PDB-3oqi: Crystal structure of B. licheniformis CDPS yvmC-BLIC in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3oqi

タイトル

Crystal structure of B. licheniformis CDPS yvmC-BLIC in complex with CHES

要素

(Putative uncharacterized protein yvmC) x 2

キーワード

LIGASE / tRNA / ROSSMANN FOLD

機能・相同性

機能・相同性情報

cyclo(L-leucyl-L-leucyl) synthase / pigment biosynthetic process / aminoacyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus licheniformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.701 Å

データ登録者

Bonnefond, L. / Arai, T. / Suzuki, T. / Ishitani, R. / Nureki, O.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structural basis for nonribosomal peptide synthesis by an aminoacyl-tRNA synthetase paralog.
著者: Bonnefond, L. / Arai, T. / Sakaguchi, Y. / Suzuki, T. / Ishitani, R. / Nureki, O.

履歴

登録	2010年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3oqi.cif.gz	115.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3oqi.ent.gz	86.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3oqi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3oqi_validation.pdf.gz	463.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3oqi_full_validation.pdf.gz	465.5 KB	表示
XML形式データ	3oqi_validation.xml.gz	26.9 KB	表示
CIF形式データ	3oqi_validation.cif.gz	36.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/3oqi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/3oqi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3oqhC 3oqjC 3s7tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5aoi-1 2pw6-d 4agn-2 5g4n-1 7cef-2 6si4-1 6ez3-3 3tb5-2 5g4m-1 6si2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein yvmC

B: Putative uncharacterized protein yvmC

ヘテロ分子

60.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative uncharacterized protein yvmC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative uncharacterized protein yvmC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.946, 55.011, 102.299
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 130.610, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein yvmC / YvmC 分子量: 29662.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NdeI/XhoI restriction sites 由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア) 株: ATCC 14580 / 遺伝子: BL00817, BLi03566, yvmC / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta2 / 参照: UniProt: Q65EX3
#2: タンパク質	Putative uncharacterized protein yvmC / YvmC 分子量: 29694.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NdeI/XhoI restriction sites 由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア) 株: ATCC 14580 / 遺伝子: BL00817, BLi03566, yvmC / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta2 / 参照: UniProt: Q65EX3
#3: 化合物	ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸分子量: 207.290 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₇NO₃S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.71 % / Mosaicity: 0.282 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 20% PEG 8000, pH 9.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 7.5 % / Av σ(I) over netI: 29.72 / 数: 529353 / R_merge(I) obs: 0.085 / Χ²: 1.18 / D res high: 1.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 70129 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.66	50	99.8	1	0.033	1.118	7.4
2.91	3.66	100	1	0.07	2.269	7.5
2.54	2.91	100	1	0.083	1.575	7.6
2.31	2.54	100	1	0.088	0.98	7.6
2.14	2.31	100	1	0.113	0.936	7.6
2.02	2.14	100	1	0.15	0.908	7.6
1.91	2.02	100	1	0.208	0.915	7.6
1.83	1.91	100	1	0.306	0.991	7.6
1.76	1.83	100	1	0.414	1.022	7.5
1.7	1.76	100	1	0.566	1.093	7.5

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 70129 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Χ²: 1.181 / Net I/σ(I): 8.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.7-1.76	7.5	0.566	7006	1.093	1	100
1.76-1.83	7.5	0.414	6959	1.022	1	100
1.83-1.91	7.6	0.306	6921	0.991	1	100
1.91-2.02	7.6	0.208	7000	0.915	1	100
2.02-2.14	7.6	0.15	6964	0.908	1	100
2.14-2.31	7.6	0.113	7022	0.936	1	100
2.31-2.54	7.6	0.088	6985	0.98	1	100
2.54-2.91	7.6	0.083	7029	1.575	1	100
2.91-3.66	7.5	0.07	7069	2.269	1	100
3.66-50	7.4	0.033	7174	1.118	1	99.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	32.35 Å
Translation	2.5 Å	32.35 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.2.4	位相決定
PHENIX	1.6.2_432	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.701→32.354 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.9061 / SU ML: 0.19 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1836	1925	2.84 %
R_work	0.1653	-	-
obs	0.1658	67798	96.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60.142 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 73.68 Å² / B_iso mean: 17.7777 Å² / B_iso min: 5.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.4089 Å²	0 Å²	-1.05 Å²
2-	-	1.4739 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.065 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.701→32.354 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3528	0	70	413	4011

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3702
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.06	4998
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	538
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	645
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.376	1390

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7011-1.7619	0.2009	180	0.1865	6102	6282	90
1.7619-1.8324	0.2082	180	0.1771	6244	6424	92
1.8324-1.9158	0.2019	179	0.164	6321	6500	94
1.9158-2.0168	0.1802	196	0.1569	6558	6754	96
2.0168-2.1431	0.1734	186	0.1595	6630	6816	98
2.1431-2.3085	0.184	200	0.1636	6711	6911	98
2.3085-2.5408	0.1822	196	0.1634	6699	6895	99
2.5408-2.9082	0.1925	203	0.169	6785	6988	99
2.9082-3.6632	0.1685	203	0.1589	6853	7056	100
3.6632-32.3594	0.1829	202	0.1683	6970	7172	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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