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万見
- PDB-3or1: Crystal structure of dissimilatory sulfite reductase I (DsrI) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3or1
タイトルCrystal structure of dissimilatory sulfite reductase I (DsrI)
要素(Sulfite reductase ...) x 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dissimilatory sulfite reductase / sulfate reduction / sulfite reduction
機能・相同性
機能・相同性情報


dissimilatory sulfite reductase (NADH) activity / sulfite reductase activity / sulfite reductase (ferredoxin) activity / sulfur carrier activity / sulfite reductase complex (NADPH) / tRNA wobble position uridine thiolation / sulfate assimilation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / heme binding ...dissimilatory sulfite reductase (NADH) activity / sulfite reductase activity / sulfite reductase (ferredoxin) activity / sulfur carrier activity / sulfite reductase complex (NADPH) / tRNA wobble position uridine thiolation / sulfate assimilation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DsrC protein, C-terminal domain / Dissimilatory Siroheme-sulfite Reductase; Chain: A; domain 1 / DsrC protein, N-terminal domain / Sulphur transfer protein DsrC/TusE / DsrC-like domain superfamily / DsrC-like protein, C-terminal domain / DsrC-like protein, N-terminal domain / DsrC like protein / Sulphite reductase, dissimilatory-type beta subunit / Alpha-Beta Plaits - #2500 ...DsrC protein, C-terminal domain / Dissimilatory Siroheme-sulfite Reductase; Chain: A; domain 1 / DsrC protein, N-terminal domain / Sulphur transfer protein DsrC/TusE / DsrC-like domain superfamily / DsrC-like protein, C-terminal domain / DsrC-like protein, N-terminal domain / DsrC like protein / Sulphite reductase, dissimilatory-type beta subunit / Alpha-Beta Plaits - #2500 / Helix Hairpins - #1420 / Sulphite reductase, dissimilatory-type alpha subunit / Alpha-Beta Plaits - #3340 / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain containing protein / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain / Nitrite/sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain superfamily / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like half domain / Sulfite Reductase Hemoprotein; domain 1 / Sulfite Reductase Hemoprotein, domain 1 / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain-like superfamily / 4Fe-4S binding domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / Helix Hairpins / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Helix non-globular / Special / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / SULFITE ION / SIROHEME / Sulfite reductase beta / Sulfite reductase alpha / Sulfite reductase gama
類似検索 - 構成要素
生物種desulfovibrio gigas (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Hsieh, Y.C. / Liu, M.Y. / Wang, V.C.C. / Chiang, Y.L. / Liu, E.H. / Wu, W.G. / Chan, S.I. / Chen, C.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure insights into the enzyme catalysis from comparison of three forms of dissimilatory sulfite reductase from Desulfovibrio gigas
著者: Hsieh, Y.C. / Liu, M.Y. / Wang, V.C.C. / Chiang, Y.L. / Liu, E.H. / Wu, W.G. / Chan, S.I. / Chen, C.J.
履歴
登録2010年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfite reductase alpha
B: Sulfite reductase beta
C: Sulfite reductase gama
D: Sulfite reductase alpha
E: Sulfite reductase beta
F: Sulfite reductase gama
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,10620
ポリマ－206,4666
非ポリマー6,64014
水13,133729
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area44730 Å2
ΔGint-240 kcal/mol
Surface area58920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.721, 60.478, 132.915
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Sulfite reductase ... , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Sulfite reductase alpha


分子量: 48999.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) desulfovibrio gigas (バクテリア) / 参照: UniProt: E2QR97*PLUS
#2: タンパク質 Sulfite reductase beta


分子量: 42923.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) desulfovibrio gigas (バクテリア) / 参照: UniProt: E2QR96*PLUS
#3: タンパク質 Sulfite reductase gama


分子量: 11309.870 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) desulfovibrio gigas (バクテリア) / 参照: UniProt: E2QR98*PLUS

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非ポリマー , 4種, 743分子

#4: 化合物 ChemComp-SO3 / SULFITE ION / 亜硫酸アニオン


分子量: 80.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO3
#5: 化合物
ChemComp-SRM / SIROHEME


分子量: 916.661 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H44FeN4O16
#6: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 729 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE DATABASE REFERENCES FOR THREE ENTITIES DO NOT CURRENTLY EXIST. THE AUTHOR WILL BE ...THE SEQUENCE DATABASE REFERENCES FOR THREE ENTITIES DO NOT CURRENTLY EXIST. THE AUTHOR WILL BE SUBMITTED THE SEQUENCE TO THE DATABASE IN THE FUTURE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.77 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 23%(W/V) PEG6000, 200MM SODIUM CHLORIDE, 100MM MES BUFFER, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21101
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンNSRRC BL13B111
シンクロトロンSPring-8 BL26B221.73772, 1.74137, 1.69379, 1.760
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2008年8月10日
RIGAKU JUPITER 2102CCD2008年1月27日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.737721
31.741371
41.693791
51.761
反射解像度: 1.76→30 Å / Num. obs: 179998 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 1.76→1.82 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.359 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.76→30 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.212 -
Rwork0.193 -
obs0.193 179998
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14416 0 322 729 15467

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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