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- PDB-3p2n: Discovery and structural characterization of a new glycoside hydr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p2n
タイトルDiscovery and structural characterization of a new glycoside hydrolase family abundant in coastal waters that was annotated as 'hypothetical protein'
要素3,6-anhydro-alpha-L-galactosidase
キーワードHYDROLASE / 5-bladed beta-propeller / glycoside hydrolase family GH117 / 3 / 6-anhydro-alpha-L-galactosidase / agaro-oligosaccharides / CARBOHYDRATE HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-neoagaro-oligosaccharide hydrolase / alpha-neoagaro-oligosaccharide hydrolase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
3,6-anhydro-alpha-l-galactosidase / : / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. ...3,6-anhydro-alpha-l-galactosidase / : / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3,6-anhydro-alpha-L-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Zobellia galactanivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Rebuffet, E. / Barbeyron, T. / Czjzek, M. / Michel, G.
引用ジャーナル: Environ Microbiol / 年: 2011
タイトル: Discovery and structural characterization of a novel glycosidase family of marine origin.
著者: Rebuffet, E. / Groisillier, A. / Thompson, A. / Jeudy, A. / Barbeyron, T. / Czjzek, M. / Michel, G.
履歴
登録2010年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月27日Group: Advisory / Refinement description
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3,6-anhydro-alpha-L-galactosidase
B: 3,6-anhydro-alpha-L-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,5216
ポリマ－92,3202
非ポリマー2024
水12,106672
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area27790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.990, 96.803, 126.836
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 3,6-anhydro-alpha-L-galactosidase


分子量: 46159.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zobellia galactanivorans (バクテリア)
遺伝子: Zg4663 / プラスミド: PFO4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: F0V1E3*PLUS, alpha-neoagaro-oligosaccharide hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 672 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 14% PEG 6000, 4 mM Zinc chloride, 2% MPD, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 110.9184
シンクロトロンESRF ID14-220.933
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月12日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MADMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91841
20.9331
反射解像度: 1.95→45 Å / Num. all: 66181 / Num. obs: 62740 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 4086 / Rsym value: 0.435 / % possible all: 85.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 7.595 / SU ML: 0.096 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21323 3182 5.1 %RANDOM
Rwork0.16955 ---
obs0.1718 59557 94.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.486 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.69 Å20 Å20 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3----0.52 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.143 Å0.151 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5804 0 4 672 6480
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0226033
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8351.9348213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9175732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.79524.33291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.68515969
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0931529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1410.2829
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214739
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1461.53626
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.79225875
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.97232407
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4224.52338
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 219 -
Rwork0.22 3865 -
obs--85.51 %
精密化 TLS

L11: 0 °2 / L12: 0 °2 / L13: 0 °2 / L22: 0 °2 / L23: 0 °2 / L33: 0 °2 / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: 0 Å ° / T11: 0 Å2 / T12: 0 Å2 / T13: 0 Å2 / T22: 0 Å2 / T23: 0 Å2 / T33: 0 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDOrigin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
135.59251.318511.4795
228.0747-14.8474-19.2133
331.817-7.0305-4.7843
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A38 - 399
2X-RAY DIFFRACTION1A900 - 901
3X-RAY DIFFRACTION2B37 - 398
4X-RAY DIFFRACTION2B900 - 901
5X-RAY DIFFRACTION3A409 - 741
6X-RAY DIFFRACTION3B409 - 747

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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