PDB-3p0h: Leishmania major Tyrosyl-tRNA synthetase in complex with fisetin,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3p0h

タイトル

Leishmania major Tyrosyl-tRNA synthetase in complex with fisetin, cubic crystal form

要素

Tyrosyl-tRNA synthetase

キーワード

LIGASE / aminoacyl-tRNA synthetase / tRNA ligase / aaRS / TyrRS / pseudodimer / translation / ATP-binding / nucleotide-binding / Structural Genomics / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / MSGPP

機能・相同性

機能・相同性情報

tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / ciliary plasm / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania major (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換,

単波長異常分散 /

分子置換 /

単波長異常分散 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Larson, E.T. / Merritt, E.A. / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa (MSGPP)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: The Double-Length Tyrosyl-tRNA Synthetase from the Eukaryote Leishmania major Forms an Intrinsically Asymmetric Pseudo-Dimer.
著者: Larson, E.T. / Kim, J.E. / Castaneda, L.J. / Napuli, A.J. / Zhang, Z. / Fan, E. / Zucker, F.H. / Verlinde, C.L. / Buckner, F.S. / Van Voorhis, W.C. / Hol, W.G. / Merritt, E.A.

履歴

登録	2010年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.5	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3p0h.cif.gz	500.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3p0h.ent.gz	415.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3p0h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3p0h_validation.pdf.gz	951.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3p0h_full_validation.pdf.gz	967.7 KB	表示
XML形式データ	3p0h_validation.xml.gz	43.8 KB	表示
CIF形式データ	3p0h_validation.cif.gz	58.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/3p0h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/3p0h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3p0iC 3p0jC 2cyaS 2cycS 2j5bS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3p0j-4 3p0j-3 3p0j-1 3p0i-1 1o5t-1 3k8l-1 3a04-1 3a05-1 2quk-1 4u0z-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tyrosyl-tRNA synthetase

B: Tyrosyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

155 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tyrosyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tyrosyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	240.240, 240.240, 240.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	B	0 - 355
2	1	1	4	A	0 - 355
1	2	1	4	B	370 - 488
2	2	1	4	A	370 - 488
1	3	1	4	B	493 - 555
2	3	1	4	A	493 - 555
1	4	1	4	B	567 - 600
2	4	1	4	A	567 - 600
1	5	1	4	B	625 - 681
2	5	1	4	A	625 - 681

#1: タンパク質	Tyrosyl-tRNA synthetase 分子量: 77057.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 遺伝子: LmjF14.1370 / プラスミド: BG1861 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4QFJ7, tyrosine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-FSE / 3,7,3',4'-TETRAHYDROXYFLAVONE / Fisetin / 2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-3,7-DIHYDROXY-4H-CHROMEN-4-ONE / フィセチン分子量: 286.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₀O₆
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.19 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: equal volumes SeMet protein solution (24 mg/ml LmTyrRS in MSGPP buffer containing 5 mM DTT and 5 mM fisetin) and well solution (25% PEG 3350, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.5, and 4% w/v ...詳細: equal volumes SeMet protein solution (24 mg/ml LmTyrRS in MSGPP buffer containing 5 mM DTT and 5 mM fisetin) and well solution (25% PEG 3350, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.5, and 4% w/v acetone); cryoprotected by addition of 30% PEG 3350, 10% MSGPP buffer, 10% ethylene glycol, and 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.5 directly to drop prior to mounting and freezing crystals in liquid nitrogen, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

結晶

マシュー密度: 3.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.19 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: equal volumes SeMet protein solution (24 mg/ml LmTyrRS in MSGPP buffer containing 5 mM DTT and 5 mM fisetin) and well solution (25% PEG 3350, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.5, and 4% w/v ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97931 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月19日

放射

モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97931 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→47.11 Å / Num. obs: 46076 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 13.81 % / B_iso Wilson estimate: 75 Å² / R_merge(I) obs: 0.155 / Net I/σ(I): 14.0489

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	Diffraction-ID	% possible all
3-3.16	10.48	0.016	70153	6696	1	99.84
3.16-3.35	13.58	0.016	85962	6329	1	100
3.35-3.59	13.84	0.016	82428	5954	1	100
3.59-3.87	14.08	0.016	77710	5520	1	100
3.87-4.24	14.43	0.016	73521	5096	1	100
4.24-4.74	14.95	0.016	69464	4646	1	100
4.74-5.48	15.13	0.016	62228	4113	1	100
5.48-6.71	15.08	0.016	52459	3479	1	100
6.71-9.49	14.9	0.016	40519	2719	1	100
9.49-47.11	14.32	0.016	21828	1524	1	99.09

-
位相決定

位相決定

手法
分子置換
単波長異常分散

Phasing dm

FOM : 0.76 / FOM acentric: 0.76 / FOM centric: 0.69 / 反射: 46076 / Reflection acentric: 43572 / Reflection centric: 2504

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
8.6-47.115	0.96	0.97	0.89	2062	1765	297
5.4-8.6	0.86	0.87	0.74	6204	5724	480
4.3-5.4	0.85	0.86	0.7	7703	7255	448
3.8-4.3	0.77	0.78	0.66	7779	7399	380
3.2-3.8	0.67	0.67	0.6	13759	13181	578
3-3.2	0.67	0.67	0.62	8569	8248	321

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	CCP4_3.3.9	データスケーリング
RESOLVE	2.13	位相決定
REFMAC	refmac_5.5.0110	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
BALBES		位相決定
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換,

単波長異常分散
開始モデル: Initial partial MR solution with PDB entry 2j5b, then determined experimental phases and heavy atom positions by SAD. Also used PDB entries 2cya and 2cyc to aid in model completion.

2j5b

2cya

2cyc

解像度: 3→47.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / WR_factor R_free: 0.25 / WR_factor R_work: 0.215 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 39.529 / SU ML: 0.324 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.394 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2727	2329	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2336	-	-	-
obs	0.2355	46076	99.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 266.36 Å² / B_iso mean: 80.8342 Å² / B_iso min: 29.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→47.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9723	0	42	0	9765

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	9945
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6642
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.898	1.969	13465
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.763	3	16253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.873	5	1256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.048	24.514	432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.068	15	1746
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.338	15	63
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	1544
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	11047
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1904
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.702	4	6283
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.236	4	2553
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.934	6	10060
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.087	6	3662
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.615	10	3401

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Ens-ID: 1 / 数: 7569 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
MEDIUM POSITIONAL	0.41	0.5
MEDIUM THERMAL	0.84	2

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3-3.078	0.363	183	0.326	3189	3386	99.587
3.078-3.162	0.352	185	0.307	3131	3316	100
3.162-3.253	0.334	152	0.295	2995	3147	100
3.253-3.353	0.346	147	0.272	2968	3115	100
3.353-3.462	0.285	167	0.261	2845	3012	100
3.462-3.583	0.312	137	0.249	2782	2919	100
3.583-3.717	0.277	159	0.242	2669	2828	100
3.717-3.868	0.275	153	0.235	2565	2718	100
3.868-4.039	0.29	110	0.226	2464	2574	100
4.039-4.234	0.264	124	0.218	2380	2504	100
4.234-4.461	0.255	122	0.196	2256	2378	100
4.461-4.729	0.202	108	0.182	2151	2259	100
4.729-5.052	0.22	118	0.184	1993	2111	100
5.052-5.452	0.251	96	0.184	1895	1991	100
5.452-5.964	0.214	85	0.195	1729	1814	100
5.964-6.655	0.258	70	0.226	1597	1667	100
6.655-7.659	0.285	61	0.229	1421	1482	100
7.659-9.319	0.236	65	0.216	1189	1254	100
9.319-12.928	0.264	52	0.251	948	1000	100
12.928-47.115	0.366	35	0.386	580	615	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7377	1.17	0.2997	0.4822	0.0977	0.3591	0.0392	-0.0729	-0.2345	0.0256	-0.1322	-0.1637	0.0055	-0.0653	0.0929	0.1222	0.0345	0.116	0.0898	0.1143	0.4752	22.539	67.515	64.514
2	2.4857	0.9135	-0.1519	1.0484	0.2092	1.1797	0.3448	0.0094	0.0874	0.2464	-0.2339	-0.0339	0.0341	-0.0874	-0.1109	0.0324	-0.0558	0.055	0.0575	0.0323	0.1241	-24.166	45.547	68.912
3	0.8557	-0.0772	-0.3082	1.2792	0.381	0.117	-0.0794	0.1649	0.045	0.0399	0.0307	0.0097	-0.0001	-0.0719	0.0487	0.1278	0.064	0.0821	0.1898	0.0538	0.3713	4.15	91.828	42.473
4	1.8514	-1.2233	-1.353	0.2815	0.401	1.1342	-0.0383	0.927	-0.4125	0.1936	-0.3989	0.0926	0.1859	-0.6154	0.4373	0.0946	-0.0645	0.1989	0.6676	-0.3139	0.3598	17.724	61.924	9.647

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 358
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	365 - 681
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	-2 - 355
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	366 - 681

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見 (Yorodumi)