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- PDB-5ye9: The crystal structure of Lp-PLA2 in complex with a novel inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ye9
タイトルThe crystal structure of Lp-PLA2 in complex with a novel inhibitor
要素Platelet-activating factor acetylhydrolase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / hydrolase inhibitor / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma lipoprotein particle oxidation / platelet activating factor catabolic process / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / platelet activating factor metabolic process / calcium-independent phospholipase A2 activity / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / lipid oxidation / low-density lipoprotein particle / high-density lipoprotein particle / low-density lipoprotein particle remodeling ...plasma lipoprotein particle oxidation / platelet activating factor catabolic process / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / platelet activating factor metabolic process / calcium-independent phospholipase A2 activity / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / lipid oxidation / low-density lipoprotein particle / high-density lipoprotein particle / low-density lipoprotein particle remodeling / positive regulation of monocyte chemotaxis / hydrolase activity, acting on ester bonds / phosphatidylcholine catabolic process / peptide hormone processing / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / phospholipid binding / positive regulation of inflammatory response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Platelet-activating factor acetylhydrolase, eucaryote / Platelet-activating factor acetylhydrolase, isoform II / Lipases, serine active site. / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8U6 / Platelet-activating factor acetylhydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.876 Å
データ登録者Liu, Q.F. / Xu, Y.C.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structure-Guided Discovery of Novel, Potent, and Orally Bioavailable Inhibitors of Lipoprotein-Associated Phospholipase A2.
著者: Liu, Q. / Huang, F. / Yuan, X. / Wang, K. / Zou, Y. / Shen, J. / Xu, Y.
履歴
登録2017年9月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Platelet-activating factor acetylhydrolase
B: Platelet-activating factor acetylhydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,0157
ポリマ－87,8122
非ポリマー1,2035
水4,017223
1
A: Platelet-activating factor acetylhydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6525
ポリマ－43,9061
非ポリマー7464
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area190 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area14130 Å2
手法PISA
2
B: Platelet-activating factor acetylhydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3632
ポリマ－43,9061
非ポリマー4581
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area14050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.091, 83.612, 96.601
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.900, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Platelet-activating factor acetylhydrolase / Lp-PLA2 / PAF acetylhydrolase / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / 2-acetyl-1- ...Lp-PLA2 / PAF acetylhydrolase / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / 2-acetyl-1-alkylglycerophosphocholine esterase / Group-VIIA phospholipase A2 / gVIIA-PLA2 / LDL-associated phospholipase A2 / LDL-PLA(2) / PAF 2-acylhydrolase


分子量: 43905.816 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 47-429 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLA2G7, PAFAH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q13093, 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase
#2: 化合物 ChemComp-8U6 / N-[4-[(3-cyano-4-naphthalen-2-yloxy-phenyl)sulfamoyl]phenyl]ethanamide


分子量: 457.501 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H19N3O4S
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M MOPS pH 6.6, 0.4M Li2SO4, 27% (w/v) (NH4)2SO4, 1M Na-Ac, 1.4% 1,4-butanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.876→87.62 Å / Num. obs: 66597 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 22.74 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.166 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.88-1.987.51.10599240.7180.4321.187100
5.93-87.626.90.05621980.9960.0230.06198.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.76 Å87.62 Å
Translation4.76 Å87.62 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.29データスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5I8P

5i8p


解像度: 1.876→29.736 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2008 3333 5.01 %
Rwork0.1669 --
obs0.1686 66566 97.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 87.06 Å2 / Biso mean: 25.7158 Å2 / Biso min: 10.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.876→29.736 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5713 0 81 223 6017
Biso mean--38.05 29.81 -
残基数----740
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075938
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0718063
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047874
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051034
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.512197
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8756-1.90240.30961630.250926582821100
1.9024-1.93080.2611630.226126552818100
1.9308-1.9610.251350.207526602795100
1.961-1.99310.23841410.19627052846100
1.9931-2.02750.22121410.188726962837100
2.0275-2.06430.24271070.19262105221280
2.0643-2.1040.19951420.181727162858100
2.104-2.14690.20311400.175526822822100
2.1469-2.19360.1961440.169426832827100
2.1936-2.24460.23961220.17882266238885
2.2446-2.30070.19311380.174326822820100
2.3007-2.36290.24061400.173926682808100
2.3629-2.43240.21921470.168526502797100
2.4324-2.51090.21611530.172926912844100
2.5109-2.60060.22431280.171427292857100
2.6006-2.70460.21441460.172226572803100
2.7046-2.82760.2121340.177327092843100
2.8276-2.97660.23651380.173327002838100
2.9766-3.16290.23071360.174826752811100
3.1629-3.40680.19651500.16427002850100
3.4068-3.7490.18081360.14982467260391
3.749-4.29010.15411290.14162590271995
4.2901-5.39980.14361280.138527312859100
5.3998-29.74010.18751320.16332758289099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0797-0.03340.39191.0851-0.31912.93160.02880.0987-0.1113-0.2269-0.0883-0.05960.31960.07180.07020.22120.0260.02520.1307-0.02320.1905-35.9982-40.909715.6206
24.1793-0.3562-1.26771.8233-0.39112.2048-0.04890.1905-0.1603-0.1112-0.06060.43660.2931-0.35910.15410.1582-0.0257-0.0190.15790.00250.1609-48.8331-38.227520.7059
31.2490.17420.02251.9755-0.36741.61920.00490.0146-0.0808-0.0597-0.01670.10590.1804-0.17190.030.1502-0.0085-0.01190.1412-0.0140.1791-41.3943-37.524420.2646
43.5697-3.5161-1.44017.7872.89553.2503-0.1302-0.13640.00080.22340.1102-0.21710.06630.06370.03470.1467-0.00790.00650.17660.03960.1533-30.6823-28.206626.8597
51.30230.0999-0.1331.9656-0.15791.1224-0.0529-0.0254-0.1271-0.0521-0.0478-0.29850.16180.1440.05840.14760.03620.02470.14450.01570.1617-29.5061-28.028416.7582
61.18830.3292-0.17532.8954-0.25481.970.01180.07820.0965-0.1482-0.01940.1587-0.0579-0.16510.02750.17070.0648-0.01450.17770.01840.1842-42.0784-18.438410.8022
71.7318-0.87470.02792.48150.04561.21370.09470.33110.0467-0.5393-0.1531-0.09530.0124-0.0370.04580.2750.05290.040.27320.00560.1845-34.0153-21.45971.215
81.17430.048-0.09591.3667-0.25221.674-0.0224-0.13010.07330.10030.0209-0.0715-0.01240.15770.00850.13380.0003-0.01450.1506-0.02130.12363.6688-26.959732.8792
91.8876-0.3711-0.25661.94910.42261.5937-0.00020.0192-0.06130.0551-0.05750.18660.0193-0.09730.04590.1213-0.0049-0.00110.14520.00120.1231-6.46-33.456923.192
100.6962-0.0934-0.20811.47640.37141.16970.0114-0.0171-0.05020.02870.0484-0.09890.01840.1305-0.04610.16330.0190.00530.18110.00710.149211.1594-37.42514.6264
113.577-1.55770.04272.1662-0.66942.3278-0.0280.23620.1699-0.229-0.0143-0.0284-0.1770.09190.06310.1908-0.02850.01390.15670.02960.14727.4477-26.79217.9583
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 55 through 86 )A55 - 86
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 87 through 111 )A87 - 111
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 112 through 210 )A112 - 210
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 211 through 240 )A211 - 240
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 241 through 324 )A241 - 324
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 325 through 376 )A325 - 376
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 377 through 425 )A377 - 425
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 55 through 210 )B55 - 210
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 211 through 312 )B211 - 312
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 313 through 376 )B313 - 376
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 377 through 424 )B377 - 425

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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