PDB-3ox9: Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D40N/C69S/C81S/C97S/F8...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ox9

タイトル

Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D40N/C69S/C81S/C97S/F86C-CN from P. putida

要素

Steroid Delta-isomerase

キーワード

ISOMERASE / steroids / cyanylation

機能・相同性

機能・相同性情報

steroid Delta-isomerase / steroid Delta-isomerase activity / steroid metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Sigala, P.A. / Fenn, T.D. / Herschlag, D.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Quantitative, directional measurement of electric field heterogeneity in the active site of ketosteroid isomerase.
著者: Fafarman, A.T. / Sigala, P.A. / Schwans, J.P. / Fenn, T.D. / Herschlag, D. / Boxer, S.G.

履歴

登録	2010年9月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月15日	Group: Database references
改定 1.2	2012年3月7日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ox9.cif.gz	211.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ox9.ent.gz	171 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ox9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ox9_validation.pdf.gz	456.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ox9_full_validation.pdf.gz	473.9 KB	表示
XML形式データ	3ox9_validation.xml.gz	22.9 KB	表示
CIF形式データ	3ox9_validation.cif.gz	30.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/3ox9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/3ox9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3owuC 3owyC 3oxaC 2pzvS 3ows C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ows-1 6ucy-d 6ufs-d 3owy-2 3owy-3 3owy-1 6ucw-d 5d83-d 3ows-2 5g2g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Steroid Delta-isomerase

B: Steroid Delta-isomerase

C: Steroid Delta-isomerase

D: Steroid Delta-isomerase

57.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Steroid Delta-isomerase

B: Steroid Delta-isomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Steroid Delta-isomerase

D: Steroid Delta-isomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	44.128, 129.842, 45.193
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.470, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Auth seq-ID: 2 - 127 / Label seq-ID: 2 - 127

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A and (resseq 2:127 )	A	A
2	chain B and (resseq 2:127 )	B	B
3	chain C and (resseq 2:127 )	C	C
4	chain D and (resseq 2:127 )	D	D

#1: タンパク質	Steroid Delta-isomerase / Delta(5)-3-ketosteroid isomerase 分子量: 14480.298 Da / 分子数: 4 / 変異: D40N, C69S, C81S, F86(XCN), C97S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: ksi / プラスミド: pKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P07445, steroid Delta-isomerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 1.1 M ammonium sulfate, 5% isopropanol, 40 mM potassium phosphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月23日
放射	モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→41.13 Å / Num. all: 31289 / Num. obs: 25499 / % possible obs: 82 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 24.23 Å²
反射シェル	解像度: 2→2.08 Å / % possible all: 21

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.6.1_357	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2PZV

2pzv

解像度: 2→41.13 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.6679 / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3408	1199	5.02 %	random
R_work	0.2645	-	-	-
obs	0.2683	23898	76.44 %	-
all	-	31289	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 52.054 Å² / k_sol: 0.402 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 166.29 Å² / B_iso mean: 43.9055 Å² / B_iso min: 3.67 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.3702 Å²	-0 Å²	5.349 Å²
2-	-	-0.6813 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.2048 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→41.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3984	0	0	77	4061

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4068
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.084	5520
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	588
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	748
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.311	1508

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	969	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.064
1	2	B	969	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.064
1	3	C	969	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.065
1	4	D	969	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.0788	0.3266	33	0.342	684	717	21
2.0788-2.1734	0.4317	67	0.3139	1371	1438	42
2.1734-2.288	0.4078	129	0.3112	2154	2283	66
2.288-2.4313	0.3547	131	0.3059	2705	2836	82
2.4313-2.619	0.4235	149	0.3046	2965	3114	90
2.619-2.8825	0.3387	175	0.2929	3070	3245	94
2.8825-3.2994	0.3325	167	0.2787	3168	3335	96
3.2994-4.1563	0.3269	171	0.2439	3255	3426	98
4.1563-41.13	0.294	177	0.2192	3327	3504	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7727	0.0234	-0.2143	0.2902	0.3102	0.198	0.0223	0.1397	-0.193	0.0263	-0.1586	0.0996	0.0384	-0.1375	0	0.025	0.002	0.0086	0.111	-0.0359	0.1125	4.8536	5.3425	16.2718
2	0.8595	0.5993	0.7693	1.6836	0.2112	0.5388	0.2227	0.1025	0.0218	-0.0199	-0.1916	-0.2962	-0.0025	-0.1697	0.0064	0.0155	0.0091	0.0093	-0.0157	0.0132	0.0574	22.9975	18.5033	21.9566
3	0.7933	-0.2234	0.415	0.4312	-0.3876	0.3701	0.0248	-0.0219	-0.1142	-0.1569	-0.1082	0.1111	0.0652	0.0923	-0.0059	0.1437	-0.0153	0.0071	0.054	-0.0267	0.0683	-5.0074	39.6367	34.3122
4	0.3877	0.3417	0.242	1.1174	-0.6001	0.763	0.2337	-0.4989	0.4276	0.1597	-0.9718	-0.2892	-0.0901	0.5765	-0.1363	0.1012	-0.161	-0.01	0.1752	0.2081	-0.0206	12.0065	52.3075	43.6207

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	2 - 130
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	2 - 130
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	2 - 130
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D	D	2 - 130

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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