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- PDB-3oqg: Restriction endonuclease HPY188I in complex with substrate DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oqg
タイトルRestriction endonuclease HPY188I in complex with substrate DNA
要素
  • DNA 5'-D(*GP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*AP*C)-3'
  • DNA 5'-D(*GP*TP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*C)-3'
  • Hpy188I
キーワードHYDROLASE/DNA / ENDONUCLEASE-DNA COMPLEX / RESTRICTION ENZYME / HPY188I / INTERCALATION / GIY-YIG NUCLEASE / CATALYTIC MECHANISM / PSEUDOPALINDROME / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性GIY-YIG endonuclease - #50 / GIY-YIG endonuclease / endonuclease activity / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DNA / GIY-YIG nuclease family protein
機能・相同性情報
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Sokolowska, M. / Czapinska, H. / Bochtler, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Hpy188I-DNA pre- and post-cleavage complexes--snapshots of the GIY-YIG nuclease mediated catalysis.
著者: Sokolowska, M. / Czapinska, H. / Bochtler, M.
履歴
登録2010年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Remark 300BIOLOGICAL UNIT CONTAINS PROTEIN CHAINS A AND B, DNA STRANDS C AND D. THE TETRAMER (ACCORDING TO ...BIOLOGICAL UNIT CONTAINS PROTEIN CHAINS A AND B, DNA STRANDS C AND D. THE TETRAMER (ACCORDING TO PDB CONVENTIONS) IS A COMPLEX OF THE DIMERIC RESTRICTION ENZYME WITH ITS SUBSTRATE, DOUBLE STRANDED DNA. THE NATURAL PROTEIN OLIGOMERIZATION STATE IS A DIMER - THE DNA IS A SUBSTRATE. UNDER THE PHYSIOLOGICAL CONDITIONS THE PROTEIN DIMER BINDS DOUBLE STRANDED DNA AND CLEAVES IT TO TWO DOUBLE STRANDED DNA FRAGMENTS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hpy188I
B: Hpy188I
C: DNA 5'-D(*GP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*AP*C)-3'
D: DNA 5'-D(*GP*TP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8127
ポリマ－47,7314
非ポリマー813
水6,467359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10420 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area16550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.236, 65.236, 220.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hpy188I


分子量: 21130.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 188 / 遺伝子: hpy188IR / プラスミド: PET15BMOD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q9KJ88

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA 5'-D(*GP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*AP*C)-3'


分子量: 2739.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC OLIGONUCLEOTIDE
#3: DNA鎖 DNA 5'-D(*GP*TP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*C)-3'


分子量: 2730.810 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC OLIGONUCLEOTIDE

-
非ポリマー , 3種, 362分子

#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.08 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.1 M MES/NaOH pH 6.2 and 30% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月10日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: TRIANGULAR MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→20 Å / Num. all: 48330 / Num. obs: 48330 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5.55 % / Biso Wilson estimate: 23.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 24.651
反射 シェル解像度: 1.75→1.77 Å / 冗長度: 5.55 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.265 / Num. unique all: 1895 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXCD位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→19.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THE DENSITY FOR THE NUCLEOPHILIC WATER MOLECULES (RESIDUES A173 & B172) IS VERY WEAK. IT MIGHT CORRESPOND TO A (HALF OCCUPIED) WATER MOLECULE OR A HYDROXIDE ION. ACCORDING TO THE MS DATA, THE ...詳細: THE DENSITY FOR THE NUCLEOPHILIC WATER MOLECULES (RESIDUES A173 & B172) IS VERY WEAK. IT MIGHT CORRESPOND TO A (HALF OCCUPIED) WATER MOLECULE OR A HYDROXIDE ION. ACCORDING TO THE MS DATA, THE SELENOMETHIONINE SUBSTITUTION WAS SUCCESSFUL ONLY IN PART. THEREFORE, ONLY MET56 WAS MODELED AS SELENOMETHIONINE. HOWEVER, ALL THREE MET POSITIONS ARE LIKELY TO BE PARTIALLY OCCUPIED BY MET AND PARTIALLY BY MSE.THE CNS PROGRAM HAS BEEN USED FOR DNA REFINEMENT. NO SUGAR PUCKER CONSTRAINTS HAVE BEEN APPLIED. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. TLS REFINEMENT HAS BEEN USED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19218 2393 5 %RESOLUTION SHELLS
Rwork0.16474 ---
all0.16612 48287 --
obs0.16612 48287 98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.972 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7 Å20 Å20 Å2
2--0.7 Å20 Å2
3----1.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2894 363 3 359 3619
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224222
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022657
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2242.1725906
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.96136612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.585445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.22226.057175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.09415667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.779158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02745
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2793
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.230.22450
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1910.21960
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1120.21536
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2353
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1560.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0750.28
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2080.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.230.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1820.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.61.52036
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other01.5801
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.10723387
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.49232186
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2514.52514
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 216 -
Rwork0.228 3222 -
obs-3438 97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.09170.01920.33071.08320.01891.19440.0103-0.014-0.0083-0.0347-0.0140.0090.06260.01670.0038-0.0631-0.0025-0.010.0048-0.012-0.0250.45515.75182.663
20.3773-0.1890.37690.8053-0.20431.45910.0357-0.06570.00440.0035-0.01070.08940.1067-0.1489-0.025-0.0692-0.0242-0.01010.0341-0.0154-0.0381-0.06812.05798.17
30.770.12040.38220.86960.38291.20980.03390.1408-0.00480.01540.0268-0.03870.03460.1211-0.0607-0.07790.003-0.0220.0461-0.0093-0.06010.8610.96667.39
44.25130.04831.10163.66810.27656.0910.07790.0026-0.45320.09110.07710.02031.04110.0084-0.1550.2383-0.0031-0.109-0.1078-0.0099-0.00040.159-7.62483.461
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C-4 - 4
2X-RAY DIFFRACTION1D-4 - 4
3X-RAY DIFFRACTION2A-9 - 127
4X-RAY DIFFRACTION2B143 - 170
5X-RAY DIFFRACTION3B-9 - 127
6X-RAY DIFFRACTION3A143 - 170
7X-RAY DIFFRACTION4A128 - 142
8X-RAY DIFFRACTION4B128 - 142

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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