PDB-3op9: Crystal structure of transcriptional regulator from Listeria innocua

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3op9

タイトル

Crystal structure of transcriptional regulator from Listeria innocua

要素

Pli0006 protein

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria innocua (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.898 Å

データ登録者

Michalska, K. / Li, H. / Gu, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of transcriptional regulator from Listeria innocua
著者: Michalska, K. / Li, H. / Gu, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3op9.cif.gz	56.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3op9.ent.gz	45.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3op9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3op9_validation.pdf.gz	414.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3op9_full_validation.pdf.gz	414.3 KB	表示
XML形式データ	3op9_validation.xml.gz	6.9 KB	表示
CIF形式データ	3op9_validation.cif.gz	8.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/3op9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/3op9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2683 6j27-2 1i5n-d 3ha0-3 6j27-1 1uc8-d 2nnx-d 6j28-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: apc88435

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Pli0006 protein

ヘテロ分子

13.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pli0006 protein

ヘテロ分子

A: Pli0006 protein

ヘテロ分子

A: Pli0006 protein

ヘテロ分子

A: Pli0006 protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
53.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_655	-x+1,-y,z	1
crystal symmetry operation	15_545	y+1/2,x-1/2,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	16_555	-y+1/2,-x+1/2,-z+1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.12, 71.12, 122.13
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-144- HOH

詳細

AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL ASSEMBLY: UNKNOWN

#1: タンパク質	Pli0006 protein 分子量: 13395.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Listeria innocua (バクテリア) / 株: Clip11262 / 遺伝子: pli0006 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: Q926P6
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.32 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.0 M K/Na tartrate, 0.1 M Tris/HCl, 0.2 M Li2SO4, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97967 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月29日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97967 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 12741 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.7 % / B_iso Wilson estimate: 27.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 38.9
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.591 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 639 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELX		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELX		位相決定
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.898→26.098 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2226	956	7.51 %	random
R_work	0.1867	-	-	-
obs	0.1894	12735	99.58 %	-
all	-	12735	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 52.313 Å² / k_sol: 0.454 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.046 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.046 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.0921 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.898→26.098 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	885	0	1	64	950

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	941
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.168	1277
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.345	359
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	146
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	162

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8984-1.9985	0.2662	134	0.2251	1653	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9985-2.1236	0.2192	148	0.1939	1638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1236-2.2875	0.2442	135	0.1797	1673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2875-2.5176	0.197	122	0.1768	1672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5176-2.8815	0.2219	125	0.1955	1693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8815-3.6288	0.2429	138	0.1908	1701	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6288-26.1008	0.2091	154	0.1791	1749	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0523	1.4027	1.1097	5.1029	0.7508	0.9882	0.1546	-0.5415	0.1403	0.6145	-0.301	0.1431	-0.1076	-0.2068	0.1145	0.2704	-0.0025	-0.0383	0.2227	0.036	0.2006	27.6854	16.6862	44.2144
2	3.5381	-1.1249	0.2806	3.8591	-1.088	0.4107	-0.3311	-0.0156	0.4248	0.6514	0.4301	0.2811	-0.2727	0.0363	-0.0891	0.3281	0.1125	0.1437	0.2522	0.1114	0.3455	21.1708	23.6674	41.2615
3	2.4242	-0.1128	2.2432	2.983	-0.7618	6.8243	-0.1824	0.1031	-0.1717	-0.3733	0.1319	-0.0095	-0.4143	-0.6097	-0.0525	0.2171	-0.0131	-0.0152	0.2509	0.0485	0.2076	29.1672	18.5583	32.6852
4	0.8802	0.0913	0.1153	2.1793	-0.4502	0.2827	0.0545	-0.0083	-0.4112	-0.2592	-0.0006	-0.3853	0.9633	0.2017	0.112	0.404	-0.0113	-0.0304	0.1997	0.0274	0.2274	26.9433	5.498	34.8059
5	1.3247	-0.6626	0.7072	1.4434	-0.7385	0.7093	0.0827	0.1689	-0.2014	0.1768	0.128	-0.0036	-0.1092	-0.1007	-0.1313	0.2171	0.0099	-0.0266	0.2639	-0.001	0.1424	35.5787	-0.5164	12.0208

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:26)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 27:45)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 46:59)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 60:71)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 74:111)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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