PDB-3p8d: Crystal structure of the second Tudor domain of human PHF20 (homo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3p8d

タイトル

Crystal structure of the second Tudor domain of human PHF20 (homodimer form)

要素

Medulloblastoma antigen MU-MB-50.72

キーワード

PROTEIN BINDING / Tudor domain / LYSINE-METHYLATED P53 BINDING / HISTONE BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

NSL complex / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / MLL1 complex / histone acetyltransferase complex / Stabilization of p53 / Regulation of TP53 Degradation / chromatin organization / HATs acetylate histones / nuclear membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Cui, G. / Lee, J. / Thompson, J.R. / Botuyan, M.V. / Mer, G.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: PHF20 is an effector protein of p53 double lysine methylation that stabilizes and activates p53.
著者: Cui, G. / Park, S. / Badeaux, A.I. / Kim, D. / Lee, J. / Thompson, J.R. / Yan, F. / Kaneko, S. / Yuan, Z. / Botuyan, M.V. / Bedford, M.T. / Cheng, J.Q. / Mer, G.

履歴

登録	2010年10月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年8月15日	Group: Database references
改定 1.3	2012年9月26日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3p8d.ent.gz	49.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	3p8d_full_validation.pdf.gz	433.4 KB	表示
XML形式データ	3p8d_validation.xml.gz	8.2 KB	表示
CIF形式データ	3p8d_validation.cif.gz	11.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/3p8d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/3p8d	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2ldmC 3sd4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qii-1 5xqn-d 5xqr-d 3mn2-1 5zrx-1 5svi-d 1cgn-d 1grw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (3) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (3) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (3) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (3)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (4)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (3)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (3)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Medulloblastoma antigen MU-MB-50.72

B: Medulloblastoma antigen MU-MB-50.72

15.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.548, 48.548, 96.149
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	Medulloblastoma antigen MU-MB-50.72 / PHD FINGER PROTEIN 20 分子量: 7589.581 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 84-147 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PTEV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z5E2, UniProt: Q9BVI0*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.04 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 12% PEG8000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.992349 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.992349 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→23.54 Å / Num. obs: 14859 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 31.8
反射シェル	解像度: 2→2.15 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.315 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_357)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→23.54 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2622	753	5.07 %
R_work	0.2284	-	-
obs	0.2301	14859	98.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 78.366 Å² / k_sol: 0.371 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.5201 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.5201 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.0403 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→23.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	856	0	0	147	1003

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	912
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.654	1234
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.573	316
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	138
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	154

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.1542	0.3559	158	0.3146	2742	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1542-2.3708	0.3706	154	0.2794	2851	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3708-2.7135	0.3593	158	0.2959	2805	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7135-3.417	0.2352	148	0.2019	2838	X-RAY DIFFRACTION	99
3.417-23.54	0.209	135	0.1847	2870	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3541	-0.3349	0.0802	0.2508	-0.0908	0.0445	1.9291	0.4283	-1.1914	-0.9243	-0.6527	0.5149	3.2373	-2.4777	0.0126	0.922	-0.0131	-0.1531	0.7486	-0.1606	0.602	2.5338	-2.3582	-17.6074
2	0.5049	-0.3822	0.1538	0.5343	-0.46	0.3185	0.2487	-0.4236	-1.5902	-0.1342	-0.2065	0.8685	0.9293	-1.1935	0.0002	0.7497	-0.1421	0.0035	0.4427	-0.0491	0.6905	4.2324	-2.83	-8.4939
3	0.4442	0.5022	0.4904	0.4408	0.5737	0.5065	0.0745	-0.9442	-0.4668	1.0122	-0.0324	0.665	0.722	0.4477	0.0004	0.3625	-0.0362	0.0415	0.3854	-0.0264	0.4818	14.6217	7.1522	-2.3348
4	0.2113	-0.3628	-0.2642	1.0089	-0.066	0.7609	-0.2917	-1.1667	-0.8129	0.2224	-0.0267	-1.0815	0.9743	0.9872	0.0001	0.4484	0.1019	0.005	0.4099	0.0504	0.4634	13.576	0.9939	-2.6138
5	0.1674	-0.0141	-0.2118	0.381	0.2228	0.2123	-0.2158	0.7293	0.4771	0.1134	-0.1016	0.7098	1.2242	-1.3197	0.0006	0.5457	-0.241	-0.1034	0.6926	0.1467	0.4593	-0.3874	2.0191	-9.6166
6	0.3856	0.0598	0.3946	-0.079	0.0191	0.1882	-0.0131	-0.8765	-0.6566	0.0676	-0.3671	0.3187	0.3818	0.1176	0.0015	0.4183	-0.0386	-0.0555	0.5544	0.0686	0.4414	1.6344	7.649	-17.7239
7	0.6346	0.6217	0.1561	0.4978	0.4802	0.8162	0.1818	0.0725	-0.6491	0.6259	0.4886	0.424	0.1652	-0.8435	-0.0034	0.44	-0.0356	-0.053	0.4232	0.0344	0.4736	3.1008	2.9747	-3.4333
8	0.4675	-0.15	-0.1003	0.5367	0.3542	0.1984	0.3213	0.546	0.1657	0.2837	-0.356	-0.165	-1.2237	0.1381	-0.0018	0.3867	0.08	0.0573	0.4173	0.1106	0.4977	3.8821	7.7661	-2.9272
9	0.6927	-0.346	-0.2056	0.1902	-0.0074	0.2449	-0.8018	1.7634	0.6199	-1.6955	0.6652	0.1176	1.8698	-0.8097	0.0006	0.6337	-0.2069	-0.043	0.6467	-0.0655	0.4525	9.204	5.7745	-16.0777
10	1.446	0.1736	0.528	0.4689	0.6527	0.8439	-0.7873	0.4502	-0.9395	-0.3821	0.9464	-1.0484	2.2226	-0.4344	-0	0.8259	0.0434	-0.0044	0.3387	-0.0912	0.5013	11.0883	-2.1838	-10.6369
11	0.8446	-0.7914	-0.2894	0.6596	0.1182	0.0985	0.074	-1.7249	1.9291	0.2862	0.2206	-2.0912	-1.5239	2.8325	0.01	0.7166	-0.2687	-0.2604	1.0352	-0.2058	0.6611	26.7946	22.5329	4.3303
12	0.4422	-0.4721	-0.6019	0.8313	0.1202	1.0891	0.473	-0.5565	0.1041	-0.1255	-0.5803	-0.9149	-0.2437	0.7548	0.0001	0.3674	-0.0934	-0.021	0.5936	0.0164	0.5298	25.636	17.1429	-4.0941
13	0.4916	0.6255	0.481	0.9349	0.609	0.4958	-0.1751	0.8834	0.4689	-1.1482	0.0071	-1.278	0.2403	1.0857	0.003	0.371	0.0251	0.0544	0.4173	0.0661	0.5029	19.0749	9.0862	-10.0193
14	0.5255	0.3073	-0.0555	0.55	-0.7426	0.9281	0.137	0.1007	0.5892	-0.0476	-0.0416	-0.3709	-0.8486	1.3945	-0.0007	0.4338	-0.1176	0.0173	0.5176	-0.0142	0.4009	23.7191	19.9945	-6.9967
15	0.0111	-0.0076	-0.0653	0.119	0.1541	0.3081	-0.2775	0.5067	0.1641	-1.3631	0.825	0.8466	0.0676	0.112	-0.0013	0.6023	-0.1586	0.0589	0.4693	-0.0524	0.4848	16.615	24.5281	5.8488
16	0.6549	0.5643	0.3375	1.1482	0.0749	0.598	0.2716	0.0269	0.2274	0.6407	0.0301	0.2693	-0.6911	0.264	0.0006	0.4678	-0.012	0.0682	0.4234	-0.0849	0.315	20.5485	21.0593	-5.3199
17	0.6529	0.3401	0.3662	0.1557	0.0605	0.3682	-0.2455	0.0559	-0.1765	0.3599	0.2253	-0.3962	-0.5538	-0.5713	-0.001	0.4335	0.0978	0.0753	0.4299	0.0391	0.4488	16.5155	20.3747	-9.2567
18	0.5892	-0.459	0.0587	0.7327	-0.3967	0.3117	0.777	-2.8831	0.8602	1.3308	-0.7838	0.3977	-2.0139	1.3281	-0.0008	0.5246	-0.1477	-0.0243	0.7309	-0.0095	0.3887	18.543	15.2066	3.8289
19	0.8058	-0.5267	1.0919	1.862	0.0791	1.5575	-0.2789	0.7132	1.0379	-0.0164	0.3645	-1.1178	-0.2456	2.0001	-0.0013	0.2675	-0.017	-0.0719	0.9634	-0.0516	0.5408	26.7397	13.4994	-1.6413

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 25:29)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 30:35)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 36:40)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 41:44)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 45:50)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 51:56)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 57:61)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 62:67)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 68:71)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 72:77)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 25:30)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 31:36)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 37:42)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 43:48)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 49:54)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 55:61)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 62:67)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 68:71)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 72:77)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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