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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3p0e | ||||||
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タイトル | Structure of hUPP2 in an active conformation with bound 5-benzylacyclouridine | ||||||
![]() | Uridine phosphorylase 2 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / uridine phosphorylase | ||||||
機能・相同性 | ![]() type III intermediate filament / uridine metabolic process / deoxyuridine phosphorylase activity / dCMP catabolic process / Pyrimidine catabolism / Pyrimidine salvage / uridine phosphorylase / uridine catabolic process / UMP salvage / nucleoside metabolic process ...type III intermediate filament / uridine metabolic process / deoxyuridine phosphorylase activity / dCMP catabolic process / Pyrimidine catabolism / Pyrimidine salvage / uridine phosphorylase / uridine catabolic process / UMP salvage / nucleoside metabolic process / uridine phosphorylase activity / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Roosild, T.P. / Castronovo, S. / Villoso, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A novel structural mechanism for redox regulation of uridine phosphorylase 2 activity. 著者: Roosild, T.P. / Castronovo, S. / Villoso, A. / Ziemba, A. / Pizzorno, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 343.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 282.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 63.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 86.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33232.609 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 21-314 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-BAU / #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.83 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 2.0M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月20日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 134252 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.153 / Χ2: 1.056 / Net I/σ(I): 9.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 66.16 Å2 / Biso mean: 33.1254 Å2 / Biso min: 15.29 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→35.44 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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