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- PDB-3oq2: Structure of a CRISPR associated protein Cas2 from Desulfovibrio ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oq2
タイトルStructure of a CRISPR associated protein Cas2 from Desulfovibrio vulgaris
要素CRISPR-associated protein Cas2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ferredoxin fold / CRISPR
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / RNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated endonuclease Cas2 / Virulence-associated protein D / CRISPR associated protein Cas2 / CRISPR associated protein Cas2 / Alpha-Beta Plaits - #240 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Samai, P. / Smith, P. / Shuman, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Structure of a CRISPR-associated protein Cas2 from Desulfovibrio vulgaris.
著者: Samai, P. / Smith, P. / Shuman, S.
履歴
登録2010年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年9月13日Group: Refinement description / カテゴリ: refine
Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _refine.pdbx_method_to_determine_struct
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated protein Cas2
B: CRISPR-associated protein Cas2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,13113
ポリマ－23,8932
非ポリマー1,23711
水5,729318
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: CRISPR-associated protein Cas2
B: CRISPR-associated protein Cas2
ヘテロ分子

A: CRISPR-associated protein Cas2
B: CRISPR-associated protein Cas2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,26126
ポリマ－47,7874
非ポリマー2,47522
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area11780 Å2
ΔGint-172 kcal/mol
Surface area18120 Å2
手法PISA
3
A: CRISPR-associated protein Cas2
ヘテロ分子

A: CRISPR-associated protein Cas2
ヘテロ分子

B: CRISPR-associated protein Cas2
ヘテロ分子

B: CRISPR-associated protein Cas2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,26126
ポリマ－47,7874
非ポリマー2,47522
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area8250 Å2
ΔGint-182 kcal/mol
Surface area21900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.874, 48.810, 41.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-105-

CL

21A-112-

SO4

31A-246-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CRISPR-associated protein Cas2


分子量: 11946.675 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
株: Hildenborough / ATCC 29579 / NCIMB 8303 / 遺伝子: cas2, DVUA0135 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q72WF4

-
非ポリマー , 6種, 329分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein solution 0.85 mM DvuCas2, reservoir solution 1 M lithium sulfate, 0.5 M ammonium sulfate and 0.1 M trisodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. all: 46959 / Num. obs: 45550 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 29.1
反射 シェル解像度: 1.35→50 Å / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.35→29.079 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 15.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1771 2146 4.97 %
Rwork0.1277 --
obs0.1302 43191 92.58 %
all-46653 -
溶媒の処理減衰半径: 0.4 Å / VDWプローブ半径: 0.5 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.873 Å2 / ksol: 0.446 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.7097 Å2-0 Å20.325 Å2
2---0.6712 Å2-0 Å2
3---1.418 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→29.079 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1605 0 74 318 1997
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061827
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1192499
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.386711
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066252
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005321
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.39830.24851800.17363313X-RAY DIFFRACTION75
1.3983-1.45420.19141860.13713795X-RAY DIFFRACTION86
1.4542-1.52040.17992040.12123965X-RAY DIFFRACTION89
1.5204-1.60060.15792240.10674113X-RAY DIFFRACTION93
1.6006-1.70080.17121920.10644189X-RAY DIFFRACTION96
1.7008-1.83210.16092100.11374306X-RAY DIFFRACTION97
1.8321-2.01650.17542360.11234305X-RAY DIFFRACTION97
2.0165-2.30820.17132510.11144346X-RAY DIFFRACTION98
2.3082-2.90760.16852360.12974364X-RAY DIFFRACTION98
2.9076-29.08540.18522270.14544349X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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