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- PDB-3onm: Effector binding Domain of LysR-Type transcription factor RovM fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3onm
タイトルEffector binding Domain of LysR-Type transcription factor RovM from Y. pseudotuberculosis
要素Transcriptional regulator LrhA
キーワードTRANSCRIPTION / LysR / RovM / transcription factor / virulence factor
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
: / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...: / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator LrhA / Transcriptional regulator LrhA
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Quade, N. / Diekmann, M. / Haffke, M. / Heroven, A.K. / Dersch, P. / Heinz, D.W.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Structure of the effector-binding domain of the LysR-type transcription factor RovM from Yersinia pseudotuberculosis.
著者: Quade, N. / Dieckmann, M. / Haffke, M. / Heroven, A.K. / Dersch, P. / Heinz, D.W.
履歴
登録2010年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22011年9月21日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator LrhA
B: Transcriptional regulator LrhA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3172
ポリマ－52,3172
非ポリマー00
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area17670 Å2
手法PISA
2
A: Transcriptional regulator LrhA
B: Transcriptional regulator LrhA

A: Transcriptional regulator LrhA
B: Transcriptional regulator LrhA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6354
ポリマ－104,6354
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_455-x-1,-y,z1
Buried area7300 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area31420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.468, 69.468, 351.216
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator LrhA


分子量: 26158.682 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 92-309 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
株: IP 31758 / 遺伝子: lrhA, RovM, YpsIP31758_1452 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A7FGQ3, UniProt: A0A0U1QVR9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M HEPES pH 8.0, 12.5% (w/v) PEG 6000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID2910.9793
回転陽極RIGAKU MICROMAX-007 HF21.54
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2010年5月2日
RIGAKU SATURN 944+2CCD2010年1月1日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si (111) Si (311)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2VariMaxSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
21.541
Reflection冗長度: 10.4 % / Av σ(I) over netI: 6.18 / 数: 182284 / Rsym value: 0.074 / D res high: 2.4 Å / D res low: 87.804 Å / Num. obs: 17557 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
7.5942.8797.710.0390.0399.3
5.377.5910010.0550.05510.4
4.385.3710010.0640.06410.8
3.794.3810010.0720.07211.1
3.393.7910010.0810.08111.1
3.13.3910010.1020.10211.1
2.873.110010.1380.13810.8
2.682.8710010.2060.20610.4
2.532.6810010.3440.3449.6
2.42.5310010.540.549.2
反射解像度: 2.4→87.8 Å / Num. all: 17557 / Num. obs: 17557 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.4 % / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. measured all: 22745 / Num. unique all: 2485 / Rsym value: 0.54 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DNAデータ収集
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→42.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / WRfactor Rfree: 0.291 / WRfactor Rwork: 0.2206 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7968 / SU B: 19.941 / SU ML: 0.216 / SU R Cruickshank DPI: 0.4017 / SU Rfree: 0.299 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.299 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2946 909 5.2 %RANDOM
Rwork0.2205 ---
obs0.2243 17503 99.76 %-
all-17557 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 174.08 Å2 / Biso mean: 59.3615 Å2 / Biso min: 18.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.81 Å20 Å20 Å2
2--1.81 Å20 Å2
3----3.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→42.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2787 0 0 70 2857
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222847
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5751.9893893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.855366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.53822.857105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.4615446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6421523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2470
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0222124
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.681.51855
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.25622998
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0353992
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.224.5895
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 64 -
Rwork0.229 1210 -
all-1274 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.60810.5994-0.43695.23190.98153.65070.0116-0.23020.16970.36110.0058-0.2234-0.24030.1192-0.01740.12590.0102-0.02180.19410.03730.2788-25.2434-1.2255-0.1241
21.75550.457-0.90014.930.92743.1562-0.05080.0730.258-0.32030.00150.2589-0.4008-0.16810.04930.1738-0.0164-0.05710.12230.00140.2255-26.68119.8059-13.6266
38.8056-1.07965.804714.2691-5.13254.91820.32250.1354-0.50060.4818-0.1573-0.23620.07820.3634-0.16530.05310.1321-0.03590.5690.11620.4146-16.5219-5.91960.6725
44.46630.3480.32062.6425-0.52428.61830.00340.24020.5024-0.2282-0.03030.5005-0.6188-0.56520.02680.3291-0.0039-0.03080.176-0.00590.3837-36.313515.1502-39.8572
52.3817-0.1564-0.01282.46140.35882.6520.0057-0.05610.02930.0455-0.0585-0.1456-0.13250.28990.05280.1604-0.02510.0070.15630.00940.1267-20.45663.5331-30.6736
6-1.05052.0840.95892.75442.1417-6.4912-1.24340.92260.274-0.43730.80310.0299-0.10940.01310.44032.6489-0.484-0.63541.32380.21691.1048-39.080128.3348-44.4739
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A99 - 166
2X-RAY DIFFRACTION2A167 - 263
3X-RAY DIFFRACTION3A264 - 289
4X-RAY DIFFRACTION4B100 - 160
5X-RAY DIFFRACTION5B161 - 269
6X-RAY DIFFRACTION6B270 - 280

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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