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- PDB-3p1j: Crystal structure of human GTPase IMAP family member 2 in the nuc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p1j
タイトルCrystal structure of human GTPase IMAP family member 2 in the nucleotide-free state
要素GTPase IMAP family member 2
キーワードHYDROLASE / immunity / structural genomics consortium / gtpase / immunity-associated protein / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid droplet / GTP binding / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
GTPase GIMA/IAN/Toc / AIG1-type guanine nucleotide-binding (G) domain / AIG1 family / AIG1-type G domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GTPase IMAP family member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Shen, L. / Tempel, W. / Tong, Y. / Guan, X. / Nedyalkova, L. / Wernimont, A.K. / Mackenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. ...Shen, L. / Tempel, W. / Tong, Y. / Guan, X. / Nedyalkova, L. / Wernimont, A.K. / Mackenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Andrews, D.W. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of human GTPase IMAP family member 2 in the nucleotide-free state
著者: Shen, L. / Tempel, W. / Tong, Y. / Guan, X. / Nedyalkova, L. / Wernimont, A.K. / Mackenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Andrews, D.W. / Park, H.
履歴
登録2010年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPase IMAP family member 2
B: GTPase IMAP family member 2
C: GTPase IMAP family member 2
D: GTPase IMAP family member 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,72123
ポリマ－92,7214
非ポリマー019
水00
1
A: GTPase IMAP family member 2
D: GTPase IMAP family member 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,36016
ポリマ－46,3602
非ポリマー014
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area16370 Å2
手法PISA
2
B: GTPase IMAP family member 2
C: GTPase IMAP family member 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3607
ポリマ－46,3602
非ポリマー05
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1470 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area15570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.472, 132.472, 84.161
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質
GTPase IMAP family member 2 / Immunity-associated protein 2 / hIMAP2


分子量: 23180.244 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GIMAP2, IMAP2 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9UG22
#2: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 19 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 5-fold molar excess of GDP was added to protein stock solution. 1.4M sodium citrate, 0.1M HEPES, pH 7.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97895 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97895 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→40 Å / Num. obs: 26603 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 1.966 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.58-2.6750.99326352.057100
2.67-2.785.70.78926312.039100
2.78-2.916.10.52326772.092100
2.91-3.066.30.3826202.051100
3.06-3.256.30.22926552.093100
3.25-3.56.40.13326552.033100
3.5-3.856.30.08326522.089100
3.85-4.416.30.06226722.372100
4.41-5.556.30.0426791.586100
5.55-406.20.02527271.29799.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.8.0精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
MOLREP位相決定
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3LXW

3lxw
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.58→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9317 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9084 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2296 1005 3.78 %thin shells (sftools)
Rwork0.2053 ---
obs0.2062 26556 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 163.4 Å2 / Biso mean: 69.4552 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.4279 Å20 Å20 Å2
2---7.4279 Å20 Å2
3---14.8558 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.397 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5380 0 19 0 5399
拘束条件
Refine-IDタイプ数WeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d17832
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes1142
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes8225
X-RAY DIFFRACTIONt_it545320
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion7695
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact63314
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d545320.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg738621.06
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.67
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.73
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.69 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3199 83 2.8 %
Rwork0.2525 2884 -
all0.2548 2967 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7280.11610.68373.4441-0.03182.05630.0632-0.11970.18950.2452-0.19440.3813-0.037-0.11570.1312-0.0476-0.01910.1024-0.1393-0.0649-0.0873-59.5132-11.4107-1.7754
22.1497-1.79050.09165.28091.63082.9203-0.18580.08230.0513-0.0514-0.17390.1023-0.3467-0.41530.35970.001-0.0217-0.0705-0.2474-0.0298-0.1399-96.5506-14.007-26.395
33.5719-0.18312.47444.11921.25986.9890.0613-0.13010.2058-0.2299-0.2410.38310.5411-0.34560.1797-0.08170.0305-0.1095-0.2798-0.1232-0.1232-92.49252.60335.8582
42.7891-0.7903-0.51863.44470.75972.62230.08540.3688-0.2736-0.1095-0.0947-0.15560.1531-0.00250.0094-0.08550.0457-0.0165-0.0839-0.0738-0.1032-53.2768-31.1747-31.8415
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A21 - 225
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B21 - 224
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C21 - 226
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D21 - 225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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