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- PDB-3p0h: Leishmania major Tyrosyl-tRNA synthetase in complex with fisetin,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p0h
タイトルLeishmania major Tyrosyl-tRNA synthetase in complex with fisetin, cubic crystal form
要素Tyrosyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / aminoacyl-tRNA synthetase / tRNA ligase / aaRS / TyrRS / pseudodimer / translation / ATP-binding / nucleotide-binding / Structural Genomics / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / MSGPP
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / ciliary plasm / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...: / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,7,3',4'-TETRAHYDROXYFLAVONE / tyrosine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, 単波長異常分散 / 分子置換 / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Larson, E.T. / Merritt, E.A. / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa (MSGPP)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 2011
タイトル: The Double-Length Tyrosyl-tRNA Synthetase from the Eukaryote Leishmania major Forms an Intrinsically Asymmetric Pseudo-Dimer.
著者: Larson, E.T. / Kim, J.E. / Castaneda, L.J. / Napuli, A.J. / Zhang, Z. / Fan, E. / Zucker, F.H. / Verlinde, C.L. / Buckner, F.S. / Van Voorhis, W.C. / Hol, W.G. / Merritt, E.A.
履歴
登録2010年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosyl-tRNA synthetase
B: Tyrosyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,6874
ポリマ-154,1142
非ポリマー5722
00
1
A: Tyrosyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,3432
ポリマ-77,0571
非ポリマー2861
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tyrosyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,3432
ポリマ-77,0571
非ポリマー2861
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)240.240, 240.240, 240.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114B0 - 355
2114A0 - 355
1214B370 - 488
2214A370 - 488
1314B493 - 555
2314A493 - 555
1414B567 - 600
2414A567 - 600
1514B625 - 681
2514A625 - 681

-
要素

#1: タンパク質 Tyrosyl-tRNA synthetase


分子量: 77057.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
遺伝子: LmjF14.1370 / プラスミド: BG1861 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4QFJ7, tyrosine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-FSE / 3,7,3',4'-TETRAHYDROXYFLAVONE / Fisetin / 2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-3,7-DIHYDROXY-4H-CHROMEN-4-ONE / フィセチン


分子量: 286.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C15H10O6
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.19 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: equal volumes SeMet protein solution (24 mg/ml LmTyrRS in MSGPP buffer containing 5 mM DTT and 5 mM fisetin) and well solution (25% PEG 3350, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.5, and 4% w/v ...詳細: equal volumes SeMet protein solution (24 mg/ml LmTyrRS in MSGPP buffer containing 5 mM DTT and 5 mM fisetin) and well solution (25% PEG 3350, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.5, and 4% w/v acetone); cryoprotected by addition of 30% PEG 3350, 10% MSGPP buffer, 10% ethylene glycol, and 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.5 directly to drop prior to mounting and freezing crystals in liquid nitrogen, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月19日
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→47.11 Å / Num. obs: 46076 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 13.81 % / Biso Wilson estimate: 75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Net I/σ(I): 14.0489
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allDiffraction-ID% possible all
3-3.1610.480.016701536696199.84
3.16-3.3513.580.0168596263291100
3.35-3.5913.840.0168242859541100
3.59-3.8714.080.0167771055201100
3.87-4.2414.430.0167352150961100
4.24-4.7414.950.0166946446461100
4.74-5.4815.130.0166222841131100
5.48-6.7115.080.0165245934791100
6.71-9.4914.90.0164051927191100
9.49-47.1114.320.016218281524199.09

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位相決定

位相決定
手法
分子置換
単波長異常分散
Phasing dmFOM : 0.76 / FOM acentric: 0.76 / FOM centric: 0.69 / 反射: 46076 / Reflection acentric: 43572 / Reflection centric: 2504
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
8.6-47.1150.960.970.8920621765297
5.4-8.60.860.870.7462045724480
4.3-5.40.850.860.777037255448
3.8-4.30.770.780.6677797399380
3.2-3.80.670.670.61375913181578
3-3.20.670.670.6285698248321

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALACCP4_3.3.9データスケーリング
RESOLVE2.13位相決定
REFMACrefmac_5.5.0110精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
BALBES位相決定
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換, 単波長異常分散
開始モデル: Initial partial MR solution with PDB entry 2j5b, then determined experimental phases and heavy atom positions by SAD. Also used PDB entries 2cya and 2cyc to aid in model completion.
解像度: 3→47.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / WRfactor Rfree: 0.25 / WRfactor Rwork: 0.215 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 39.529 / SU ML: 0.324 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.394 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2727 2329 5.1 %RANDOM
Rwork0.2336 ---
obs0.2355 46076 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 266.36 Å2 / Biso mean: 80.8342 Å2 / Biso min: 29.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→47.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9723 0 42 0 9765
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0229945
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026642
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8981.96913465
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.763316253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.87351256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.04824.514432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.068151746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3381563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.21544
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211047
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021904
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.70246283
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.23642553
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.934610060
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.08763662
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.615103401
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Ens-ID: 1 / : 7569 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.410.5
MEDIUM THERMAL0.842
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3-3.0780.3631830.3263189338699.587
3.078-3.1620.3521850.30731313316100
3.162-3.2530.3341520.29529953147100
3.253-3.3530.3461470.27229683115100
3.353-3.4620.2851670.26128453012100
3.462-3.5830.3121370.24927822919100
3.583-3.7170.2771590.24226692828100
3.717-3.8680.2751530.23525652718100
3.868-4.0390.291100.22624642574100
4.039-4.2340.2641240.21823802504100
4.234-4.4610.2551220.19622562378100
4.461-4.7290.2021080.18221512259100
4.729-5.0520.221180.18419932111100
5.052-5.4520.251960.18418951991100
5.452-5.9640.214850.19517291814100
5.964-6.6550.258700.22615971667100
6.655-7.6590.285610.22914211482100
7.659-9.3190.236650.21611891254100
9.319-12.9280.264520.2519481000100
12.928-47.1150.366350.386580615100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.73771.170.29970.48220.09770.35910.0392-0.0729-0.23450.0256-0.1322-0.16370.0055-0.06530.09290.12220.03450.1160.08980.11430.475222.53967.51564.514
22.48570.9135-0.15191.04840.20921.17970.34480.00940.08740.2464-0.2339-0.03390.0341-0.0874-0.11090.0324-0.05580.0550.05750.03230.1241-24.16645.54768.912
30.8557-0.0772-0.30821.27920.3810.117-0.07940.16490.0450.03990.03070.0097-0.0001-0.07190.04870.12780.0640.08210.18980.05380.37134.1591.82842.473
41.8514-1.2233-1.3530.28150.4011.1342-0.03830.927-0.41250.1936-0.39890.09260.1859-0.61540.43730.0946-0.06450.19890.6676-0.31390.359817.72461.9249.647
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 358
2X-RAY DIFFRACTION2A365 - 681
3X-RAY DIFFRACTION3B-2 - 355
4X-RAY DIFFRACTION4B366 - 681

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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