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- PDB-3otl: Three-dimensional Structure of the putative uncharacterized prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3otl
タイトルThree-dimensional Structure of the putative uncharacterized protein from Rhizobium leguminosarum at the resolution 1.9A, Northeast Structural Genomics Consortium Target RlR261
要素Putative uncharacterized protein
キーワードstructural genomics / unknown function / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Activator of Hsp90 ATPase homologue 1-like / Activator of Hsp90 ATPase homolog 1-like protein / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Activator of Hsp90 ATPase homologue 1/2-like C-terminal domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Rhizobium leguminosarum bv. viciae (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.901 Å
データ登録者Kuzin, A. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...Kuzin, A. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target RlR261
著者: Kuzin, A. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / ...著者: Kuzin, A. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
履歴
登録2010年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月22日Group: Structure summary
改定 1.32021年10月6日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2534
ポリマ－35,9512
非ポリマー3012
水6,431357
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area14590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.350, 82.350, 116.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細dimer,43.24 kD,92.8%

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 17975.709 Da / 分子数: 2 / 変異: S22A, T30A, S33A, V45Q, P46A, D83N, S97T, A111E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhizobium leguminosarum bv. viciae (根粒菌)
株: 3841 / 遺伝子: RL2761 / 参照: UniProt: Q1MFM4
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.21 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch under oil / pH: 6
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: 0.1M NH4Cl, 0.1M MES, 12% PEG 20000, microbatch under oil, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 60275 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 40.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 5954 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.901→47.545 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.907 / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.203 2000 6.7 %
Rwork0.166 --
obs0.168 29839 92.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.008 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 119.85 Å2 / Biso mean: 24.788 Å2 / Biso min: 4.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.232 Å20 Å20 Å2
2---0.232 Å2-0 Å2
3---0.464 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.901→47.545 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2429 0 19 357 2805
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072510
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.113406
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082366
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004443
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.72905
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.901-1.9480.2351160.1731602171877
1.948-2.0010.1951260.1531772189884
2.001-2.060.1981370.1471905204290
2.06-2.1260.21390.151934207392
2.126-2.2020.211400.1571955209593
2.202-2.290.1861400.151939207991
2.29-2.3950.1961430.1551989213293
2.395-2.5210.2111400.1681948208892
2.521-2.6790.2231450.1712018216394
2.679-2.8860.2021470.1762051219896
2.886-3.1760.2181510.1742107225897
3.176-3.6360.1891540.1662131228599
3.636-4.580.1941560.1512188234499
4.58-47.560.2081660.192300246698
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 41.125 Å / Origin y: 70.3702 Å / Origin z: 44.4942 Å
111213212223313233
T0.085 Å20.007 Å20.0078 Å2-0.0223 Å20.0006 Å2--0.0347 Å2
L1.0219 °20.4062 °2-0.2059 °2-0.7149 °20.0225 °2--0.8047 °2
S0.0642 Å °-0.0918 Å °0.0608 Å °0.025 Å °-0.0684 Å °0.0166 Å °0.0633 Å °-0.0193 Å °0.0154 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 154
2X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 153
3X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 159
4X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 159
5X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 359

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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