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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ozv | ||||||
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タイトル | The Crystal Structure of flavohemoglobin from R. eutrophus in complex with econazole | ||||||
![]() | Flavohemoglobin | ||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / globin fold / antiparallel beta-barrel / alpha/beta fold / HEM- / FAD- / NAD- binding domains | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitric oxide dioxygenase / nitric oxide dioxygenase NAD(P)H activity / cellular response to nitrosative stress / nitric oxide catabolic process / FAD binding / oxygen carrier activity / response to toxic substance / oxygen binding / heme binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | El Hammi, E. / Warkentin, E. / Demmer, U. / Ermler, U. / Baciou, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Ralstonia eutropha Flavohemoglobin in Complex with Three Antibiotic Azole Compounds. 著者: El Hammi, E. / Warkentin, E. / Demmer, U. / Limam, F. / Marzouki, N.M. / Ermler, U. / Baciou, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 185 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 145 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 48.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 BA
#1: タンパク質 | 分子量: 44831.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 130分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/DGG.gif)
![](data/chem/img/ECN.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
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![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/DGG.gif)
![](data/chem/img/ECN.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.17 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 8.5 詳細: 1.5M ammonium sulphate, 25% (w/v) glycerol and 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月6日 |
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 43225 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.97 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 17.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 86.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1CQX 解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 15.869 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 66.39 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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