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- PDB-3ou9: Crystal structure of gamma-carbonic anhydrase W19F mutant from Me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ou9
タイトルCrystal structure of gamma-carbonic anhydrase W19F mutant from Methanosarcina thermophila
要素Carbonic anhydrase
キーワードLYASE / Cam / left-handed beta helix / ligands to zinc / trimer / bicarbonate.
機能・相同性
機能・相同性情報


bicarbonate binding / sulfate binding / cobalt ion binding / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / : / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / Carbonic anhydrase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina thermophila (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Domsic, J.F. / Robbins, A.H. / McKenna, R.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of gamma-carbonic anhydrase W19F mutant from Methanosarcina thermophila
著者: Domsic, J.F. / Robbins, A.H. / McKenna, R.
履歴
登録2010年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9763
ポリマ－22,8491
非ポリマー1262
水88349
1
A: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子

A: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子

A: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9279
ポリマ－68,5483
非ポリマー3796
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area8020 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area21180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.582, 83.582, 83.582
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase / gamma-carbonic anhydrase


分子量: 22849.221 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 35-247 / 変異: W19F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosarcina thermophila (古細菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40881, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 5% PEG 8000 with 250 mM ammonium sulfate., pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Osmic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 18323 / Num. obs: 18298 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.068 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.865.40.48417930.998199.9
1.86-1.945.40.34618371.0161100
1.94-2.035.50.22818011.004199.9
2.03-2.135.50.18418031.042199.9
2.13-2.275.50.12318321.073199.9
2.27-2.445.60.10418071.051100
2.44-2.695.80.08418371.0361100
2.69-3.075.90.05918371.1131100
3.07-3.875.90.0418551.137199.9
3.87-205.70.03819211.189199.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6.3_467精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→19.175 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.39 / FOM work R set: 0.9143 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1613 926 5.06 %random
Rwork0.1346 ---
obs0.1359 18298 99.89 %-
all-18323 --
溶媒の処理減衰半径: 0.29 Å / VDWプローブ半径: 0.5 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.988 Å2 / ksol: 0.397 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 168.92 Å2 / Biso mean: 32.1975 Å2 / Biso min: 9.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.175 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1538 0 5 49 1592
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131650
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4362272
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.108257
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008309
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.93610
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.8001-1.89490.19381320.176124682600
1.8949-2.01350.18091120.136624412553
2.0135-2.16880.15231470.128524362583
2.1688-2.38660.17791500.125124532603
2.3866-2.73110.17231250.141524902615
2.7311-3.43770.16721340.138624922626
3.4377-19.17610.13921260.127725922718
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.9889 Å / Origin y: -4.2559 Å / Origin z: -3.2009 Å
111213212223313233
T0.1122 Å20.0203 Å20.025 Å2-0.0996 Å2-0.0178 Å2--0.1247 Å2
L1.054 °20.2311 °2-0.1119 °2-1.0068 °2-0.2426 °2--1.527 °2
S-0.0399 Å °0.0469 Å °-0.1243 Å °-0.0985 Å °-0.0112 Å °-0.1585 Å °0.2235 Å °0.156 Å °0.0407 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A and not element H

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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