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- PDB-3p51: Three-dimensional structure of protein Q2Y8N9_NITMU from nitrosos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p51
タイトルThree-dimensional structure of protein Q2Y8N9_NITMU from nitrosospira multiformis, Northeast structural genomics consortium target NMR118
要素Uncharacterized protein
キーワードStructural genomics / Unknown function / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport
機能・相同性情報
生物種Nitrosospira multiformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.056 Å
データ登録者Kuzin, A. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...Kuzin, A. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target NmR118
著者: Kuzin, A. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2010年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月22日Group: Structure summary

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4181
ポリマ－18,4181
非ポリマー00
水2,558142
1
A: Uncharacterized protein

A: Uncharacterized protein

A: Uncharacterized protein

A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6724
ポリマ－73,6724
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+4/31
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+4/31
Buried area4550 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area24340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.409, 80.409, 108.256
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-242-

HOH

21A-298-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 18417.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nitrosospira multiformis (バクテリア)
株: ATCC 25196 / NCIMB 11849 / 遺伝子: Nmul_A1581 / 株 (発現宿主): BL21(DE3) + Magic / 参照: UniProt: Q2Y8N9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: macrobatch under oil / pH: 7
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5), Reservoir solution: LiCl 4.42M, Bis-Tris Propane 0.1M, macrobatch under oil, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月1日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 23884 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 39.5
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 83.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.056→40.204 Å / FOM work R set: 0.84 / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 1229 10.01 %5%
Rwork0.191 ---
obs0.194 13511 91.3 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.833 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 128.04 Å2 / Biso mean: 45.23 Å2 / Biso min: 24.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.295 Å20 Å2-0 Å2
2--5.295 Å20 Å2
3----10.589 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.056→40.204 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1146 0 0 142 1288
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.9863 Å / Origin y: 18.729 Å / Origin z: 63.3293 Å
111213212223313233
T0.3621 Å2-0.0536 Å20.0444 Å2-0.2632 Å2-0.0089 Å2--0.2332 Å2
L1.3958 °2-0.4318 °2-0.3832 °2-0.5803 °20.6197 °2--0.6956 °2
S-0.1437 Å °0.1651 Å °-0.0943 Å °-0.0179 Å °-0.0021 Å °0.0505 Å °0.2048 Å °0.0199 Å °0.134 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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