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- PDB-3p54: Crystal Structure of the Japanese Encephalitis Virus Envelope Pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p54
タイトルCrystal Structure of the Japanese Encephalitis Virus Envelope Protein, strain SA-14-14-2.
要素envelope glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Viral envelope proteins / structural genomics / fusion peptide / antibody epitopes / Flavivirus / Japanese Encephalitis Virus / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus ...Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Japanese encephalitis virus (日本脳炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.097 Å
データ登録者Luca, V.C. / Nelson, C.A. / AbiMansour, J.P. / Diamond, M.S. / Fremont, D.H. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of the Japanese encephalitis virus envelope protein.
著者: Luca, V.C. / Abimansour, J. / Nelson, C.A. / Fremont, D.H.
履歴
登録2010年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年12月28日Group: Database references
改定 1.32012年2月8日Group: Database references
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: envelope glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6861
ポリマ－43,6861
非ポリマー00
水3,783210
1
A: envelope glycoprotein

A: envelope glycoprotein

A: envelope glycoprotein

A: envelope glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,7454
ポリマ－174,7454
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area5730 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area72320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.111, 62.398, 243.038
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

#1: タンパク質 envelope glycoprotein


分子量: 43686.277 Da / 分子数: 1 / 断片: JEV Envelope residues 295-700 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: refolded
由来: (組換発現) Japanese encephalitis virus (日本脳炎ウイルス)
株: SA-14-14-2 / 遺伝子: Envelope protein E / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q99DQ9, UniProt: P27395*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 16% PEG 3350, 0.2M Sodium citrate, 0.1M Tris pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 4.3 % / Av σ(I) over netI: 15.16 / 数: 115887 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 1.05 / D res high: 2.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 26920 / % possible obs: 96.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.525098.710.0311.054.6
3.594.5292.310.0580.9924.2
3.143.5999.810.061.0314.4
2.853.1499.110.0711.0654.3
2.652.8598.210.1011.0984.3
2.492.659810.1451.0744.3
2.372.4997.610.2081.024.4
2.262.379510.2791.0384.2
2.182.2693.610.3261.0353.9
2.12.1896.910.4271.0614.4
反射解像度: 2.097→50 Å / Num. all: 27776 / Num. obs: 26920 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 1.047 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.097-2.184.40.42726501.061196.9
2.18-2.263.90.32625381.035193.6
2.26-2.374.20.27926091.038195
2.37-2.494.40.20826671.02197.6
2.49-2.654.30.14526971.074198
2.65-2.854.30.10127081.098198.2
2.85-3.144.30.07127601.065199.1
3.14-3.594.40.0627721.031199.8
3.59-4.524.20.05825950.992192.3
4.52-504.60.03129241.05198.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å30.19 Å
Translation4 Å30.19 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.097→30.188 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8662 / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2242 1284 5 %RANDOM
Rwork0.1788 ---
all0.1811 27776 --
obs0.1811 25663 92.24 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.732 Å2 / ksol: 0.311 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 162.61 Å2 / Biso mean: 54.6726 Å2 / Biso min: 5.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5614 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.0597 Å2-0 Å2
3----0.4982 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.097→30.188 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3045 0 0 210 3255
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093117
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0984218
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074475
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005543
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7321104
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0971-2.18110.22941360.20372470260686
2.1811-2.28030.34431160.25692220233677
2.2803-2.40050.2491410.20462621276290
2.4005-2.55080.21491400.18352722286294
2.5508-2.74760.22561470.17642775292295
2.7476-3.02390.24971480.18682840298897
3.0239-3.46090.21961500.18322907305799
3.4609-4.35830.22371460.16012752289893
4.3583-30.19090.18791600.16213072323299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.89770.0074-0.43663.53120.18050.0893-0.2192-0.7063-0.16391.192-0.2984-0.0094-0.05140.3450.33280.432-0.00670.05240.36230.12050.1996-16.2651-20.0399-40.0904
20.4459-0.0847-1.0833.13921.09522.90810.08310.084-0.41060.3112-0.5740.83960.79080.31070.59130.42330.0340.1330.38350.07310.3075-23.0534-8.896-39.8521
31.65811.3292-2.26394.8706-1.22393.15880.20990.0493-0.01190.7030.21740.8033-0.036-0.178-0.27410.2330.00250.06060.1120.02920.1601-17.4587-11.7127-45.1385
4-0.6735-0.1645-0.4056-0.4069-1.30787.52950.10790.2068-0.0949-0.1224-0.25420.0331-1.48690.47550.17620.993-0.0737-0.02080.67110.1620.2287-8.3797-18.977616.8508
52.929-0.44440.54253.6651.16271.2274-0.1267-0.9437-0.02471.16930.394-0.34150.00730.2481-0.07340.59660.0739-0.07640.37860.04360.1529-9.7301-10.6934-35.0075
62.5465-0.41321.24913.0829-1.46051.3026-0.1158-0.41170.27431.16360.3465-0.6869-0.4290.1244-0.03120.46170.0289-0.06460.2864-0.04870.0843-8.665-5.9465-39.0664
70.6988-1.3016-0.0514.88930.76110.1887-0.1245-0.5562-0.0128-0.37110.5879-0.3571-0.1589-0.829-0.14661.36430.33390.05151.6079-0.15210.9064-20.9853-6.4614-17.5157
81.1411-0.9268-0.21581.30380.14890.0643-0.06540.14890.046-0.4816-0.2474-0.2891.31310.5980.34241.59440.4010.0060.79780.09890.1946-12.4807-17.9377-9.5814
90.54020.9702-1.18032.9836-3.90095.11120.4086-0.1040.04081.4783-0.10450.5619-1.42640.4125-0.24190.9750.10440.08340.52240.00020.2094-16.0272-12.71442.1295
100.31220.13230.46971.1748-0.34330.9010.1959-0.0514-0.24690.1244-0.49010.02520.38980.58050.47010.94890.00950.02820.71430.02190.1534-10.932-26.543412.7128
110.4720.08430.10471.3687-0.28370.08470.1320.24930.0403-0.6595-0.45850.02020.00210.37820.29511.47540.1399-0.00460.9806-0.07810.2481-10.9472-17.5718-14.6068
124.2085-1.6873-3.16362.39511.3772.382-0.29610.2549-0.16062.00580.44910.16040.5666-0.7120.03892.16970.20880.44430.76230.01360.5798-16.0857-13.8743-23.1003
130.9277-0.4-1.53940.4461.12373.29730.1414-0.07010.29450.10540.2146-0.1771-0.332-0.0158-0.28240.20030.07470.00470.1002-0.00440.1967-15.2492-4.1821-48.2292
140.18140.35350.10421.09460.13920.9046-0.03650.1567-0.2726-0.1519-0.29310.06730.00920.03820.25070.09110.01640.020.1094-0.03320.1726-5.8754-20.0506-67.921
150.148-0.2329-0.13551.9535-0.06630.79870.0514-0.02780.0410.0042-0.062-0.112-0.00270.01050.00630.0304-0.0098-0.00280.04040.0160.1139-13.5023-22.8521-58.7873
164.43861.4869-2.43091.7441-0.71642.39770.29150.4357-0.6561-0.5284-0.67630.0037-0.1024-0.19730.2871-0.161-0.2254-0.0768-0.0029-0.07490.1384-19.7602-30.9191-60.2372
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:12)A1 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 13:29)A13 - 29
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 30:44)A30 - 44
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 45:130)A45 - 130
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 131:150)A131 - 150
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 151:192)A151 - 192
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 193:201)A193 - 201
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 202:213)A202 - 213
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 214:234)A214 - 234
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 235:265)A235 - 265
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 266:278)A266 - 278
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 279:284)A279 - 284
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 285:302)A285 - 302
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 303:308)A303 - 308
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 309:386)A309 - 386
16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 387:404)A387 - 404

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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