PDB-3p7f: Structure of the human Langerin carbohydrate recognition domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3p7f

タイトル

Structure of the human Langerin carbohydrate recognition domain

要素

C-type lectin domain family 4 member K

キーワード

IMMUNE SYSTEM / C-type lectin / membrane protein / glycoprotein / Langerin / DC-SIGN / Carbohydrate binding protein / Calcium binding / sugar binding / Langerhans cells / CD207

機能・相同性

機能・相同性情報

Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / pattern recognition receptor activity / D-mannose binding / endocytic vesicle / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / carbohydrate binding / early endosome membrane / defense response to virus / immune response / external side of plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Skerra, A. / Schiefner, A.

引用

ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2008
タイトル: The carbohydrate recognition domain of Langerin reveals high structural similarity with the one of DC-SIGN but an additional, calcium-independent sugar-binding site.
著者: Chatwell, L. / Holla, A. / Kaufer, B.B. / Skerra, A.

履歴

登録	2010年10月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2010年11月3日	ID: 3BBS
改定 1.0	2010年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3p7f.cif.gz	230.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3p7f.ent.gz	187.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3p7f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/3p7f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/3p7f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3p7gSC 3p7hC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1vee-d 2liz-d 2rq9-d 2erb-2 2jn8-d 3zbd-1 1wxv-d 1x53-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (8) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (8) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (6) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#232 - 2019年4月
タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals)
類似性 (8)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (8)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (6)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#69 - 2005年9月
コレラ毒素 (Cholera Toxin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: C-type lectin domain family 4 member K

B: C-type lectin domain family 4 member K

C: C-type lectin domain family 4 member K

D: C-type lectin domain family 4 member K

ヘテロ分子

67.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: C-type lectin domain family 4 member K

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: C-type lectin domain family 4 member K

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: C-type lectin domain family 4 member K

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.8 kDa, 1 ポリマー

4

D: C-type lectin domain family 4 member K

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.760, 79.760, 90.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	77
Space group name H-M	P4₂

#1: タンパク質	C-type lectin domain family 4 member K / Langerin 分子量: 16805.736 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal domain (UNP Residues 193-328) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD207, CLEC4K, Leucocyte cDNA / プラスミド: pLA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83 / 参照: UniProt: Q9UJ71
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: Protein: 10mg/ml Langerin in 10 mM Tris/HCl pH 7.5; Reservoir: 0.1 M Na-cacodylate, 13 %(w/v) PEG4000, 0.1 M MgCl2, 5mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年3月22日
放射	モノクロメーター: Osmic confocal Max-Flux Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 19624 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 36.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 2159 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3P7G

3p7g

解像度: 2.5→28.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 21.295 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.979 / ESU R Free: 0.301 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24288	991	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18655	-	-	-
obs	0.18938	18632	99.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.053 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.46 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4273	0	4	109	4386

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	4455
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.176	1.909	6077
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.419	5	521
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.293	24.22	218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.57	15	663
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.061	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	589
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3532
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.403	1.5	2618
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.822	2.5	4222
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.749	3.5	1837
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.908	10	1855
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	99	-
R_work	0.237	1341	-
obs	-	-	99.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9885	-0.9243	-0.7381	3.1068	-0.0108	4.0436	0.0003	0.0529	-0.0796	-0.0586	-0.0436	0.0841	0.0707	-0.0787	0.0432	0.0465	0.0112	-0.0608	0.0914	-0.0276	0.0895	7.0174	15.9775	-33.8065
2	3.2192	0.502	0.1794	2.8154	-0.5699	2.7482	-0.0716	0.0915	0.3303	-0.2872	-0.0376	0.2253	-0.268	-0.1422	0.1092	0.1144	0.0653	-0.0779	0.087	-0.036	0.1385	4.7873	25.8897	-33.9789
3	14.3808	16.0459	7.8845	17.9458	9.2476	9.4366	1.2386	0.2311	-2.5788	1.6073	0.2464	-2.865	1.2886	1.7783	-1.485	0.6043	0.2886	-0.2349	0.9472	-0.1002	0.4926	27.3625	4.6427	-29.621
4	3.4211	-0.5701	1.6712	3.3811	-1.4018	3.0871	0.11	0.2059	0.3746	-0.1778	-0.1178	-0.1789	-0.3052	0.1911	0.0078	0.107	-0.0039	0.0526	0.0971	0.0309	0.0998	32.7214	29.4943	-32.4
5	5.3457	0.6128	0.2648	3.4935	1.4903	0.7	0.2113	0.2224	-0.5526	0.0125	-0.234	0.0587	0.1439	-0.0865	0.0227	0.3073	0.0402	-0.0195	0.0752	0.0059	0.0952	28.4734	13.9707	-32.8286
6	2.1996	0.6406	0.1952	2.9626	-0.4419	3.2204	0.0541	0.1603	-0.1141	-0.2034	-0.053	-0.2966	0.1946	0.3237	-0.001	0.0541	-0.0204	0.0232	0.1404	0.0113	0.0621	36.6451	21.0547	-31.8773
7	4.7186	1.484	-0.7996	2.6921	-1.4339	3.0878	-0.056	-0.136	-0.2708	0.0732	0.0147	-0.1695	0.4228	0.0309	0.0413	0.1026	0.0043	-0.0303	0.0223	0.0289	0.0826	30.5423	13.0401	-6.3511
8	5.6903	-0.8766	0.7198	2.8326	1.6519	1.5758	-0.1329	-0.1115	0.7101	0.1206	-0.0089	-0.0761	-0.2844	-0.0801	0.1418	0.344	0.0258	-0.0442	0.0787	-0.0107	0.1401	32.2325	26.8129	-4.5719
9	4.7363	-1.3266	-0.4019	0.64	-0.4249	4.1137	-0.0127	0.1945	-0.3321	-0.2588	0.0714	0.2935	0.5228	-0.3388	-0.0587	0.313	-0.0574	-0.192	0.1334	0.0726	0.2051	27.2002	10.9797	-8.7827
10	20.3796	-0.5773	-0.6096	13.766	0.9354	11.3907	-0.0046	0.073	0.8824	-0.2363	-0.0927	0.1698	-0.8969	-0.6033	0.0973	0.2176	-0.0471	0.0754	0.1401	-0.0697	0.1247	8.3505	33.9532	-2.4336
11	3.5209	-0.9957	0.269	3.9108	0.3651	4.3784	0.1141	-0.0158	-0.0331	0.0391	-0.2194	0.2086	0.0018	-0.1804	0.1053	0.0583	-0.0507	0.0425	0.0831	-0.017	0.0891	5.8471	21.4806	-8.1842
12	2.9694	0.0392	-0.0601	3.5073	0.5804	4.886	0.0945	-0.109	-0.2764	0.3559	-0.2335	0.2265	0.4215	-0.4051	0.1389	0.109	-0.0364	0.0715	0.1719	-0.0334	0.1501	2.1477	16.8305	-6.1852

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	198 - 263
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	264 - 321
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	322 - 331
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	196 - 256
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	257 - 284
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	285 - 325
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	198 - 241
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	242 - 312
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	313 - 331
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	196 - 207
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	208 - 276
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	277 - 325

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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