy-3-methoxyphenyl)prop-2-enal / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Caffeic acid O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Lolium perenne (ホソムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Louie, G.V. / Noel, J.P. / Bowman, M.E.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2010
タイトル: Structure-Function Analyses of a Caffeic Acid O-Methyltransferase from Perennial Ryegrass Reveal the Molecular Basis for Substrate Preference.
著者: Louie, G.V. / Bowman, M.E. / Tu, Y. / Mouradov, A. / Spangenberg, G. / Noel, J.P.
履歴
登録2010年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caffeic acid O-methyltransferase
B: Caffeic acid O-methyltransferase
C: Caffeic acid O-methyltransferase
D: Caffeic acid O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,83712
ポリマ－156,5874
非ポリマー2,2508
水5,657314
1
A: Caffeic acid O-methyltransferase
B: Caffeic acid O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4196
ポリマ－78,2942
非ポリマー1,1254
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8960 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area26850 Å2
手法PISA
2
C: Caffeic acid O-methyltransferase
D: Caffeic acid O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4196
ポリマ－78,2942
非ポリマー1,1254
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8830 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area26280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.375, 85.062, 98.586
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.750, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Caffeic acid O-methyltransferase


分子量: 39146.754 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lolium perenne (ホソムギ) / 遺伝子: LpOMT1, OMT1 / プラスミド: pHIS8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZTU2, catechol O-methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物
ChemComp-CIY / (2E)-3-(4-hydroxy-3-methoxyphenyl)prop-2-enal / Coniferaldehyde / コニフェリルアルデヒド


分子量: 178.185 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.15 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M sodium succinate, 28% (w/v) PEG 5000 monomethylether, 2 mM dithiothreitol, 2.5 mM S-adenosyl-L-homocysteine, 5 mM coniferaldehyde, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→48.693 Å / Num. obs: 78617 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.25-2.372.90.4391.32834799200.43998.1
2.37-2.523.20.31923010895560.319100
2.52-2.693.70.292.13349289730.2999.9
2.69-2.93.90.2092.93291884090.20999.9
2.9-3.183.90.1523.83025577380.15299.9
3.18-3.563.90.1114.72701469720.11199.7
3.56-4.113.80.0865.62351661700.08699.6
4.11-5.033.60.07361908452400.07399.8
5.03-7.123.90.0686.61570340750.06899.9
7.12-48.6933.90.0586.9898522880.05899.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.9データスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BOSデータ収集
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3P9I

3p9i


解像度: 2.25→48.693 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7169 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Maximum likelihood
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 3952 5 %random
Rwork0.2316 ---
obs-78617 98.6 %-
溶媒の処理Bsol: 30.688 Å2
原子変位パラメータBiso max: 107.12 Å2 / Biso mean: 34.915 Å2 / Biso min: 3.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.832 Å20 Å2-1.096 Å2
2---23.019 Å20 Å2
3---12.187 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→48.693 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10760 0 156 314 11230
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.214
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.9642
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.1232.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.0523
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.5614
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.25-2.350.36234070.354580088415
2.35-2.480.32414260.29982218647
2.48-2.630.31774500.274381988648
2.63-2.830.29694430.254782598702
2.83-3.120.28054750.236182008675
3.12-3.570.27544160.226882538669
3.57-4.50.20824210.18883008721
4.5-48.6930.2154490.196483938842
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2sah.par
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4cfh.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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