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万見
- PDB-3owi: Crystal structure of the glycine riboswitch bound to glycine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3owi
タイトルCrystal structure of the glycine riboswitch bound to glycine
要素(Domain II of glycine riboswitch) x 2
キーワードRNA / Gene expression regulator / glycine riboswitch
機能・相同性GLYCINE / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae MJ-1236 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.845 Å
データ登録者Huang, L. / Serganov, A. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2010
タイトル: Structural insights into ligand recognition by a sensing domain of the cooperative glycine riboswitch.
著者: Huang, L. / Serganov, A. / Patel, D.J.
履歴
登録2010年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Domain II of glycine riboswitch
B: Domain II of glycine riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,34237
ポリマ－57,3902
非ポリマー95235
水1,51384
1
A: Domain II of glycine riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,32123
ポリマ－28,7351
非ポリマー58522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Domain II of glycine riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,02214
ポリマ－28,6551
非ポリマー36713
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6690 Å2
ΔGint-257 kcal/mol
Surface area26910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.870, 83.870, 198.715
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: RNA鎖 Domain II of glycine riboswitch


分子量: 28735.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: In vitro transcription synthesis / 由来: (合成) Vibrio cholerae MJ-1236 (コレラ菌) / 参照: GenBank: CP001485.1
#2: RNA鎖 Domain II of glycine riboswitch


分子量: 28655.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: In vitro transcription synthesis / 由来: (合成) Vibrio cholerae MJ-1236 (コレラ菌) / 参照: GenBank: CP001485.1
#3: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#4: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE ORIGINAL MG CHAIN IDS HAVE BEEN CHANGED TO THE CLOSEST POLYMER CHAIN. 100 HAS BEEN ADDED TO THE ...THE ORIGINAL MG CHAIN IDS HAVE BEEN CHANGED TO THE CLOSEST POLYMER CHAIN. 100 HAS BEEN ADDED TO THE ORIGINAL RESIDUE NUMBER

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.01 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 0.05 M Na-cacodylate, pH 5.1, 0.2 M KCl, 8 % (w/v) PEG8000, 80 mM magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月10日
放射モノクロメーター: SI mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.845→20 Å / Num. all: 19696 / Num. obs: 19420 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.9 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 58.2
反射 シェル解像度: 2.845→2.95 Å / 冗長度: 15.4 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 1893 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3OWZ

3owz


解像度: 2.845→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 28.429 / SU ML: 0.253 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.738 / ESU R Free: 0.318 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23613 996 5.1 %RANDOM
Rwork0.20849 ---
obs0.20985 18400 98.63 %-
all-18756 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 76.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.845→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3807 43 84 3934
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0214356
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.02436825
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.2877
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.021876
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0911.58
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.14428
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.61434348
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.0674.56817
LS精密化 シェル解像度: 2.845→2.917 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.492 77 -
Rwork0.373 1320 -
obs--98.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8390.3654-0.83040.0497-0.11070.3269-0.27960.6268-0.5924-0.0370.065-0.05230.0141-0.12070.21460.1015-0.0146-0.04590.7125-0.12670.4331-5.109-46.31410.656
20.58790.0021-0.4410.1058-0.11820.5360.03070.05110.08760.02150.06520.048-0.2286-0.1269-0.09590.4550.00540.00530.51540.02820.412-5.325-26.03222.76
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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