PDB-3oy4: Crystal Structure of HIV-1 L76V Protease in Complex with the Prot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3oy4

タイトル

Crystal Structure of HIV-1 L76V Protease in Complex with the Protease Inhibitor Darunavir.

要素

HIV-1 PROTEASE

キーワード

Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / HIV-1 protease / inhibitor resistance / AIDS / Aspartyl protease / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Nalivaika, E.A. / Bandaranayake, R.M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of HIV-1 L76V Protease in Complex with the Protease Inhibitor Darunavir.
著者: Schiffer, C.A. / Nalivaika, E.A. / Bandaranayake, R.M.

履歴

登録	2010年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3oy4.cif.gz	91.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3oy4.ent.gz	71.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3oy4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/3oy4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/3oy4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3oxv 3oxw 3oxx
類似構造データ	4eq0-d 2psv-d 4djq-d 3b7v-d 6pjb-d 7hvp-d 4q1y-d 4zls-d 4njt-1 6oxo-d 3em6-d 1t3r-d 2qhz-d 2fxd-d 3o9c-d 2q3k-d 2qi6-d 2fgu-d 3i7e-d 4rvx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (2) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HIV-1 PROTEASE

B: HIV-1 PROTEASE

ヘテロ分子

22.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.719, 57.714, 62.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	HIV-1 PROTEASE / Retropepsin / PR 分子量: 10801.764 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K, L76V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: SF2 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-017 / (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE / Darunavir / TMC114 / UIC-94017 / ダルナビル分子量: 547.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₇N₃O₇S / コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.46 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 18-33% Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54178 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年7月9日 / 詳細: Osmic mirrors

放射

モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54178 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 18412 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Χ²: 1.132 / Net I/σ(I): 9.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.76-1.82	3.9	0.388	1739	1.339	94.8
1.82-1.9	6.7	0.414	1787	1.26	96.4
1.9-1.98	7.6	0.283	1783	1.094	97.1
1.98-2.09	7.7	0.207	1800	1.131	97.8
2.09-2.22	7.8	0.154	1827	1.11	97.9
2.22-2.39	7.8	0.134	1839	1.105	98.8
2.39-2.63	7.8	0.11	1839	1.091	98.5
2.63-3.01	7.8	0.083	1881	1.136	99.5
3.01-3.79	7.7	0.06	1902	1.106	99.6
3.79-50	7.4	0.055	2015	1.096	99.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
DENZO		データ削減

精密化

解像度: 1.76→23.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 4.965 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21902	937	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17814	-	-	-
obs	0.18026	17434	97.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.157 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.67 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.17 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.215 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→23.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1474	0	86	144	1704

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	1586
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.294	2.029	2163
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.814	3	2532
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.083	5	198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.67	25	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.621	15	247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.11	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	1712
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	278
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.682	1.5	1002
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.144	1.5	413
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.225	2	1605
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.538	3	584
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.402	4.5	557
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.76→1.801 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.284	70	-
R_work	0.251	1185	-
obs	-	-	91.41 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9839	-1.6991	-1.0716	0.2833	-0.8751	4.0158	-0.1358	-0.126	-0.1907	0.1167	0.2019	0.0291	0.1292	-0.1614	-0.066	0.1398	0.0174	0.0218	0.0683	0.0248	0.118	20.079	18.368	28.032
2	0.4892	-1.7115	0.2418	0.78	-0.119	2.5473	-0.0438	-0.0318	0.0093	0.1262	-0.0265	-0.1033	0.0956	0.019	0.0704	0.1295	0.0188	0.0103	0.1158	0.0029	0.0875	21.163	21.422	30.258
3	8.848	-0.1666	1.2462	4.119	0.1526	-1.3189	0.1527	0.3796	-0.2535	-0.0003	-0.1382	0.1088	0.1306	-0.0397	-0.0145	0.1431	0.009	-0.017	0.0722	-0.0075	0.127	19.455	16.136	16.387
4	11.5273	1.5362	-4.3339	-0.8415	2.4115	5.9331	-0.5302	-0.3614	0.4266	0.1454	0.3529	-0.0161	-0.1349	0.0415	0.1773	0.1842	0.0742	-0.0361	0.1181	-0.0382	0.0973	20.924	32.96	28.554
5	3.4424	0.655	1.3337	2.4801	-0.0971	0.052	0.0442	-0.1268	0.0178	-0.0001	-0.0349	-0.0538	-0.0522	-0.0487	-0.0093	0.1273	0.0056	0.0096	0.0764	-0.0022	0.0936	14.704	28.519	20.089
6	7.6903	-2.0423	-1.8012	4.5956	3.4534	3.855	0.1613	0.2808	0.0752	-0.0211	-0.0871	0.223	0.1685	-0.4024	-0.0741	0.0642	-0.015	0.0058	0.1276	0.0836	0.0872	0.436	34.16	13.247
7	1.4273	1.2029	0.5765	1.834	0.3458	0.3868	0.015	0.0689	-0.0304	-0.0051	-0.0657	0.0191	0.0176	-0.005	0.0507	0.1153	0.0141	-0.0033	0.0865	0.0065	0.0972	25.7	26.427	17.738
8	4.8338	0.4999	0.9841	-0.4787	2.5738	3.348	-0.0084	0.1229	0.1967	-0.0244	0.1063	0.102	0.0399	0.3902	-0.0979	0.1121	-0.003	0.0091	0.1002	0.0645	0.1253	39.651	31.387	10.123
9	22.2025	-8.5522	-2.4588	9.0453	-1.3128	-2.4019	-0.0354	-0.3905	-0.2392	0.3372	0.3366	0.739	0.0152	0.3908	-0.3012	0.1392	0.0294	0.0363	0.1294	-0.0001	0.1038	11.956	41.046	13.664
10	12.3583	-5.7779	2.7707	3.5687	-3.4923	-5.0006	0.2535	0.3763	0.5305	-0.2067	-0.2064	0.0558	0.347	0.1219	-0.0471	0.1419	0.0129	-0.0009	0.1137	-0.0273	0.1227	13.451	39.795	9.348
11	15.2569	-2.9755	-0.0543	0.2133	0.0337	-0.7091	0.0485	0.0599	-0.6301	-0.056	-0.0797	0.1139	-0.0657	0.0985	0.0312	0.1223	0.0353	-0.0015	0.06	0.0066	0.1335	28.223	28.417	3.289
12	14.687	-1.9043	-1.5355	-0.9762	-0.5946	3.2923	0.0888	0.0836	0.0752	-0.3236	-0.0203	-0.0323	-0.039	-0.0825	-0.0685	0.171	0.0114	0.0164	0.0579	-0.0015	0.0849	26.434	31.925	3.075
13	3.9366	2.4846	-7.4517	5.911	-6.9721	10.7189	0.3096	-0.0394	0.1546	0.1071	0.2863	0.3647	-0.3151	0.0669	-0.5959	0.0549	0.013	0.011	0.0664	0.056	0.1867	1.862	36.843	18.915
14	12.081	-6.6674	2.6472	7.0198	0.5425	4.8311	-0.1354	0.3405	0.0785	-0.0191	0.0152	0.2267	0.2647	0.5839	0.1202	0.0829	0.0422	0.0263	0.1188	0.0683	0.1105	3.255	23.355	24.526
15	0.8357	0.8751	-3.2857	1.848	-2.6647	4.2788	-0.0021	-0.1184	0.0953	-0.1958	0.0827	0.4063	0.1411	0.2714	-0.0806	0.0918	0.0387	-0.0035	0.1083	0.056	0.1535	4.012	28.362	25.847
16	2.0679	-1.7323	0.9909	5.688	-6.9264	11.6483	-0.0319	0.1384	-0.3445	-0.099	-0.44	0.0341	-0.0957	0.6393	0.4719	0.0852	0.0388	0.0679	0.126	0.0424	0.0945	38.399	25.179	9.192
17	5.7998	-2.8917	-3.7117	4.6523	1.4829	5.5792	-0.2664	0.1684	0.8368	0.3561	0.0648	-0.4754	-0.0177	-0.105	0.2016	0.0407	-0.0226	-0.061	0.0681	0.0367	0.1977	37.559	24.117	24.134
18	0.2546	-0.7373	1.0323	2.3311	0.0658	1.1152	-0.0016	0.0331	0.039	-0.0566	-0.0567	-0.2989	0.0169	-0.013	0.0583	0.0863	0.0138	0.0189	0.1071	0.0271	0.128	35.904	21.531	18.467
19	4.724	-4.706	4.93	3.4923	-4.583	6.7657	0.2244	0.2757	0.1665	-0.1361	-0.191	0.0897	0.3284	0.3608	-0.0334	0.1101	0.002	-0.0153	0.0844	0.0345	0.1039	10.475	29.277	12.197
20	-1.0054	0.3116	-0.6036	0.9171	-0.5759	3.5094	-0.1354	0.1153	-0.0012	-0.013	0.0801	0.2485	-0.1377	0.0969	0.0553	0.127	-0.0245	-0.0151	0.1051	0.0327	0.1388	29.072	33.279	14.388
21	2.8195	-2.5253	-2.0155	1.2058	-0.6945	0.3113	-0.2482	-0.3975	0.0466	0.0028	0.2238	0.2578	-0.0626	0.0765	0.0244	0.133	0.0428	0.0146	0.1389	-0.0028	0.093	12.044	28.987	27.36
22	1.9219	-1.392	0.8948	1.3292	-0.2796	1.2738	-0.0534	-0.0041	-0.0884	-0.044	0.0008	-0.0354	0.032	-0.0627	0.0527	0.1167	0.0035	-0.0005	0.0983	0.0087	0.1087	28.715	19.32	19.412

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 5
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 99
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	6 - 10
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	5	A	22 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	6	A	33 - 43
9	X-RAY DIFFRACTION	7	B	22 - 32
10	X-RAY DIFFRACTION	8	B	33 - 43
11	X-RAY DIFFRACTION	9	A	44 - 49
12	X-RAY DIFFRACTION	10	A	52 - 56
13	X-RAY DIFFRACTION	11	B	44 - 49
14	X-RAY DIFFRACTION	12	B	52 - 56
15	X-RAY DIFFRACTION	13	A	57 - 62
16	X-RAY DIFFRACTION	14	A	63 - 68
17	X-RAY DIFFRACTION	15	A	69 - 76
18	X-RAY DIFFRACTION	16	B	57 - 62
19	X-RAY DIFFRACTION	17	B	63 - 68
20	X-RAY DIFFRACTION	18	B	69 - 76
21	X-RAY DIFFRACTION	19	A	77 - 85
22	X-RAY DIFFRACTION	20	B	77 - 85
23	X-RAY DIFFRACTION	21	A	86 - 93
24	X-RAY DIFFRACTION	22	B	86 - 93

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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