PDB-3ot4: Structure and Catalytic Mechanism of Bordetella bronchiseptica nicF

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ot4

タイトル

Structure and Catalytic Mechanism of Bordetella bronchiseptica nicF

要素

Putative isochorismatase

キーワード

HYDROLASE / Bordetella bronchiseptica / nicF / maleamate hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Rowlett, R.S. / Snider, M.J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure and catalytic mechanism of Bordetella bronchisepta nicF
著者: Rowlett, R.S. / Snider, M.J.

履歴

登録	2010年9月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ot4.cif.gz	575.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ot4.ent.gz	476.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ot4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ot4_validation.pdf.gz	479.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ot4_full_validation.pdf.gz	511.8 KB	表示
XML形式データ	3ot4_validation.xml.gz	35.3 KB	表示
CIF形式データ	3ot4_validation.cif.gz	54.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/3ot4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/3ot4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nbaS 1ilw 1im5 1yac 3pl1 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3uao-1 3uao-2 7bx9-1 5wgw-d 1j2r-d 5wgu-d 2d3u-1 1o97-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative isochorismatase

B: Putative isochorismatase

C: Putative isochorismatase

D: Putative isochorismatase

E: Putative isochorismatase

F: Putative isochorismatase

G: Putative isochorismatase

H: Putative isochorismatase

202 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative isochorismatase

B: Putative isochorismatase

F: Putative isochorismatase

H: Putative isochorismatase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Putative isochorismatase

D: Putative isochorismatase

E: Putative isochorismatase

G: Putative isochorismatase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.560, 157.560, 198.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Putative isochorismatase 分子量: 25271.492 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌) 遺伝子: BB0275, BB1782, nicF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q7TTE5, UniProt: A0A0H3LKK8*PLUS, EC: 3.5.1.107
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.55 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M cacodylic acid, 0.2 M ammonium acetate, 30% PEG-8000, 10 mg/mL protein in 10% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: OXFORD RUBY CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月6日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→12.01 Å / Num. obs: 68504 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.2 % / R_sym value: 0.087 / Net I/σ(I): 9.78
反射シェル	解像度: 2.4→2.52 Å / 冗長度: 1.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / R_sym value: 0.271 / % possible all: 67.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrysalisPro		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1NBA

1nba

解像度: 2.4→12.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.848 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.771 / SU B: 23.942 / SU ML: 0.258 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.459 / ESU R Free: 0.319 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.31097	1400	2 %	RANDOM
R_work	0.24058	-	-	-
obs	0.24201	68504	98.09 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.58 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→12.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11740	0	0	435	12175

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	11988
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7900
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.563	1.955	16308
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.104	3	19197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	11.133	5.1	1593
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.139	23	480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.139	15	1780
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.031	15	88
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	1855
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	13671
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2505
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.498	1.5	7847
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.099	1.5	3229
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.859	2	12450
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.45	3	4141
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.279	4.5	3858
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.366	74	-
R_work	0.272	3803	-
obs	-	-	76.3 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1857	0.4907	0.4374	1.2222	0.5359	1.0008	-0.0152	0.0383	0.0415	-0.2799	-0.0961	0.0653	-0.1451	-0.0437	0.1113	0.1354	0.0408	-0.0264	0.047	-0.0099	0.0222	33.145	43.735	7.963
2	0.7386	-0.0847	-0.1858	0.5551	0.054	0.7992	-0.0439	-0.0479	0.0129	0.1383	0.0032	0.0916	-0.0116	-0.1089	0.0407	0.0852	-0.0141	0.0376	0.05	-0.0329	0.0481	29.837	47.112	41.915
3	1.1773	-0.1399	-0.0951	0.3441	0.0564	0.6445	-0.0233	-0.157	-0.0922	0.0054	-0.0246	-0.0185	-0.0155	0.0245	0.0479	0.0287	0.0016	0.0023	0.09	0.0496	0.0606	54.282	-2.824	70.521
4	0.8415	-0.1543	0.0668	0.7109	0.4938	0.5575	0.011	-0.062	0.0053	-0.0091	0.017	0.0863	0.0074	-0.0852	-0.028	0.0277	-0.0045	-0.0021	0.0529	0.0279	0.0981	25.222	11.546	60.467
5	0.9716	0.042	-0.0784	0.5409	0.2004	0.7578	0.0289	0.0174	-0.0863	-0.0349	-0.0102	-0.0703	0.0064	0.1025	-0.0187	0.0269	0.0055	0.0063	0.0543	0.0151	0.0567	54.656	4.996	47.645
6	0.9974	0.5504	-0.1065	0.5099	-0.2452	0.6061	-0.0395	-0.0081	-0.021	0.0622	0.0352	0.0199	0.0187	-0.1	0.0043	0.0597	-0.0061	0.0083	0.0596	0.008	0.0441	46.032	61.684	31.995
7	1.3592	0.7441	0.1218	0.5453	0.1631	0.9413	-0.0049	0.0679	-0.2993	0.0225	-0.0037	-0.0271	0.0336	-0.1035	0.0087	0.0701	0.0041	-0.0081	0.0538	-0.027	0.239	26.472	-12.366	56.783
8	0.736	0.208	-0.0038	1.0506	-0.0419	0.8126	0.0329	0.1019	-0.0761	-0.033	-0.0442	-0.0088	0.0535	0.082	0.0113	0.063	0.0276	-0.0147	0.0342	-0.0156	0.0419	47.2	29.347	20.85

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 202
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 202
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	8 - 205
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	8 - 205
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	5 - 205
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	8 - 204
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	8 - 204
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	7 - 204

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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