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- PDB-3ool: I-SceI complexed with C/G+4 DNA substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ool
タイトルI-SceI complexed with C/G+4 DNA substrate
要素
  • 5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*CP*GP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*AP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*T)-3'
  • Intron encoded endonuclease I-SceI
キーワードHYDROLASE/DNA / homing endonuclease / intron homing / LAGLIDADG / Hydrolase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Group II intron splicing / intron homing / mRNA cis splicing, via spliceosome / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
LAGLIDADG DNA endonuclease family / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Intron-encoded endonuclease I-SceI
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Joshi, R. / Chen, J.-H. / Golden, B.L. / Gimble, F.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Evolution of I-SceI Homing Endonucleases with Increased DNA Recognition Site Specificity.
著者: Joshi, R. / Ho, K.K. / Tenney, K. / Chen, J.H. / Golden, B.L. / Gimble, F.S.
履歴
登録2010年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intron encoded endonuclease I-SceI
C: 5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*CP*GP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*AP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4656
ポリマ－43,3443
非ポリマー1203
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7720 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area16340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.184, 49.938, 63.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.540, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Intron encoded endonuclease I-SceI / 21S rRNA intron maturase / Homing endonuclease omega


分子量: 27986.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SceI,omega / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P03882, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*CP*GP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*AP*C)-3'


分子量: 7717.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Top strand of I-SceI C/G+4 DNA target
#3: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*T)-3'


分子量: 7640.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Bottom strand of I-SceI C/G+4 DNA target
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.62 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: PEG400,CaCl2,NaOAc,DTT, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月8日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 22091 / % possible obs: 84.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 2.015 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2-2.072.70.17422471.01986.9
2.07-2.1530.18224641.44694.4
2.15-2.2530.17414086.03954.1
2.25-2.373.40.1515483.91759
2.37-2.523.60.10326001.61899.7
2.52-2.713.70.0826061.574100
2.71-2.993.80.05826151.79699.9
2.99-3.423.70.05226331.78899.9
3.42-4.313.40.04313371.78650.5
4.31-503.60.04126331.71697

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0088精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1R7M

1r7m


解像度: 2.3→30.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 21.198 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.315 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 1133 7.1 %RANDOM
Rwork0.2463 ---
all0.327 17337 --
obs0.2496 15880 91.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 119.27 Å2 / Biso mean: 43.9129 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20 Å2-0.15 Å2
2--0.39 Å20 Å2
3----0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1854 984 3 36 2877
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0223003
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1462.374265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3815222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.03425.38591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.88715356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.23154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2466
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211924
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2621.51113
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.49121807
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.59131890
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9594.52458
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 91 -
Rwork0.34 1137 -
all-1228 -
obs--96.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.42931.4138-3.81363.8853-2.47428.31740.0291-0.0682-0.2491-0.5114-0.1527-0.01940.17390.38020.12360.0968-0.0185-0.05220.17730.06390.288525.53517.9475-13.827
23.04710.6056-2.29353.4316-2.45125.26120.0043-0.1561-0.1001-0.4352-0.2383-0.27880.12690.51120.2340.1661-0.0404-0.04120.1520.0390.274925.031416.3866-14.1068
32.4756-0.3358-0.92181.9806-1.11744.22730.0961-0.13070.03120.0614-0.02780.105-0.4119-0.0707-0.06820.1118-0.0355-0.06670.2097-0.00540.22716.138625.8634-8.3828
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C2 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2D2 - 25
3X-RAY DIFFRACTION3A3 - 225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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