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万見
- PDB-3p4h: Structures of archaeal members of the LigD 3'-phosphoesterase DNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p4h
タイトルStructures of archaeal members of the LigD 3'-phosphoesterase DNA repair enzyme superfamily
要素ATP-dependent DNA ligase, N-terminal domain protein
キーワードHYDROLASE / Phosphoesterase / Metalloenzyme / Manganese / beta barrel / phosphatase
機能・相同性DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain / DNA polymerase Ligase (LigD) / ligase activity / metal ion binding / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / ATP-dependent DNA ligase, N-terminal domain protein
機能・相同性情報
生物種Candidatus Korarchaeum cryptofilum (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Smith, P. / Nair, P.A. / Das, U. / Zhu, H. / Shuman, S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Structures and activities of archaeal members of the LigD 3'-phosphoesterase DNA repair enzyme superfamily.
著者: Smith, P. / Nair, P.A. / Das, U. / Zhu, H. / Shuman, S.
履歴
登録2010年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent DNA ligase, N-terminal domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1064
ポリマ－13,8501
非ポリマー2563
水3,891216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.769, 58.458, 33.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent DNA ligase, N-terminal domain protein


分子量: 13850.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Korarchaeum cryptofilum (古細菌)
株: OPF8 / 遺伝子: Kcr_0736 / プラスミド: pET28bSmt3His10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: B1L4V6
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: Crystallization was carried out in sitting-drop vapor-diffusion setups with 1:1 mixtures of protein solution containing 0.7 mM Cko and 1.8 mM MnCl2 and reservoir solution containing 20% PEG ...詳細: Crystallization was carried out in sitting-drop vapor-diffusion setups with 1:1 mixtures of protein solution containing 0.7 mM Cko and 1.8 mM MnCl2 and reservoir solution containing 20% PEG 3350 and 0.2 M Na2HPO4 , pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月2日
放射モノクロメーター: Double silicon(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→30 Å / Num. all: 42013 / Num. obs: 40543 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 10.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 42
反射 シェル解像度: 1.1→1.12 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / % possible all: 90.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3N9B

3n9b


解像度: 1.1→23.397 Å / SU ML: 0.1 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1647 4161 10.27 %Random
Rwork0.1321 ---
obs0.1354 40516 96.49 %-
all-42013 --
溶媒の処理減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.996 Å2 / ksol: 0.293 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2895 Å2-0 Å21.2613 Å2
2---1.9815 Å2-0 Å2
3---0.4927 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→23.397 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数963 0 13 216 1192
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111213
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4061659
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.155501
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095166
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007218
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.1-1.13930.20644010.18833439343992
1.1393-1.18490.1983850.15723479347992
1.1849-1.23890.2143900.15993512351293
1.2389-1.30420.19784010.15163567356795
1.3042-1.38590.18394290.12953637363797
1.3859-1.49290.17024360.12233659365998
1.4929-1.6430.15254390.11123719371999
1.643-1.88070.16214330.1183737373799
1.8807-2.36910.16014230.123837723772100
2.3691-23.40260.15224240.134338343834100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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