PDB-3owu: Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D40N/C69S/C81S/C97S/F8...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3owu

タイトル

Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D40N/C69S/C81S/C97S/F86C-CN from P. putida with Bound Equilenin

要素

Steroid Delta-isomerase

キーワード

ISOMERASE / steroids / cyanylation

機能・相同性

機能・相同性情報

steroid Delta-isomerase / steroid delta-isomerase activity / steroid metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Sigala, P.A. / Fenn, T.D. / Herschlag, D.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Quantitative, directional measurement of electric field heterogeneity in the active site of ketosteroid isomerase.
著者: Fafarman, A.T. / Sigala, P.A. / Schwans, J.P. / Fenn, T.D. / Herschlag, D. / Boxer, S.G.

履歴

登録	2010年9月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月15日	Group: Database references
改定 1.2	2012年3月7日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3owu.cif.gz	217.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3owu.ent.gz	175.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3owu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3owu_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3owu_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	3owu_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	3owu_validation.cif.gz	33.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/3owu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/3owu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3owyC 3ox9C 3oxaC 2pzvS 3ows C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ows-2 3oxa-1 3owy-2 3owy-3 3oxa-2 6ufs-d 6ucy-d 3owy-4 3owy-1 4kba-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Steroid Delta-isomerase

B: Steroid Delta-isomerase

C: Steroid Delta-isomerase

D: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

59 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Steroid Delta-isomerase

D: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Steroid Delta-isomerase

B: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.231, 130.329, 45.131
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.690, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Steroid Delta-isomerase / Delta(5)-3-ketosteroid isomerase 分子量: 14480.298 Da / 分子数: 4 / 変異: D40N, C69S, C81S, F86(XCN), C97S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: ksi / プラスミド: pKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P07445, steroid Delta-isomerase
#2: 化合物	ChemComp-EQU / EQUILENIN / エキレニン分子量: 266.334 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₈O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 1.1 M ammonium sulfate, 5% isopropanol, 40 mM potassium phosphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月2日
放射	モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→36.14 Å / Num. all: 52609 / Num. obs: 32425 / % possible obs: 62 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 20.26 Å²
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / % possible all: 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2PZV

2pzv

解像度: 1.7→36.14 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.682 / SU ML: 1.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27	1497	5.03 %	random
R_work	0.2157	-	-	-
obs	0.2185	29769	56.66 %	-
all	-	52609	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 54.163 Å² / k_sol: 0.398 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 134.24 Å² / B_iso mean: 45.2354 Å² / B_iso min: 16.38 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.9362 Å²	-0 Å²	8.9595 Å²
2-	-	-16.0116 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.9968 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→36.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3984	0	80	218	4282

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4160
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.059	5664
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	596
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	752
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.99	1528

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7-1.7583	0.3721	5	0.416	83	88	2
1.7583-1.8211	0.5359	12	0.3206	354	366	8
1.8211-1.894	0.3941	38	0.2927	814	852	18
1.894-1.9802	0.425	78	0.3002	1375	1453	31
1.9802-2.0846	0.2797	110	0.2744	2108	2218	47
2.0846-2.2152	0.3229	130	0.2562	2781	2911	61
2.2152-2.3862	0.3648	180	0.2523	3420	3600	75
2.3862-2.6263	0.3006	213	0.2649	4022	4235	89
2.6263-3.0061	0.3214	245	0.2482	4347	4592	96
3.0061-3.7868	0.2473	266	0.1977	4400	4666	98
3.7868-36.14	0.2043	220	0.1651	4568	4788	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2905	0.385	-0.0838	1.308	-0.8368	1.1047	0.01	-0.0228	0.0543	0.0132	-0.1709	-0.2921	-0.1817	0.1324	0.1448	0.226	-0.027	-0.0053	0.2171	-0.0137	0.2181	9.3404	-5.2886	2.8183
2	0.1354	-0.5594	0.1411	1.7273	0.5404	0.6168	-0.017	-0.0314	-0.1232	-0.1171	0.0149	0.3114	-0.1082	0.0174	0.0036	0.2335	-0.0181	0.0072	0.205	-0.0045	0.2753	-7.6614	-18.066	-6.3853
3	1.2641	-0.0152	-0.1034	0.2804	-0.1593	1.2873	0.037	-0.0595	-0.1368	-0.0091	-0.1052	-0.2204	0.1886	0.0616	0.0576	0.1979	-0.0231	0.0222	0.1873	-0.0257	0.2184	16.9256	13.0668	-16.503
4	1.2386	0.5857	-0.3774	1.053	-0.0641	0.7364	-0.0522	0.013	0.2086	-0.0863	-0.0531	0.0373	0.1539	-0.0243	0.0801	0.1509	-0.0243	-0.01	0.2026	0.0056	0.1809	-1.795	25.466	-21.6812

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	2 - 130
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	2 - 130
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	2 - 130
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D	D	2 - 130

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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