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万見
- PDB-3p89: FXR bound to a quinolinecarboxylic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p89
タイトルFXR bound to a quinolinecarboxylic acid
要素
  • Farnesoid X receptor
  • Nuclear receptor coactivator 1
キーワードTRANSCRIPTION/INHIBITOR / nuclear receptor FXR / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of urea metabolic process / chenodeoxycholic acid binding / positive regulation of phosphatidic acid biosynthetic process / positive regulation of glutamate metabolic process / positive regulation of ammonia assimilation cycle / regulation of low-density lipoprotein particle clearance / intracellular triglyceride homeostasis / cellular response to bile acid / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / negative regulation of interleukin-1 production ...regulation of urea metabolic process / chenodeoxycholic acid binding / positive regulation of phosphatidic acid biosynthetic process / positive regulation of glutamate metabolic process / positive regulation of ammonia assimilation cycle / regulation of low-density lipoprotein particle clearance / intracellular triglyceride homeostasis / cellular response to bile acid / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / negative regulation of interleukin-1 production / regulation of bile acid biosynthetic process / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / toll-like receptor 9 signaling pathway / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / bile acid nuclear receptor activity / bile acid metabolic process / bile acid binding / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / cell-cell junction assembly / positive regulation of female receptivity / cellular response to fatty acid / regulation of cholesterol metabolic process / negative regulation of interleukin-2 production / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / bile acid and bile salt transport / male mating behavior / hypothalamus development / intracellular glucose homeostasis / positive regulation of interleukin-17 production / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of type II interferon production / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / Synthesis of bile acids and bile salts / negative regulation of tumor necrosis factor production / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / fatty acid homeostasis / response to retinoic acid / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / nuclear retinoid X receptor binding / estrous cycle / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / histone acetyltransferase activity / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / intracellular receptor signaling pathway / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / : / Notch signaling pathway / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of cellular response to insulin stimulus / positive regulation of neuron differentiation / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / response to progesterone / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / cholesterol homeostasis / cerebellum development / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / transcription coregulator binding / hippocampus development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / euchromatin / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / male gonad development / nuclear receptor activity / : / response to estradiol / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / cellular response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Bile acid receptor, ligand binding domain / Thyroid hormone receptor / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain ...Bile acid receptor, ligand binding domain / Thyroid hormone receptor / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / : / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-89P / Nuclear receptor coactivator / Bile acid receptor / Nuclear receptor coactivator 1 / Bile acid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Madauss, K.P. / Williams, S.P. / Deaton, D.N.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: Conformationally constrained farnesoid X receptor (FXR) agonists: Heteroaryl replacements of the naphthalene.
著者: Bass, J.Y. / Caravella, J.A. / Chen, L. / Creech, K.L. / Deaton, D.N. / Madauss, K.P. / Marr, H.B. / McFadyen, R.B. / Miller, A.B. / Mills, W.Y. / Navas, F. / Parks, D.J. / Smalley, T.L. / ...著者: Bass, J.Y. / Caravella, J.A. / Chen, L. / Creech, K.L. / Deaton, D.N. / Madauss, K.P. / Marr, H.B. / McFadyen, R.B. / Miller, A.B. / Mills, W.Y. / Navas, F. / Parks, D.J. / Smalley, T.L. / Spearing, P.K. / Todd, D. / Williams, S.P. / Wisely, G.B.
履歴
登録2010年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Farnesoid X receptor
B: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9014
ポリマ－28,2712
非ポリマー6292
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area11500 Å2
手法PISA
2
A: Farnesoid X receptor
B: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子

A: Farnesoid X receptor
B: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子

A: Farnesoid X receptor
B: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,70312
ポリマ－84,8146
非ポリマー1,8886
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation23_566y,-z+3/2,-x+3/21
crystal symmetry operation32_656-z+3/2,x,-y+3/21
Buried area5780 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area32270 Å2
手法PISA
3
A: Farnesoid X receptor
B: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)346,81048
ポリマ－339,25724
非ポリマー7,55424
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_756-x+2,y,-z+11
crystal symmetry operation4_576x,-y+2,-z+11
crystal symmetry operation21_554y,z+1/2,x-1/21
crystal symmetry operation22_756-y+2,z+1/2,-x+3/21
crystal symmetry operation23_566y,-z+3/2,-x+3/21
crystal symmetry operation24_764-y+2,-z+3/2,x-1/21
crystal symmetry operation29_554z+1/2,x,y-1/21
crystal symmetry operation30_576z+1/2,-x+2,-y+3/21
crystal symmetry operation31_674-z+3/2,-x+2,y-1/21
crystal symmetry operation32_656-z+3/2,x,-y+3/21
Buried area34550 Å2
ΔGint-372 kcal/mol
Surface area117650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.911, 159.911, 159.911
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number196
Space group name H-MF23

-
要素

#1: タンパク質 Farnesoid X receptor / Nuclear receptor subfamily 1 / group H / member 4 / isoform CRA_a


分子量: 26854.730 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 244-472 / 変異: C432E, C466E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: hCG_20893, NR1H4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6ZGS9, UniProt: Q96RI1*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 1 / Steroid receptor coactivator 1 / SRC-1


分子量: 1416.645 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 745-755 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BHLHE74, NCOA1, SRC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A8K1V4, UniProt: Q15788*PLUS, histone acetyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-89P / 6-(4-{[3-(2,6-dichlorophenyl)-5-(1-methylethyl)isoxazol-4-yl]methoxy}phenyl)quinoline-2-carboxylic acid


分子量: 533.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H22Cl2N2O4
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.9 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: peg3350 20%, .2 M Li2SO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 15143 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.12 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.3811.40.48914660.8681100
2.38-2.4811.40.36215060.8541100
2.48-2.5911.40.24615090.8371100
2.59-2.7311.40.18714960.9091100
2.73-2.911.40.13215140.8851100
2.9-3.1211.40.09115130.9781100
3.12-3.4411.40.06615211.2161100
3.44-3.9311.30.05115071.5131100
3.93-4.9511.30.03915371.5391100
4.95-5010.70.03615741.6199.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
StructureStudioデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→48.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / WRfactor Rfree: 0.2692 / WRfactor Rwork: 0.2472 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8015 / SU B: 14.594 / SU ML: 0.172 / SU R Cruickshank DPI: 0.3376 / SU Rfree: 0.2408 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2547 1110 7.3 %RANDOM
Rwork0.2254 ---
obs0.2276 15137 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.2 Å2 / Biso mean: 54.898 Å2 / Biso min: 18.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1849 0 42 76 1967
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0221933
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021249
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8931.9852627
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80933052
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6255231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.60724.83591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.2715319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.634159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.2296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022137
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02383
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2971.51172
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0431.5466
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.56621875
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7893761
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.314.5752
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 88 -
Rwork0.292 1009 -
all-1097 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0699-0.3533-0.59742.4051-0.2122.2173-0.12470.00180.130.20510.14140.48620.0085-0.467-0.01670.04660.00390.03990.1110.00840.125126.9422158.7413105.0297
27.0304-1.8327-2.07883.2097-1.21629.2303-0.2598-0.01090.5412-0.02430.15940.4439-0.084-0.23380.10050.07030.0196-0.04530.08670.04140.2279122.6034176.062396.6582
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A247 - 471
2X-RAY DIFFRACTION2B745 - 755

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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