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- PDB-3p11: anti-EGFR/HER3 Fab DL11 in complex with domains I-III of the HER3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p11
タイトルanti-EGFR/HER3 Fab DL11 in complex with domains I-III of the HER3 extracellular region
要素
  • Fab DL11 heavy chain
  • Fab DL11 light chain
  • Receptor tyrosine-protein kinase erbB-3
キーワードIMMUNE SYSTEM / beta-sandwich / antigens HER3
機能・相同性
機能・相同性情報


neuregulin binding / positive regulation of cardiac muscle tissue development / cranial nerve development / Schwann cell differentiation / neuregulin receptor activity / negative regulation of secretion / endocardial cushion development / ERBB3:ERBB2 complex / GRB7 events in ERBB2 signaling / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade ...neuregulin binding / positive regulation of cardiac muscle tissue development / cranial nerve development / Schwann cell differentiation / neuregulin receptor activity / negative regulation of secretion / endocardial cushion development / ERBB3:ERBB2 complex / GRB7 events in ERBB2 signaling / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / peripheral nervous system development / negative regulation of cell adhesion / ErbB-3 class receptor binding / negative regulation of motor neuron apoptotic process / motor neuron apoptotic process / growth factor binding / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / ERBB2 Regulates Cell Motility / protein tyrosine kinase activator activity / Signaling by ERBB4 / PI3K events in ERBB2 signaling / lateral plasma membrane / negative regulation of signal transduction / Schwann cell development / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Signaling by ERBB2 / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / myelination / SHC1 events in ERBB2 signaling / basal plasma membrane / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of epithelial cell proliferation / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / wound healing / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / Downregulation of ERBB2 signaling / receptor protein-tyrosine kinase / Signaling by ERBB2 KD Mutants / epidermal growth factor receptor signaling pathway / neuron differentiation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / transmembrane signaling receptor activity / PIP3 activates AKT signaling / regulation of cell population proliferation / heart development / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / neuron apoptotic process / basolateral plasma membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein kinase activity / positive regulation of MAPK cascade / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / extracellular space / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2 / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2 / 24 nucleotide stem-loop, u2 snrnp hairpin iv. U2 a'; Chain A / Receptor L-domain / Alpha-Beta Horseshoe / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain ...Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2 / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2 / 24 nucleotide stem-loop, u2 snrnp hairpin iv. U2 a'; Chain A / Receptor L-domain / Alpha-Beta Horseshoe / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Ribbon / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor tyrosine-protein kinase erbB-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Eigenbrot, C. / Shia, S.
引用ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2011
タイトル: A two-in-one antibody against HER3 and EGFR has superior inhibitory activity compared with monospecific antibodies.
著者: Schaefer, G. / Haber, L. / Crocker, L.M. / Shia, S. / Shao, L. / Dowbenko, D. / Totpal, K. / Wong, A. / Lee, C.V. / Stawicki, S. / Clark, R. / Fields, C. / Lewis Phillips, G.D. / Prell, R.A. ...著者: Schaefer, G. / Haber, L. / Crocker, L.M. / Shia, S. / Shao, L. / Dowbenko, D. / Totpal, K. / Wong, A. / Lee, C.V. / Stawicki, S. / Clark, R. / Fields, C. / Lewis Phillips, G.D. / Prell, R.A. / Danilenko, D.M. / Franke, Y. / Stephan, J.P. / Hwang, J. / Wu, Y. / Bostrom, J. / Sliwkowski, M.X. / Fuh, G. / Eigenbrot, C.
履歴
登録2010年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月21日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab DL11 heavy chain
L: Fab DL11 light chain
A: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,1336
ポリマ－105,2663
非ポリマー8673
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)208.392, 48.397, 130.381
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.71, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 Fab DL11 heavy chain


分子量: 24000.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pW0579-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Fab DL11 light chain


分子量: 23385.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pW0579-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-3 / Proto-oncogene-like protein c-ErbB-3 / Tyrosine kinase-type cell surface receptor HER3


分子量: 57879.645 Da / 分子数: 1 / Fragment: domains I-III, UNP residues 20-532 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERBB3, HER3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P21860, receptor protein-tyrosine kinase
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.22 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: PEG 1500, pH 9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月24日 / 詳細: Si
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. all: 13436 / Num. obs: 13436 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 12

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / SU B: 136.102 / SU ML: 0.889 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.995 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32299 574 5.1 %RANDOM
Rwork0.24542 ---
obs0.24922 10774 99.92 %-
all-13378 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 159.543 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.11 Å2-0 Å2-4.81 Å2
2--2.85 Å2-0 Å2
3----1.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7149 0 56 0 7205
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0227394
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024957
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1191.96110064
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.816312092
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5645931
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.54424.153313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.147151177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3661541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.21118
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218251
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021454
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2235
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1660.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.46514644
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.04711894
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08837504
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.78232750
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.15452560
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.7→3.899 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 95 -
Rwork0.345 1517 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2195-1.26792.09056.3613-0.43957.4268-0.0161-0.0188-0.0975-0.13370.02760.27190.15980.5046-0.01150.0793-0.0220.09920.0746-0.05380.165133.470832.8494-9.0325
24.7858-1.8780.8875.32191.13144.18450.2624-0.8561-0.20250.0147-0.0749-0.2144-0.23030.6103-0.18740.1652-0.01980.02210.53620.08330.038943.665629.942523.1522
36.4936-0.59851.12395.55021.30453.530.16570.1047-0.874-0.0471-0.14390.45330.209-0.3294-0.02180.1571-0.17260.01140.68560.11280.3039-14.3159-8.599-86.2934
45.39296.2644-2.52827.3001-2.95161.2004-0.67280.641.3305-1.29980.96631.48090.5788-0.3656-0.29351.91660.17890.20141.84740.05431.1446-27.565416.431-95.3811
55.0472-0.3602-7.347222.837-0.89418.30720.2935-0.01540.80310.33420.03561.32010.0316-0.2352-0.32920.45690.1446-0.0690.82280.06510.4555-26.344213.241-84.5845
624.819321.86771.405429.4462.15740.1632-0.0588-2.79771.1016-1.2214-0.04380.2291-0.11290.05920.10260.6054-0.0062-0.02361.1475-0.06360.5108-20.379114.2688-77.1534
710.32611.99414.40260.91080.00793.30670.3886-0.95772.04150.9359-0.56220.6911-1.1503-0.39490.17361.48-0.15380.35571.4576-0.0491.3025-20.561322.8784-63.3953
830.87844.3442-17.573542.2115-13.040612.6943-1.4558-2.2993-0.32211.66181.58011.0470.41440.7688-0.12431.2162-0.1108-0.37860.6257-0.1530.6649-9.57119.5911-62.7529
93.5789-8.6108-3.396721.04239.17926.4188-0.5939-0.2616-0.39471.20680.37290.9523-0.1453-0.2690.2210.7021-0.174-0.25331.0974-0.38450.954-5.573616.3477-56.4016
104.8626-0.32080.75998.24370.11426.9601-0.2240.1361-0.3162-0.38510.32660.1520.2421-0.2721-0.10260.1702-0.18170.04130.2293-0.06750.054520.107225.9959-39.4263
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H1 - 123
2X-RAY DIFFRACTION1L1 - 107
3X-RAY DIFFRACTION2H124 - 230
4X-RAY DIFFRACTION2L108 - 230
5X-RAY DIFFRACTION3A1 - 190
6X-RAY DIFFRACTION4A191 - 207
7X-RAY DIFFRACTION5A208 - 225
8X-RAY DIFFRACTION6A226 - 238
9X-RAY DIFFRACTION7A239 - 269
10X-RAY DIFFRACTION8A270 - 284
11X-RAY DIFFRACTION9A285 - 303
12X-RAY DIFFRACTION10A304 - 513

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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