PDB-3p22: Crystal structure of the ENE, a viral RNA stability element, in c...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 3p22

タイトル

Crystal structure of the ENE, a viral RNA stability element, in complex with A9 RNA

要素

Core ENE hairpin from KSHV PAN RNA
oligo(A)9 RNA

キーワード

RNA / Major groove triple helix / viral non-coding RNA / stability element / Nucleus

機能・相同性

RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.501 Å

データ登録者

Mitton-Fry, R.M. / DeGregorio, S.J. / Wang, J. / Steitz, T.A. / Steitz, J.A.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Poly(A) tail recognition by a viral RNA element through assembly of a triple helix.
著者: Mitton-Fry, R.M. / DeGregorio, S.J. / Wang, J. / Steitz, T.A. / Steitz, J.A.

履歴

登録	2010年10月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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類似性 (1)

登録構造単位

A: Core ENE hairpin from KSHV PAN RNA

B: oligo(A)9 RNA

C: Core ENE hairpin from KSHV PAN RNA

D: oligo(A)9 RNA

E: Core ENE hairpin from KSHV PAN RNA

F: oligo(A)9 RNA

G: Core ENE hairpin from KSHV PAN RNA

H: oligo(A)9 RNA

63.3 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Core ENE hairpin from KSHV PAN RNA

B: oligo(A)9 RNA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Core ENE hairpin from KSHV PAN RNA

D: oligo(A)9 RNA

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15.8 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Core ENE hairpin from KSHV PAN RNA

F: oligo(A)9 RNA

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15.8 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Core ENE hairpin from KSHV PAN RNA

H: oligo(A)9 RNA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	144.746, 50.869, 91.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 125.06, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	E
1	2	C
2	2	G
1	3	B
2	3	F
1	4	D
2	4	H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GTP	GTP	C	C	A	A	1 - 40	1 - 40
2	1	GTP	GTP	C	C	E	E	1 - 40	1 - 40
1	2	GTP	GTP	C	C	C	C	1 - 40	1 - 40
2	2	GTP	GTP	C	C	G	G	1 - 40	1 - 40
1	3	A	A	A	A	B	B	1 - 9	1 - 9
2	3	A	A	A	A	F	F	1 - 9	1 - 9
1	4	A	A	HOH	HOH	D	D - L	1 - 9	2
2	4	A	A	HOH	HOH	H	H - O	1 - 9	2

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: RNA鎖	Core ENE hairpin from KSHV PAN RNA 分子量: 12905.439 Da / 分子数: 4 / 断片: hairpin from KSHV PAN RNA / 由来タイプ: 合成詳細: In vitro transcribed from plasmid template DNA using T7 RNA polymerase
#2: RNA鎖	oligo(A)9 RNA 分子量: 2917.895 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.16	62
2
3

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 17% MPD, 0.09 M magnesium acetate, 0.05 M MES, pH 5.6 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	2
3	100	3

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X29A	1	1.0809
シンクロトロン	NSLS	X29A	2	1.1048, 1.1052, 1.0858
シンクロトロン	NSLS	X29A	3	1.1051, 1.1054

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2009年7月11日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2009年10月10日
ADSC QUANTUM 315	3	CCD	2009年10月10日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SAGITALLY FOCUSED Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SAGITALLY FOCUSED Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2
3	SAGITALLY FOCUSED Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	3

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.0809	1
2	1.1048	1
3	1.1052	1
4	1.0858	1
5	1.1051	1
6	1.1054	1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 19113 / Num. obs: 18693 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 83.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 20.5

反射シェル

解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.977 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 85.3

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
CBASS	データ収集
MLPHARE	位相決定
REFMAC	精密化
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.501→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 26.367 / SU ML: 0.249 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.112 / ESU R Free: 0.29 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23343	965	5.2 %	RANDOM
R_work	0.21834	-	-	-
all	0.21913	18147	-	-
obs	0.21913	17722	97.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.938 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.48 Å²	0 Å²	-1.36 Å²
2-	-	2.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.501→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	4148	0	18	4166

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	4630
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.318	2.994	7210
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	962
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1990
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.083	3	4630
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.741	4.5	7206

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	853	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	A	853	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
2	C	853	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	C	853	TIGHT THERMAL	0.08	0.5
3	B	195	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
3	B	195	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
4	D	173	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
4	D	173	TIGHT THERMAL	0.04	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.501→2.566 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.445	62	-
R_work	0.445	1105	-
obs	-	-	81.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.2932	0.0939	0.5521	2.5071	0.2362	0.5246	0.115	-0.337	0.2348	-0.0374	-0.0058	0.0304	-0.1325	-0.087	-0.1092	0.0596	0.0086	0.0449	0.1322	0.0048	0.0446	-4.418	4.74	23.104
2	2.055	-0.4547	-0.5748	5.844	-1.2862	5.5022	0.0488	0.2035	0.0053	-0.259	0.0628	0.3744	0.1567	0.0935	-0.1116	0.0461	-0.0255	0.0282	0.1144	-0.0334	0.0873	6.951	8.217	10.446
3	5.0099	-1.7495	0.3124	3.3768	0.7943	0.4221	-0.0404	-0.065	-0.0595	0.0488	0.0994	0.1431	0.0301	-0.0819	-0.0589	0.0984	-0.0913	0.0425	0.1697	0.045	0.1173	23.079	15.963	4.906
4	2.6554	1.6349	3.8337	4.1558	0.4449	6.7988	0.1211	-0.2297	0.0059	0.0454	-0.1086	-0.1358	0.2048	-0.1925	-0.0125	0.0901	0.008	0.0354	0.2852	-0.1632	0.129	28.011	14.117	44.657
5	9.3442	-0.9659	0.318	8.4147	3.0909	2.7859	-0.2174	-0.3184	0.5621	-0.0819	0.4488	-0.4697	-0.0253	0.3037	-0.2314	0.155	-0.0727	0.0212	0.0999	-0.0629	0.0665	37.122	12.942	29.697
6	2.3685	-1.2148	0.5892	0.6802	-0.474	4.6792	-0.1425	-0.0479	-0.012	0.0987	0.0876	-0.0259	0.1594	0.0168	0.0549	0.1503	-0.0244	0.0228	0.1184	-0.0594	0.0317	35.328	8.646	11.069
7	4.8624	-1.9373	-0.2942	2.2586	-0.6268	1.4788	0.2	0.2422	0.3885	0.0051	-0.0102	0.2702	-0.1148	0.0005	-0.1898	0.0547	0.0114	0.0334	0.0926	0.0463	0.1549	49.28	-17.207	14.744
8	1.8977	-1.9851	-1.0451	8.5953	2.2097	9.2066	0.1003	-0.2489	0.1004	0.6508	0.272	-0.2361	0.2273	0.6326	-0.3723	0.1132	0.0067	0.055	0.1342	0.0399	0.3146	38.241	-16.068	28.403
9	3.0827	0.2425	-0.5582	1.6396	0.8857	3.2338	0.1278	-0.0646	0.2814	-0.0742	0.1846	-0.2128	-0.1728	0.1083	-0.3124	0.0786	0.0386	0.0611	0.1015	0.0069	0.1166	20.251	-11.493	33.009
10	3.0027	-0.7223	2.5207	1.0078	-2.9168	8.747	-0.0944	0.1574	-0.0029	-0.1932	0.0966	-0.0213	0.4858	-0.0716	-0.0021	0.0971	-0.0398	0.0398	0.1586	-0.0291	0.0397	18.307	-7.906	-8.56
11	5.1211	0.9676	-2.0426	6.5148	-0.8363	2.4366	-0.0307	-0.0117	0.3371	-0.132	0.0006	0.6465	-0.0504	-0.3333	0.0301	0.0606	0.0539	-0.0077	0.147	-0.0298	0.107	10.124	-11.257	6.286
12	2.1092	-0.6983	0.7452	1.879	1.8887	3.9443	-0.094	0.1358	-0.0103	-0.048	0.0505	-0.0731	0.1117	-0.0554	0.0435	0.1532	0.0096	0.1017	0.1712	0.0304	0.0776	10.379	-18.74	23.531
13	3.1666	-3.0366	-3.294	3.2512	2.8731	3.6672	-0.1042	-0.0314	0.1424	0.2127	0.0385	-0.3847	0.0189	0.0286	0.0656	0.1118	0.0372	-0.0209	0.1722	0.0261	0.2491	29.594	-7.988	3.91
14	3.4734	-0.0639	2.9396	1.8441	3.5205	9.4216	0.0683	0.2687	-0.0616	0.0359	0.1517	-0.0863	0.1276	0.5291	-0.22	0.1338	-0.0689	-0.0129	0.1617	-0.0153	0.0172	11.1	5.25	29.697
15	11.5798	-1.336	-7.1099	9.7971	0.7642	4.3669	0.4089	0.5482	0.646	0.4065	-0.0298	0.5436	-0.248	-0.3312	-0.3791	0.1461	-0.0547	0.055	0.1232	0.0928	0.2115	20.396	18.067	32.682
16	0.0884	-0.9468	0.9171	16.1665	-2.863	17.5966	0.0486	-0.0519	-0.0207	-0.2747	0.3559	0.0213	0.5903	-0.7732	-0.4045	0.025	-0.0199	0.0001	0.1063	0.0508	0.0682	35.551	-20.768	11.457

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	34 - 40
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	8 - 12
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	27 - 33
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 9
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	13 - 26
7	X-RAY DIFFRACTION	4	C	1 - 7
8	X-RAY DIFFRACTION	4	C	34 - 40
9	X-RAY DIFFRACTION	5	C	8 - 12
10	X-RAY DIFFRACTION	5	C	27 - 33
11	X-RAY DIFFRACTION	5	D	4 - 9
12	X-RAY DIFFRACTION	6	C	13 - 26
13	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 7
14	X-RAY DIFFRACTION	7	G	34 - 40
15	X-RAY DIFFRACTION	8	G	8 - 12
16	X-RAY DIFFRACTION	8	G	27 - 33
17	X-RAY DIFFRACTION	8	H	4 - 9
18	X-RAY DIFFRACTION	9	G	13 - 26
19	X-RAY DIFFRACTION	10	E	1 - 7
20	X-RAY DIFFRACTION	10	E	34 - 40
21	X-RAY DIFFRACTION	11	E	8 - 12
22	X-RAY DIFFRACTION	11	E	27 - 33
23	X-RAY DIFFRACTION	11	F	5 - 9
24	X-RAY DIFFRACTION	12	E	13 - 26
25	X-RAY DIFFRACTION	13	F	1 - 4
26	X-RAY DIFFRACTION	14	B	1 - 4
27	X-RAY DIFFRACTION	15	D	1 - 3
28	X-RAY DIFFRACTION	16	H	1 - 3

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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