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万見
- PDB-3or3: Restriction endonuclease HPY188I in complex with product DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3or3
タイトルRestriction endonuclease HPY188I in complex with product DNA
要素
  • 5'-D(*GP*AP*TP*CP*T)-3'
  • 5'-D(*GP*TP*TP*CP*A)-3'
  • 5'-D(P*GP*AP*AP*C)-3'
  • 5'-D(P*GP*AP*TP*C)-3'
  • RESTRICTION ENDONUCLEASE HPY188I
キーワードHYDROLASE/DNA / ENDONUCLEASE-DNA COMPLEX / RESTRICTION ENZYME / HPY188I / INTERCALATION / GIY-YIG NUCLEASE / CATALYTIC MECHANISM / PSEUDOPALINDROME / HYDROLASE-DNA COMPLEX / restriction endonuclease / DNA
機能・相同性GIY-YIG endonuclease - #50 / GIY-YIG endonuclease / 3-Layer(aba) Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / DNA / Hpy188I
機能・相同性情報
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Sokolowska, M. / Czapinska, H. / Bochtler, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Hpy188I-DNA pre- and post-cleavage complexes--snapshots of the GIY-YIG nuclease mediated catalysis.
著者: Sokolowska, M. / Czapinska, H. / Bochtler, M.
履歴
登録2010年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 300BIOLOGICAL UNIT CONTAINS PROTEIN CHAINS A AND B, DNA STRANDS C/E (DNA STRAND T CLEAVED) AND DNA ...BIOLOGICAL UNIT CONTAINS PROTEIN CHAINS A AND B, DNA STRANDS C/E (DNA STRAND T CLEAVED) AND DNA STRANDS D/E (DNA STRAND A CLEAVED). THE HEXAMER (ACCORDING TO THE PDB CONVENTIONS) IS A COMPLEX OF THE DIMERIC RESTRICTION ENZYME WITH ITS PRODUCTS, TWO DOUBLE STRANDED DNA FRAGMENTS. THE NATURAL PROTEIN OLIGOMERIZATION STATE IS A DIMER - THE DNA IS A PRODUCT. UNDER THE PHYSIOLOGICAL CONDITIONS THE PROTEIN DIMER BINDS DOUBLE STRANDED DNA AND CLEAVES IT TO TWO DOUBLE STRANDED DNA FRAGMENTS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RESTRICTION ENDONUCLEASE HPY188I
B: RESTRICTION ENDONUCLEASE HPY188I
C: 5'-D(*GP*AP*TP*CP*T)-3'
D: 5'-D(*GP*TP*TP*CP*A)-3'
E: 5'-D(P*GP*AP*AP*C)-3'
F: 5'-D(P*GP*AP*TP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,90313
ポリマ－47,6416
非ポリマー2627
水5,603311
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11740 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area16230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.395, 65.395, 221.783
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-222-

HOH

21B-260-

HOH

詳細BIOLOGICAL UNIT CONTAINS PROTEIN CHAINS A AND B, AND DNA STRANDS C AND D. THE TETRAMER (ACCORDING TO PDB CONVENTIONS) IS A COMPLEX OF THE DIMERIC RESTRICTION ENZYME WITH ITS SUBSTRATE, DOUBLE STRANDED DNA.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 RESTRICTION ENDONUCLEASE HPY188I


分子量: 21130.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 188
遺伝子: hpy188IR, SYNTHETIC GENE CODON OPTIMIZED FOR ESCHERICHIA COLI
プラスミド: PET15BMOD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q9KJ88

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DNA鎖 , 4種, 4分子 CDEF

#2: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*TP*CP*T)-3'


分子量: 1495.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC OLIGONUCLEOTIDE
#3: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*TP*CP*A)-3'


分子量: 1495.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC OLIGONUCLEOTIDE
#4: DNA鎖 5'-D(P*GP*AP*AP*C)-3'


分子量: 1199.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC OLIGONUCLEOTIDE
#5: DNA鎖 5'-D(P*GP*AP*TP*C)-3'


分子量: 1190.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC OLIGONUCLEOTIDE

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非ポリマー , 3種, 318分子

#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.67 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.1 M MES/NaOH pH 6.2 and 30% MPD. CRYSTAL WAS SOAKED IN 0.1 M CaCl2 FOR 18 H., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.281 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月11日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: TRIANGULAR MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.281 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. all: 35348 / Num. obs: 35348 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 13.99 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 37.775
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 14.78 % / Rmerge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 6.488 / Num. unique all: 1348 / Rsym value: 0.406 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OQG

3oqg


解像度: 1.95→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 6.401 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: ACCORDING TO THE MS DATA, THE SELENOMETHIONINE SUBSTITUTION WAS SUCCESSFUL ONLY IN PART. THEREFORE, ONLY MET56 WAS MODELED AS SELENOMETHIONINE. HOWEVER, ALL THREE MET POSITIONS ARE LIKELY TO ...詳細: ACCORDING TO THE MS DATA, THE SELENOMETHIONINE SUBSTITUTION WAS SUCCESSFUL ONLY IN PART. THEREFORE, ONLY MET56 WAS MODELED AS SELENOMETHIONINE. HOWEVER, ALL THREE MET POSITIONS ARE LIKELY TO BE PARTIALLY OCCUPIED BY MET AND PARTIALLY BY MSE.THE CNS PROGRAM HAS BEEN USED FOR DNA REFINEMENT. NO SUGAR PUCKER CONSTRAINTS HAVE BEEN APPLIED. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. TLS REFINEMENT HAS BEEN USED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20144 1723 4.9 %RESOLUTION SHELLS
Rwork0.16849 ---
all0.17013 35323 --
obs0.17013 35323 97.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.527 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.39 Å20 Å20 Å2
2--0.39 Å20 Å2
3----0.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2844 365 7 311 3527
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224158
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022639
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2812.1835809
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.94336573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7955438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.88826.213169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.62215668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.47158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2628
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.024258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02728
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.2748
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2320.22447
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.190.21951
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1120.21515
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2308
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0920.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2460.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2490.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1980.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.2310.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6731.52000
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other01.5787
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.18223323
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.55132158
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1614.52479
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.054 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 213 -
Rwork0.185 4717 -
obs-3298 96.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.04490.00390.48250.81380.03051.3520.0107-0.0147-0.0078-0.00160.01340.02480.07310.0294-0.0241-0.0679-0.0033-0.00550.0188-0.0041-0.04330.17315.71783.189
21.0129-0.20850.45260.8648-0.23411.77260.0317-0.2067-0.047-0.01480.08390.09210.124-0.1568-0.1156-0.0973-0.0059-0.01560.05320.0128-0.0558-0.37511.97998.766
31.04430.06010.4530.86210.46611.64680.06020.1867-0.04260.03430.0523-0.02390.09970.1467-0.1126-0.09010.0056-0.03020.0464-0.022-0.06520.56911.00667.827
42.8549-0.42840.03822.02910.93427.0090.1069-0.0272-0.62380.090.17990.10341.3767-0.0146-0.28680.2733-0.0139-0.1656-0.15160.02010.0359-0.289-7.72583.889
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C-4 - 0
2X-RAY DIFFRACTION1D-4 - 0
3X-RAY DIFFRACTION1E1 - 4
4X-RAY DIFFRACTION1F1 - 4
5X-RAY DIFFRACTION2A-9 - 127
6X-RAY DIFFRACTION2B143 - 170
7X-RAY DIFFRACTION3B-9 - 127
8X-RAY DIFFRACTION3A143 - 170
9X-RAY DIFFRACTION4A128 - 142
10X-RAY DIFFRACTION4B128 - 142

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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