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- PDB-3p0j: Leishmania major Tyrosyl-tRNA synthetase in complex with tyrosino... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p0j
タイトルLeishmania major Tyrosyl-tRNA synthetase in complex with tyrosinol, triclinic crystal form 1
要素Tyrosyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / aminoacyl-tRNA synthetase / tRNA ligase / aaRS / TyrRS / pseudodimer / translation / ATP-binding / nucleotide-binding / Structural Genomics / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / MSGPP
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / ciliary plasm / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...: / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-[(2S)-2-amino-3-hydroxypropyl]phenol / tyrosine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Larson, E.T. / Merritt, E.A. / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa (MSGPP)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: The Double-Length Tyrosyl-tRNA Synthetase from the Eukaryote Leishmania major Forms an Intrinsically Asymmetric Pseudo-Dimer.
著者: Larson, E.T. / Kim, J.E. / Castaneda, L.J. / Napuli, A.J. / Zhang, Z. / Fan, E. / Zucker, F.H. / Verlinde, C.L. / Buckner, F.S. / Van Voorhis, W.C. / Hol, W.G. / Merritt, E.A.
履歴
登録2010年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosyl-tRNA synthetase
B: Tyrosyl-tRNA synthetase
C: Tyrosyl-tRNA synthetase
D: Tyrosyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)305,00410
ポリマ－304,2904
非ポリマー7156
水00
1
A: Tyrosyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2633
ポリマ－76,0721
非ポリマー1902
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2402
ポリマ－76,0721
非ポリマー1671
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Tyrosyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2633
ポリマ－76,0721
非ポリマー1902
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Tyrosyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2402
ポリマ－76,0721
非ポリマー1671
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.519, 111.934, 141.043
Angle α, β, γ (deg.)74.47, 80.83, 77.13
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12C
22A
13B
23D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 39
2114B1 - 39
3114C1 - 39
4114D1 - 39
1216A40 - 43
2216B40 - 43
3216C40 - 43
4216D40 - 43
1314A44 - 71
2314B44 - 71
3314C44 - 71
4314D44 - 71
1416A91 - 104
2416B91 - 104
3416C91 - 104
4416D91 - 104
1514A105 - 145
2514B105 - 145
3514C105 - 145
4514D105 - 145
1614A159 - 220
2614B159 - 220
3614C159 - 220
4614D159 - 220
1716A221 - 231
2716B221 - 231
3716C221 - 231
4716D221 - 231
1814A232 - 246
2814B232 - 246
3814C232 - 246
4814D232 - 246
1916A247 - 254
2916B247 - 254
3916C247 - 254
4916D247 - 254
11014A255 - 291
21014B255 - 291
31014C255 - 291
41014D255 - 291
11116A292 - 297
21116B292 - 297
31116C292 - 297
41116D292 - 297
11214A298 - 334
21214B298 - 334
31214C298 - 334
41214D298 - 334
11316A335 - 339
21316B335 - 339
31316C335 - 339
41316D335 - 339
11416A340 - 353
21416B340 - 353
31416C340 - 353
41416D340 - 353
11514A369 - 543
21514B369 - 543
31514C369 - 543
41514D369 - 543
11616A544 - 553
21616B544 - 553
31616C544 - 553
41616D544 - 553
11714A563 - 610
21714B563 - 610
31714C563 - 610
41714D563 - 610
11816A611 - 638
21816B611 - 638
31816C611 - 638
41816D611 - 638
11914A639 - 680
21914B639 - 680
31914C639 - 680
41914D639 - 680
1124C72 - 90
2124A72 - 90
1226C154 - 158
2226A154 - 158
1134B72 - 90
2134D72 - 90
1234B146 - 158
2234D146 - 158

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Tyrosyl-tRNA synthetase


分子量: 76072.383 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
遺伝子: LmjF14.1370 / プラスミド: BG1861 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4QFJ7, tyrosine-tRNA ligase
#2: 化合物
ChemComp-TYE / 4-[(2S)-2-amino-3-hydroxypropyl]phenol / tyrosinol / bound form of TYROSINAL / L-チロシノ-ル


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 167.205 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13NO2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1:1:0.5 native protein solution (14 mg/ml LmTyrRS in MSGPP buffer containing 1 mM TCEP and 10 mM tyrosinol): well solutionn (16% PEG 3350, 0.2 M potassium formate pH 7.5): seed stock (1:100 ...詳細: 1:1:0.5 native protein solution (14 mg/ml LmTyrRS in MSGPP buffer containing 1 mM TCEP and 10 mM tyrosinol): well solutionn (16% PEG 3350, 0.2 M potassium formate pH 7.5): seed stock (1:100 dilution in SGPP buffer); cryoprotected by quick soak in 15% ethylene glycol, 18.75% PEG 3350, 187.5 mM potassium formate pH 7.5, 10mM tyrosinol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月18日
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.093 / 数: 260725
反射解像度: 2.89→135.13 Å / Num. obs: 72441 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 14.118
反射 シェル解像度: 2.89→3 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0 / Mean I/σ(I) obs: 1.063 / Rsym value: 0 / % possible all: 97.9
Cell measurementReflection used: 260725

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 45.33 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.89 Å47.57 Å
Translation2.89 Å47.57 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMACrefmac_5.5.0110精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P0H

3p0h


解像度: 2.89→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / WRfactor Rfree: 0.266 / WRfactor Rwork: 0.221 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 65.028 / SU ML: 0.526 / Isotropic thermal model: overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.463 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 3649 5 %RANDOM
Rwork0.2438 ---
obs0.2462 72441 98.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 119.85 Å2 / Biso mean: 143.308 Å2 / Biso min: 60 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.68 Å2-2.29 Å2-0.71 Å2
2---1.74 Å20.89 Å2
3----1.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19644 0 50 0 19694
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02220031
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0213341
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.051.96627141
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.809332620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.41352553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.78224.57860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.15153458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.57115123
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.23134
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0222316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023807
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A5863MEDIUM POSITIONAL0.450.5
12B5863MEDIUM POSITIONAL0.460.5
13C5863MEDIUM POSITIONAL0.370.5
14D5863MEDIUM POSITIONAL0.370.5
11A892LOOSE POSITIONAL1.135
12B892LOOSE POSITIONAL1.225
13C892LOOSE POSITIONAL0.655
14D892LOOSE POSITIONAL0.545
21C251MEDIUM POSITIONAL0.360.5
21C47LOOSE POSITIONAL1.485
31B358MEDIUM POSITIONAL0.640.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.89-2.9610.4022450.3764671541290.835
2.961-3.0420.3992740.364989537597.916
3.042-3.130.4252630.3294792514798.213
3.13-3.2260.3712530.3164710504998.297
3.226-3.3320.3432150.2954581487198.46
3.332-3.4490.3332320.2844405471298.408
3.449-3.5790.3122160.2734311458898.67
3.579-3.7250.3042110.2654069433398.777
3.725-3.8910.3011930.2473975422898.581
3.891-4.0810.2842180.2343762402398.931
4.081-4.3010.281930.223562379998.842
4.301-4.5620.2522000.23380361699.004
4.562-4.8760.2361790.1943193340699.002
4.876-5.2660.271620.2152963316198.861
5.266-5.7680.31450.2392741291499.039
5.768-6.4470.3231210.2712482262099.351
6.447-7.4420.291120.2312177230999.134
7.442-9.1080.2311000.1821832194599.332
9.108-12.8510.215750.1751440152799.214
12.851-135.1250.301420.28475783595.689
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.21981.9431.92353.8010.57451.7628-0.0685-0.4433-0.1353-0.29070.1386-0.12680.0519-0.0447-0.07010.3537-0.1010.17410.33940.00630.412128.8542.30280.884
22.24142.69431.45576.76522.51683.258-0.31470.12020.2702-1.13040.41940.8810.1699-0.1799-0.10470.6988-0.2023-0.36220.25130.23640.7094-3.7777.64860.881
32.63650.5664-1.48274.62290.27073.4405-0.35580.13220.3958-1.13180.39581.2764-0.4143-0.3717-0.040.9974-0.2318-0.45050.17610.10550.769910.35868.20662.896
44.67690.7536-1.74482.74570.293.5627-0.59160.7438-0.172-1.06630.4632-0.6032-0.16250.39530.12842.5147-0.7950.15250.6923-0.04960.475142.28668.70534.92
52.84810.06293.18171.69540.13563.99890.1759-0.7745-0.62460.49350.183-0.14990.2515-0.1956-0.35890.8502-0.22-0.10561.40480.44110.799425.115-8.06211.745
61.29750.19331.08961.50160.21336.46170.068-0.3137-0.4066-0.1272-0.05740.02210.7218-0.2796-0.01060.7654-0.2814-0.02330.80410.33030.9446-7.35-25.131-23.531
74.04220.5258-2.46413.2128-0.66223.28210.2127-1.21410.53370.74820.11530.4201-0.6210.1034-0.3281.0186-0.17680.08961.6039-0.11260.56615.99322.7712.514
82.68921.6172-1.55142.9318-1.38064.3065-0.0739-0.11570.2643-0.09050.0935-0.4319-0.50790.2247-0.01961.0983-0.38140.06640.8885-0.15450.667939.66242.667-20.676
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 356
2X-RAY DIFFRACTION1A701
3X-RAY DIFFRACTION2A368 - 680
4X-RAY DIFFRACTION3B-1 - 355
5X-RAY DIFFRACTION3B701
6X-RAY DIFFRACTION4B360 - 679
7X-RAY DIFFRACTION5C-1 - 354
8X-RAY DIFFRACTION5C701
9X-RAY DIFFRACTION6C361 - 680
10X-RAY DIFFRACTION7D-1 - 354
11X-RAY DIFFRACTION7D701
12X-RAY DIFFRACTION8D366 - 681

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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