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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p5s
タイトルStructural insights into the catalytic mechanism of CD38: Evidence for a conformationally flexible covalent enzyme-substrate complex
要素CD38 molecule
キーワードHYDROLASE / CD38 / CYCLIC ADP RIBOSE / ECTO-ADP-RIBOSYL CYCLASE / GLYCOSIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / transferase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP-ribosyl cyclase (CD38/157) / ADP-ribosyl cyclase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AVU / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Egea, P.F. / Muller-Stauffler, H. / Kohn, I. / Cakou-Kefir, C. / Stroud, R.M. / Kellenberburger, E. / Schuber, F.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Insights into the mechanism of bovine CD38/NAD+glycohydrolase from the X-ray structures of its Michaelis complex and covalently-trapped intermediates.
著者: Egea, P.F. / Muller-Steffner, H. / Kuhn, I. / Cakir-Kiefer, C. / Oppenheimer, N.J. / Stroud, R.M. / Kellenberger, E. / Schuber, F.
履歴
登録2010年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD38 molecule
B: CD38 molecule
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8998
ポリマ－63,1742
非ポリマー1,7256
水6,143341
1
A: CD38 molecule
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4504
ポリマ－31,5871
非ポリマー8633
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CD38 molecule
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4504
ポリマ－31,5871
非ポリマー8633
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.205, 80.029, 157.725
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CD38 molecule / Ecto-NAD+ glycohydrolase


分子量: 31587.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: CD38 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q9TTF5, NAD+ glycohydrolase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-AVU / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3R,4R)-4-fluoro-3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate / arabinosyl-2-fluoro-deoxy-adenosine diphosphate ribose, ara-2'F-ADPR


分子量: 545.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22FN5O12P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20-30% PEG 4000, 50-250 mM AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM CACODYLATE OR SODIUM ACETATE OR MES AT PH-6.0-6.5, pH 6.0 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
PH範囲: 6.0 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月25日 / 詳細: could not see them
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→78.8 Å / Num. all: 110000 / Num. obs: 39086 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
ELVES精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3GC6

3gc6


解像度: 1.95→40.014 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: random throughout, test set / σ(F): 0 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2515 2902 7.73 %random
Rwork0.2053 ---
obs0.209 37543 86.15 %-
all-39086 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.574 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.467 Å20 Å20 Å2
2--1.5643 Å2-0 Å2
3---3.9028 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→40.014 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3753 0 108 341 4202
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094025
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1925458
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8881582
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079586
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005699
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.01970.36332910.28713208X-RAY DIFFRACTION82
2.0197-2.10060.30032810.2533501X-RAY DIFFRACTION87
2.1006-2.19620.30922860.23623477X-RAY DIFFRACTION88
2.1962-2.3120.27692980.21613529X-RAY DIFFRACTION89
2.312-2.45680.28882590.20893513X-RAY DIFFRACTION88
2.4568-2.64640.25552990.19673441X-RAY DIFFRACTION86
2.6464-2.91270.27192690.20613471X-RAY DIFFRACTION86
2.9127-3.3340.23062930.20173380X-RAY DIFFRACTION84
3.334-4.19980.23162840.18233401X-RAY DIFFRACTION83
4.1998-40.02290.2133420.19383720X-RAY DIFFRACTION88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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