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Yorodumi- PDB-5ye9: The crystal structure of Lp-PLA2 in complex with a novel inhibitor -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ye9 | ||||||
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Title | The crystal structure of Lp-PLA2 in complex with a novel inhibitor | ||||||
Components | Platelet-activating factor acetylhydrolase | ||||||
Keywords | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / hydrolase inhibitor / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information plasma lipoprotein particle oxidation / platelet activating factor catabolic process / calcium-independent phospholipase A2 activity / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / platelet activating factor metabolic process / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / lipid oxidation / phosphatidylcholine catabolic process / low-density lipoprotein particle / high-density lipoprotein particle ...plasma lipoprotein particle oxidation / platelet activating factor catabolic process / calcium-independent phospholipase A2 activity / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / platelet activating factor metabolic process / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / lipid oxidation / phosphatidylcholine catabolic process / low-density lipoprotein particle / high-density lipoprotein particle / low-density lipoprotein particle remodeling / positive regulation of monocyte chemotaxis / peptide hormone processing / hydrolase activity, acting on ester bonds / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / phospholipid binding / positive regulation of inflammatory response / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.876 Å | ||||||
Authors | Liu, Q.F. / Xu, Y.C. | ||||||
Citation | Journal: J. Med. Chem. / Year: 2017 Title: Structure-Guided Discovery of Novel, Potent, and Orally Bioavailable Inhibitors of Lipoprotein-Associated Phospholipase A2. Authors: Liu, Q. / Huang, F. / Yuan, X. / Wang, K. / Zou, Y. / Shen, J. / Xu, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ye9.cif.gz | 301.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ye9.ent.gz | 242.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ye9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5ye9_validation.pdf.gz | 783.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5ye9_full_validation.pdf.gz | 785.4 KB | Display | |
Data in XML | 5ye9_validation.xml.gz | 27.6 KB | Display | |
Data in CIF | 5ye9_validation.cif.gz | 39.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/5ye9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/5ye9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5ye7C 5ye8C 5yeaC 5i8pS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 43905.816 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 47-429 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PLA2G7, PAFAH / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q13093, 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1M MOPS pH 6.6, 0.4M Li2SO4, 27% (w/v) (NH4)2SO4, 1M Na-Ac, 1.4% 1,4-butanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.9791 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 9, 2017 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.876→87.62 Å / Num. obs: 66597 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 22.74 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.166 / Net I/σ(I): 10.6 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5I8P Resolution: 1.876→29.736 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.05
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 87.06 Å2 / Biso mean: 25.7158 Å2 / Biso min: 10.04 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.876→29.736 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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