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- PDB-3p0r: Crystal structure of azoreductase from Bacillus anthracis str. Sterne -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p0r
タイトルCrystal structure of azoreductase from Bacillus anthracis str. Sterne
要素Azoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Azoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN-dependent NADH-azoreductase / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H as acceptor / oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors / FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
NADH:quinone oxidoreductase, FMN-dependent / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / : / FMN-dependent NADH-azoreductase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.799 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of azoreductase from Bacillus anthracis str. Sterne
著者: Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2010年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Azoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7475
ポリマ－23,4181
非ポリマー3304
水3,099172
1
A: Azoreductase
ヘテロ分子

A: Azoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,49510
ポリマ－46,8352
非ポリマー6598
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area4800 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area18880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.391, 101.262, 63.134
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Azoreductase


分子量: 23417.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Sterne / 遺伝子: BAA_5688 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: C3P2H0, UniProt: Q81JP2*PLUS

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非ポリマー , 5種, 176分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.79 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 2M NH4 Sulfate, 1% PEG2KMME, 0.2M MgCl2, 0.1M Bicine, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月16日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.799→30 Å / Num. all: 21314 / Num. obs: 21314 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 30.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 32.5
反射 シェル解像度: 1.799→1.83 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHENIXモデル構築
CCP4モデル構築
MrBUMP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
BLU-MAXデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.799→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 5.475 / SU ML: 0.078 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23377 1086 5.1 %RANDOM
Rwork0.18818 ---
obs0.19038 20038 99.07 %-
all-20038 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.799 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.86 Å20 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3---0.77 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.799→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1612 0 19 172 1803
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221662
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021103
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5561.9752248
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89932711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8055207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.32225.55672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.72915277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.769153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2249
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211841
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02321
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8251.51033
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2651.5422
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.43821656
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5763629
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1414.5592
LS精密化 シェル解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 83 -
Rwork0.193 1445 -
obs--99.16 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.377 Å / Origin y: 43.0312 Å / Origin z: 41.1579 Å
111213212223313233
T0.0288 Å2-0.0087 Å2-0.0082 Å2-0.041 Å20.0106 Å2--0.0123 Å2
L0.6103 °2-0.153 °2-0.1611 °2-1.3849 °20.0573 °2--0.6356 °2
S-0.0103 Å °-0.0614 Å °-0.0073 Å °0.0836 Å °-0.0279 Å °-0.0856 Å °0.0671 Å °-0.0037 Å °0.0382 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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