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- PDB-3p3q: Crystal Structure of MmoQ Response regulator from Methylococcus c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p3q
タイトルCrystal Structure of MmoQ Response regulator from Methylococcus capsulatus str. Bath at the resolution 2.4A, Northeast Structural Genomics Consortium Target McR175M
要素MmoQ
キーワードTRANSCRIPTION / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


diguanylate cyclase / negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase activity / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / phosphorelay signal transduction system / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Metal-dependent hydrolase HDOD / HDOD domain / HD-related output (HDOD) domain profile. / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase ...Metal-dependent hydrolase HDOD / HDOD domain / HD-related output (HDOD) domain profile. / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
diguanylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Methylococcus capsulatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kuzin, A.P. / Vorobiev, S.M. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Janjua, J. / Xiao, R. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. ...Kuzin, A.P. / Vorobiev, S.M. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Janjua, J. / Xiao, R. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target McR175M
著者: Kuzin, A.P. / Vorobiev, S.M. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Janjua, J. / Xiao, R. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / ...著者: Kuzin, A.P. / Vorobiev, S.M. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Janjua, J. / Xiao, R. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2010年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2010年11月10日ID: 3LJV
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月22日Group: Structure summary
改定 1.32021年10月6日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MmoQ
B: MmoQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7796
ポリマ－62,4682
非ポリマー3114
水1,51384
1
A: MmoQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4494
ポリマ－31,2341
非ポリマー2153
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MmoQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3302
ポリマ－31,2341
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area22610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.231, 76.156, 160.281
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細monomer,33.14 kD,98.2%

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要素

#1: タンパク質 MmoQ / Response regulator


分子量: 31233.928 Da / 分子数: 2 / 変異: R49S, A242T, W293R, P300G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylococcus capsulatus (バクテリア)
遺伝子: MCA1203, mmoQ, MMOQ; / プラスミド: PET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ MAGIC / 参照: UniProt: Q7WZ31
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月12日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 40031 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LJV

3ljv
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.4→38.248 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2553 1109 5.12 %
Rwork0.1938 --
obs0.197 21674 98.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.926 Å2 / ksol: 0.388 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.4044 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.3072 Å20 Å2
3----7.0971 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→38.248 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3776 0 16 84 3876
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083842
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.055216
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4641402
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066614
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005684
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3991-2.50830.30391430.24372499X-RAY DIFFRACTION98
2.5083-2.64050.27111380.21372528X-RAY DIFFRACTION99
2.6405-2.80590.30871510.19952515X-RAY DIFFRACTION99
2.8059-3.02250.26521190.20762578X-RAY DIFFRACTION99
3.0225-3.32650.30091410.20222572X-RAY DIFFRACTION99
3.3265-3.80740.25871500.19472568X-RAY DIFFRACTION99
3.8074-4.79550.22321370.17022605X-RAY DIFFRACTION99
4.7955-38.25280.21671300.18672700X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.3762 Å / Origin y: -17.8726 Å / Origin z: -17.5589 Å
111213212223313233
T0.0765 Å2-0.0138 Å2-0.0016 Å2-0.093 Å20.0118 Å2--0.096 Å2
L0.5267 °20.2307 °20.0687 °2-0.1985 °20.0603 °2--0.5446 °2
S0.0093 Å °0.0343 Å °0.0613 Å °-0.0418 Å °0.0167 Å °0.053 Å °0.0149 Å °0.0319 Å °-0.0002 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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