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万見
- PDB-3ow9: Structure of an amyloid forming peptide KLVFFA from amyloid beta,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ow9
タイトルStructure of an amyloid forming peptide KLVFFA from amyloid beta, alternate polymorph II
要素KLVFFA hexapeptide segment from Amyloid beta
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid-like protofibril
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / regulation of Wnt signaling pathway / regulation of synapse structure or activity / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction / signaling receptor activator activity / axon midline choice point recognition ...cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / regulation of Wnt signaling pathway / regulation of synapse structure or activity / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction / signaling receptor activator activity / axon midline choice point recognition / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / astrocyte activation involved in immune response / regulation of spontaneous synaptic transmission / mating behavior / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / ciliary rootlet / Lysosome Vesicle Biogenesis / PTB domain binding / Golgi-associated vesicle / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of amyloid fibril formation / neuron remodeling / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / nuclear envelope lumen / suckling behavior / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / dendrite development / presynaptic active zone / modulation of excitatory postsynaptic potential / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / neuromuscular process controlling balance / The NLRP3 inflammasome / negative regulation of long-term synaptic potentiation / regulation of presynapse assembly / transition metal ion binding / regulation of multicellular organism growth / negative regulation of neuron differentiation / intracellular copper ion homeostasis / ECM proteoglycans / spindle midzone / positive regulation of T cell migration / smooth endoplasmic reticulum / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / protein serine/threonine kinase binding / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / clathrin-coated pit / positive regulation of chemokine production / forebrain development / Notch signaling pathway / neuron projection maintenance / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Mitochondrial protein degradation / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of calcium-mediated signaling / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / cholesterol metabolic process / positive regulation of glycolytic process / extracellular matrix organization / positive regulation of mitotic cell cycle / response to interleukin-1 / axonogenesis / adult locomotory behavior / trans-Golgi network membrane / platelet alpha granule lumen / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / dendritic shaft / learning / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of long-term synaptic potentiation / central nervous system development / endosome lumen / locomotory behavior / astrocyte activation / Post-translational protein phosphorylation / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / synapse organization / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / visual learning / neuromuscular junction / recycling endosome / cognition / Golgi lumen / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of interleukin-6 production / neuron cellular homeostasis / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / endocytosis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cellular response to amyloid-beta / G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of tumor necrosis factor production / neuron projection development / cell-cell junction / synaptic vesicle / Platelet degranulation / apical part of cell
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta precursor protein
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Landau, M. / Eisenberg, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Molecular basis for amyloid-{beta} polymorphism.
著者: Colletier, J.P. / Laganowsky, A. / Landau, M. / Zhao, M. / Soriaga, A.B. / Goldschmidt, L. / Flot, D. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.
履歴
登録2010年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月12日Group: Database references
改定 1.22011年11月2日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KLVFFA hexapeptide segment from Amyloid beta
B: KLVFFA hexapeptide segment from Amyloid beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,4502
ポリマ－1,4502
非ポリマー00
水724
1
A: KLVFFA hexapeptide segment from Amyloid beta
B: KLVFFA hexapeptide segment from Amyloid beta
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,69912
ポリマ－8,69912
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation1_575x,y+2,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation2_565-x,y+1,-z1
crystal symmetry operation2_575-x,y+2,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.053, 9.561, 20.871
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.430, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological unit is a pair of beta sheets. One sheet is constructed from two antiparallel strands (chain A and B) and unit cell translations along the b direction (i.e. X,Y+1,Z; X,Y+2,Z; X,Y+3,Z, etc.). The second sheet is constructed from -X,Y+1,-Z, -X,Y+2,-Z, -X,Y+3,-Z; etc. The crystal packing contains another interface between pairs of beta sheets; the second sheet is constructed from -X,Y+1,-Z+1, -X,Y+2,-Z+1, -X,Y+3,-Z+1; etc.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド KLVFFA hexapeptide segment from Amyloid beta


分子量: 724.909 Da / 分子数: 2 / 断片: KLVFFA (UNP residues 687-692) / 由来タイプ: 合成
詳細: KLVFFA (residues 16-21) from Amyloid beta, synthesized
参照: UniProt: P05067
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: reservoir contained 30% (v/v) Jeffamine M-600, 0.1M Mes pH 6.5 ; 0.05M CsCl, 1mM FDDNP, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→90 Å / Num. all: 849 / Num. obs: 849 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Χ2: 1.059 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.942.40.481550.966181.2
1.94-2.133.20.3731621.076197
2.13-2.443.40.4871731.09193
2.44-3.083.50.2991791.059196.2
3.08-903.40.1221801.064188.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.8 Å22.83 Å
Translation1.8 Å22.83 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→22.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9418 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9145 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2575 94 11.08 %RANDOM
Rwork0.2075 ---
all0.2127 848 --
obs0.2127 848 --
原子変位パラメータBiso max: 65.39 Å2 / Biso mean: 14.9273 Å2 / Biso min: 4.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8771 Å20 Å2-0.123 Å2
2--1.297 Å20 Å2
3----4.1741 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.238 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→22.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数104 0 0 4 108
拘束条件
Refine-IDタイプ数WeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d322
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes22
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes145
X-RAY DIFFRACTIONt_it10620
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion125
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1444
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d10620.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg14021.18
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.31
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.45
LS精密化 シェル解像度: 1.8→2.01 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2454 27 12.74 %
Rwork0.2118 185 -
all0.2166 212 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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