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- PDB-3p45: Crystal structure of apo-caspase-6 at physiological pH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p45
タイトルCrystal structure of apo-caspase-6 at physiological pH
要素(caspase-6) x 2
キーワードHYDROLASE / protease / Huntington's disease / mature apo-caspase-6 / physiological pH / competitive inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase-6 / Breakdown of the nuclear lamina / regulation of programmed cell death / cellular response to staurosporine / positive regulation of necroptotic process / hepatocyte apoptotic process / Apoptotic cleavage of cellular proteins / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / pyroptotic inflammatory response / protein autoprocessing ...caspase-6 / Breakdown of the nuclear lamina / regulation of programmed cell death / cellular response to staurosporine / positive regulation of necroptotic process / hepatocyte apoptotic process / Apoptotic cleavage of cellular proteins / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / pyroptotic inflammatory response / protein autoprocessing / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / epithelial cell differentiation / cysteine-type peptidase activity / activation of innate immune response / positive regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of apoptotic process / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / proteolysis / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Caspase-like / Rossmann fold - #1460 / Peptidase C14 family / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain ...Caspase-like / Rossmann fold - #1460 / Peptidase C14 family / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Mueller, I. / Lamers, M.B.A.C. / Ritchie, A.J. / Dominguez, C. / Munoz, I. / Maillard, M. / Kiselyov, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structures of active and inhibitor-bound human Casp6
著者: Mueller, I. / Lamers, M.B.A.C. / Ritchie, A.J. / Dominquez, C. / Munoz, I. / Maillard, M. / Kiselyov, A.
履歴
登録2010年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: caspase-6
B: caspase-6
C: caspase-6
D: caspase-6
E: caspase-6
F: caspase-6
G: caspase-6
H: caspase-6
I: caspase-6
J: caspase-6
K: caspase-6
L: caspase-6
M: caspase-6
N: caspase-6
O: caspase-6
P: caspase-6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)263,00416
ポリマ－263,00416
非ポリマー00
水3,621201
1
A: caspase-6
B: caspase-6
C: caspase-6
D: caspase-6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7514
ポリマ－65,7514
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8820 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area17100 Å2
手法PISA
2
E: caspase-6
F: caspase-6
G: caspase-6
H: caspase-6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7514
ポリマ－65,7514
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8140 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area17240 Å2
手法PISA
3
I: caspase-6
J: caspase-6
K: caspase-6
L: caspase-6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7514
ポリマ－65,7514
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8320 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area17000 Å2
手法PISA
4
M: caspase-6
N: caspase-6
O: caspase-6
P: caspase-6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7514
ポリマ－65,7514
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8380 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area17000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.230, 161.240, 88.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.800, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
caspase-6


分子量: 20474.346 Da / 分子数: 8 / 断片: unp residues 1-179 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P55212
#2: タンパク質
caspase-6


分子量: 12401.176 Da / 分子数: 8 / 断片: unp residues 193-293 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P55212
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 3.3 M sodium nitrate, 0.1 M Tris, 0.5 % ethyl acetate, 5 mM THP, pH 7.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→29.958 Å / Num. all: 75818 / Num. obs: 75818 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.53-2.672.80.551.430684110300.5599.8
2.67-2.832.80.4091.229640104820.409100
2.83-3.022.90.262.92801298200.26100
3.02-3.272.90.1674.52633091640.167100
3.27-3.582.90.1053.72427084520.105100
3.58-42.90.0811.92203576370.081100
4-4.622.90.04813.41958267440.048100
4.62-5.662.90.04314.71655656900.04399.9
5.66-82.90.04713.81294444210.04799.5
8-29.9582.90.03216.4691723780.03297.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 47.95 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.6 Å29.11 Å
Translation2.6 Å29.11 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.9データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.53→29.958 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / WRfactor Rfree: 0.2582 / WRfactor Rwork: 0.2047 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8316 / SU B: 21.529 / SU ML: 0.215 / SU R Cruickshank DPI: 0.4279 / SU Rfree: 0.2884 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.288 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2639 3815 5 %RANDOM
Rwork0.2072 ---
obs0.2101 75784 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 39.94 Å2 / Biso mean: 31.529 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.58 Å20 Å20.57 Å2
2---1.13 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.53→29.958 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12754 0 0 201 12955
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.02213041
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028941
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7421.94917551
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.987321667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.14951576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.29223.193592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.055152240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.0551572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.21933
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022863
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6391.57957
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1291.53259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.234212704
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9835084
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2154.54847
LS精密化 シェル解像度: 2.53→2.596 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 264 -
Rwork0.337 5290 -
all-5554 -
obs--99.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6539-0.50720.16681.7412-1.15453.0081-0.079-0.0507-0.22680.12480.04890.1322-0.04120.0720.03010.1537-0.00610.00380.1662-0.0430.060431.811-40.024106.224
21.9942-1.1674-0.21864.02411.34774.0209-0.1987-0.0628-0.12230.2518-0.00220.52930.4010.12890.20090.20710.03050.12130.11960.10230.260633.354-68.405105.043
32.4867-0.13560.12941.7340.4394.28860.1493-0.0049-0.0327-0.1382-0.0495-0.1172-0.02760.3914-0.09970.1223-0.01970.00980.18070.02390.027839.668-37.33965.068
42.4107-0.67850.20293.2175-1.8493.53480.16340.0342-0.1272-0.39210.00980.41010.499-0.0156-0.17330.34850.0687-0.10340.1453-0.09290.163734.989-65.6563.66
51.8851-0.09490.50812.1467-0.34583.5997-0.07070.1181-0.0497-0.0790.09350.16940.03-0.064-0.02280.1147-0.03630.01190.14610.00380.024616.059-16.02622.237
62.85440.448-1.35582.1413-0.55362.8870.02930.39610.3309-0.07360.12880.3314-0.1604-0.3904-0.15810.1477-0.0302-0.13630.40410.09090.2672-12.284-14.0718.756
72.78980.3365-1.55352.84170.06533.43060.218-0.25540.19280.0863-0.16370.2915-0.25930.0774-0.05420.1722-0.0820.00640.161-0.03880.042311.22-11.70363.612
83.63241.39080.88361.6578-0.0063.12750.0963-0.23290.65890.1502-0.1540.3665-0.1374-0.22880.05770.1228-0.010.12610.3007-0.12870.3467-17.278-14.6260.59
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A31 - 163
2X-RAY DIFFRACTION1B198 - 291
3X-RAY DIFFRACTION2C31 - 162
4X-RAY DIFFRACTION2D200 - 291
5X-RAY DIFFRACTION3E31 - 162
6X-RAY DIFFRACTION3F202 - 292
7X-RAY DIFFRACTION4H200 - 291
8X-RAY DIFFRACTION4G32 - 162
9X-RAY DIFFRACTION5I31 - 163
10X-RAY DIFFRACTION5J201 - 292
11X-RAY DIFFRACTION6K31 - 163
12X-RAY DIFFRACTION6L202 - 291
13X-RAY DIFFRACTION7M31 - 163
14X-RAY DIFFRACTION7N202 - 292
15X-RAY DIFFRACTION8P201 - 292
16X-RAY DIFFRACTION8O31 - 162

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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