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- PDB-3oro: Mycobacterium tuberculosis PknB kinase domain L33D mutant (crysta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oro
タイトルMycobacterium tuberculosis PknB kinase domain L33D mutant (crystal form 4)
要素Serine/threonine protein kinase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / Kinase domain / Signal transduction
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of growth rate / regulation of primary metabolic process / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / acetyltransferase activator activity / peptidoglycan biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / regulation of cell shape / manganese ion binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity ...negative regulation of growth rate / regulation of primary metabolic process / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / acetyltransferase activator activity / peptidoglycan biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / regulation of cell shape / manganese ion binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Serine/threonine-protein kinase PknB / Serine/threonine-protein kinase PknB
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Good, M.C. / Echols, N. / Lombana, T.N. / Alber, T. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Allosteric activation mechanism of the Mycobacterium tuberculosis receptor Ser/Thr protein kinase, PknB.
著者: Lombana, T.N. / Echols, N. / Good, M.C. / Thomsen, N.D. / Ng, H.L. / Greenstein, A.E. / Falick, A.M. / King, D.S. / Alber, T.
履歴
登録2010年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年1月18日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2513
ポリマ－33,5211
非ポリマー7312
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.598, 51.423, 135.327
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine protein kinase


分子量: 33520.605 Da / 分子数: 1 / 断片: Kinase domain (UNP residues 1 to 308) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: MRA_0016, pknB, PknB (Rv0014c) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5TY84, UniProt: P9WI81*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.62 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1M Sodium Citrate, 100mM CHES pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.107 / 波長: 1.107 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月1日
放射モノクロメーター: Y / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.1071
21.1071
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 21540 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.213 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
EPMR位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1mru

1mru


解像度: 1.9→17.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 5.554 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22758 1161 5.1 %RANDOM
Rwork0.19296 ---
obs0.19474 21540 98.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.779 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å20 Å2
2--0.18 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→17.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2048 0 44 205 2297
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222148
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021979
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5181.9892936
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7443.0014558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0465272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.98822.93592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.2815320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8751520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2334
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022407
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02422
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.2417
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1670.21950
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.21058
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.21253
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.2161
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1280.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1910.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.711.51757
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1011.5547
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.80422197
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4153882
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0564.5739
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 67 -
Rwork0.247 1434 -
obs--91.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.95460.4188-1.01386.6997-2.11091.7953-0.11410.0786-0.3498-0.2609-0.1375-0.07710.1587-0.040.2515-0.0419-0.03060.0446-0.1301-0.00530.052841.458426.16187.2414
25.608-1.4501-1.60012.70640.67682.9244-0.2821-0.2154-0.5574-0.22060.1998-0.14960.27380.33570.0822-0.03250.03840.059-0.09510.0831-0.001145.043328.586513.0883
341.609454.1779-40.582570.5428-52.840839.5809-1.63040.3155-0.2347-1.86530.1448-3.93342.0490.48761.48570.18470.1180.14950.0607-0.12610.115952.134137.3022-4.3586
45.32360.2044-1.75561.66220.1652.3259-0.141-0.5234-0.3349-0.0907-0.07740.05320.06650.26080.2184-0.0695-0.0043-0.001-0.04560.0716-0.083830.678438.799221.0951
53.58860.9405-1.62121.7543-0.68341.93530.3768-0.56050.39550.1831-0.21170.1953-0.34160.3037-0.1651-0.029-0.1240.049-0.0342-0.0896-0.066128.057552.488425.2206
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2A67 - 96
3X-RAY DIFFRACTION3A48
4X-RAY DIFFRACTION4A97 - 155
5X-RAY DIFFRACTION5A195 - 285

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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