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Yorodumi- PDB-3uao: Structure and Catalytic Mechanism of the Vitamin B3 Degradative E... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3uao | ||||||
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Title | Structure and Catalytic Mechanism of the Vitamin B3 Degradative Enzyme Maleamate Amidohydrolase from Bordetalla bronchiseptica RB50 | ||||||
Components | Putative isochorismatase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Rossmann fold / maleamate | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Bordetella bronchiseptica (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.399 Å | ||||||
Authors | Kincaid, V.A. / Sullivan, E.D. / Klein, R.D. / Rowlett, R.S. / Snider, M.J. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2012 Title: Structure and Catalytic Mechanism of Nicotinate (Vitamin B(3)) Degradative Enzyme Maleamate Amidohydrolase from Bordetella bronchiseptica RB50. Authors: Kincaid, V.A. / Sullivan, E.D. / Klein, R.D. / Noel, J.W. / Rowlett, R.S. / Snider, M.J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3uao.cif.gz | 599.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3uao.ent.gz | 495.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3uao.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3uao_validation.pdf.gz | 526.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3uao_full_validation.pdf.gz | 546.4 KB | Display | |
Data in XML | 3uao_validation.xml.gz | 61.9 KB | Display | |
Data in CIF | 3uao_validation.cif.gz | 85.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/3uao ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/3uao | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1nbaS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25271.492 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bordetella bronchiseptica (bacteria) / Strain: RB5 / Gene: BB0275, BB1782 / Plasmid: pTHT / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q7TTE5, UniProt: A0A0H3LKK8*PLUS, EC: 3.5.1.107 #2: Chemical | ChemComp-ACT / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, 30% PEG-8000, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 120 K | |||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SEALED TUBE / Type: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / Wavelength: 1.5418 Å | |||||||||||||||
Detector | Type: OXFORD RUBY CCD / Detector: CCD / Date: Aug 31, 2010 / Details: mirrors | |||||||||||||||
Radiation | Monochromator: mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 2.399→12.01 Å / Num. all: 143682 / Num. obs: 131825 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / Redundancy: 2.2 % / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 9.78 | |||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.399→2.52 Å / Redundancy: 1.2 % / Num. unique all: 13186 / Rsym value: 0.271 / % possible all: 67.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1NBA MODIFIED TO TARGET SEQUENCE USING PHYRE SERVER Resolution: 2.399→12.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 11.164 / SU ML: 0.116 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.038 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 14.739 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.399→12.01 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.399→2.459 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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