[日本語] English
万見
- PDB-3ouk: Crystal structure of Rv3910 from Mycobacterium Tuberculosis -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ouk
タイトルCrystal structure of Rv3910 from Mycobacterium Tuberculosis
要素PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN
キーワードTRANSFERASE / peptidoglycan / Ser/Thr kinase / pseudokinase / Regulation / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid-linked peptidoglycan transport / lipid-linked peptidoglycan transporter activity / lipid translocation / membrane => GO:0016020 / peptidoglycan biosynthetic process / regulation of cell shape / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan biosynthesis protein MurJ / : / Lipid II flippase MurJ / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle ...Peptidoglycan biosynthesis protein MurJ / : / Lipid II flippase MurJ / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable peptidoglycan biosynthesis protein MviN / Probable peptidoglycan biosynthesis protein MviN
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.402 Å
データ登録者Gee, C.L. / Alber, T.
引用ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2012
タイトル: A phosphorylated pseudokinase complex controls cell wall synthesis in mycobacteria
著者: Gee, C.L. / Papavinasasundaram, K.G. / Blair, S.R. / Baer, C.E. / Falick, A.M. / King, D.S. / Griffin, J.E. / Venghatakrishnan, H. / Zukauskas, A. / Wei, J.R. / Dhiman, R.K. / Crick, D.C. / ...著者: Gee, C.L. / Papavinasasundaram, K.G. / Blair, S.R. / Baer, C.E. / Falick, A.M. / King, D.S. / Griffin, J.E. / Venghatakrishnan, H. / Zukauskas, A. / Wei, J.R. / Dhiman, R.K. / Crick, D.C. / Rubin, E.J. / Sassetti, C.M. / Alber, T.
履歴
登録2010年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.22024年3月20日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1341
ポリマ－30,1341
非ポリマー00
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.360, 122.360, 66.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN


分子量: 30133.941 Da / 分子数: 1 / 断片: Intracellular construct, UNP residues 679-963 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: MT4029, Rv3910 / プラスミド: pDEST15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)codon plus / 参照: UniProt: O05435, UniProt: P9WJK3*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
14.874.39
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法詳細PH範囲
2911蒸気拡散法, ハンギングドロップ法3M NaCl, 0.1M Tris-HCl, pH 7.5-8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K7.5-8.5
2912蒸気拡散法, ハンギングドロップ法60% tacsimate, 4% 1,1,1,3,3,3 hexafluoro-2-propanol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.3.111.115872
シンクロトロンALS 8.3.120.979648
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 315r1CCD2007年8月24日double crystal monochromater
ADSC QUANTUM 315r2CCD2008年1月19日double crystal monochromater
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1S111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2S111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.1158721
20.9796481
反射解像度: 3.4→45.172 Å / Num. all: 8168 / Num. obs: 7693 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 55.8 Å2 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 568 / Rsym value: 0.383 / % possible all: 71.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ELVES精密化
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: phased from SeMet crystal

解像度: 3.402→45.172 Å / SU ML: 0.4 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2345 352 4.59 %Random
Rwork0.1966 ---
all0.1984 8168 --
obs0.1984 7675 94.04 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 103.421 Å2 / ksol: 0.401 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-20.379 Å20 Å2-0 Å2
2--20.379 Å20 Å2
3----40.7579 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.402→45.172 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1844 0 0 4 1848
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011878
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.332567
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.733689
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073301
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005345
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.4024-3.89450.27061010.2516213484
3.8945-4.90570.19841290.1747252298
4.9057-45.17630.24971220.19122667100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る