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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3oyl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the PFV S217H mutant intasome bound to magnesium and the INSTI MK2048 | ||||||
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![]() | RECOMBINATION / VIRAL PROTEIN/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / TETRAMER / DNA INTEGRATION / ENDONUCLEASE / METAL-BINDING / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / NUCLEASE / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / NUCLEUS / TRANSFERASE / VIRAL NUCLEOPROTEIN / VIRION / DNA-BINDING / ZINC BINDING / HHCC MOTIF / VIRAL PROTEIN / INHIBITOR / DNA-BINDING PROTEIN-DNA complex / VIRAL PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / ribonuclease H / virion component / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / ribonuclease H / virion component / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / DNA recombination / host cell cytoplasm / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / proteolysis / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hare, S. / Cherepanov, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular mechanisms of retroviral integrase inhibition and the evolution of viral resistance. 著者: Hare, S. / Vos, A.M. / Clayton, R.F. / Thuring, J.W. / Cummings, M.D. / Cherepanov, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 156.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 116.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3oyaC ![]() 3oybSC ![]() 3oycC ![]() 3oydC ![]() 3oyeC ![]() 3oyfC ![]() 3oygC ![]() 3oyhC ![]() 3oyiC ![]() 3oyjC ![]() 3oykC ![]() 3oymC ![]() 3oynC C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 44507.762 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 752 to 1143 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 CD
#2: DNA鎖 | 分子量: 5834.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Donor DNA transferred strand |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 5195.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Donor DNA transferred strand |
-非ポリマー , 7種, 241分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/NH4.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZZX.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/NH4.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZZX.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||||||
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#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-GOL / #7: 化合物 | ChemComp-NH4 / | #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-ZZX / ( | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.75 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.35 M ammonium sulfate, 25% (v/v) glycerol, 4.8% (v/v) 1,6-hexanediol, 50 mM Mes-NaOH, 1mM EDTA, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2010年6月8日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98011 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.54→39.094 Å / Num. obs: 52924 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 11.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3OYB 解像度: 2.54→39.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / WRfactor Rfree: 0.2224 / WRfactor Rwork: 0.2002 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.846 / SU B: 7.179 / SU ML: 0.152 / SU R Cruickshank DPI: 0.2299 / SU Rfree: 0.1925 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 127.87 Å2 / Biso mean: 59.4226 Å2 / Biso min: 23.96 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.54→39.09 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.54→2.606 Å / Total num. of bins used: 20
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