[日本語] English
万見
- PDB-2isy: Crystal structure of the nickel-activated two-domain iron-depende... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2isy
タイトルCrystal structure of the nickel-activated two-domain iron-dependent regulator (IdeR)
要素Iron-dependent repressor ideR
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / DNA-binding protein (DNA結合タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


catechol-containing siderophore biosynthetic process / cobalt ion binding / cadmium ion binding / nickel cation binding / transition metal ion binding / peptidoglycan-based cell wall / ferrous iron binding / manganese ion binding / response to oxidative stress / protein dimerization activity ...catechol-containing siderophore biosynthetic process / cobalt ion binding / cadmium ion binding / nickel cation binding / transition metal ion binding / peptidoglycan-based cell wall / ferrous iron binding / manganese ion binding / response to oxidative stress / protein dimerization activity / iron ion binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Diphteria toxin repressor, SH3 domain / Diphteria toxin repressor SH3 domain / FeoA domain / Ferrous iron transporter, core domain / Ferrous iron transporter FeoA domain / FeoA / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain / Iron dependent repressor, N-terminal DNA binding domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain ...Diphteria toxin repressor, SH3 domain / Diphteria toxin repressor SH3 domain / FeoA domain / Ferrous iron transporter, core domain / Ferrous iron transporter FeoA domain / FeoA / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain / Iron dependent repressor, N-terminal DNA binding domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Iron dependent repressor / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain superfamily / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Helix-turn-helix diphteria tox regulatory element / Transcriptional repressor, C-terminal / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / リン酸塩 / Iron-dependent repressor IdeR / Iron-dependent repressor IdeR
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.955 Å
データ登録者Wisedchaisri, G. / Chou, C.J. / Wu, M. / Roach, C. / Rice, A.E. / Holmes, R.K. / Beeson, C. / Hol, W.G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Crystal structures, metal activation, and DNA-binding properties of two-domain IdeR from Mycobacterium tuberculosis
著者: Wisedchaisri, G. / Chou, C.J. / Wu, M. / Roach, C. / Rice, A.E. / Holmes, R.K. / Beeson, C. / Hol, W.G.
履歴
登録2006年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Iron-dependent repressor ideR
B: Iron-dependent repressor ideR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1678
ポリマ－35,7432
非ポリマー4256
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area14820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.954, 44.743, 49.641
Angle α, β, γ (deg.)110.180, 96.570, 108.290
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The asymmetric unit contains a biological dimer

-
要素

#1: タンパク質 Iron-dependent repressor ideR


分子量: 17871.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: IdeR,dtxR / プラスミド: pAER36 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P0A672, UniProt: P9WMH1*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 0.6 M Na/K phosphate pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0332 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2003年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
ReflectionAv σ(I) over netI: 12.6 / 数: 36720 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1.05 / D res high: 1.95 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 20610 / % possible obs: 91.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
4.25094.710.0451.036
3.334.297.810.051.079
2.913.339810.0561.056
2.652.9197.610.071.071
2.462.6597.210.0751.04
2.312.4696.810.0891.045
2.22.3196.210.1111.04
2.12.294.710.1251.045
2.022.186.510.151.067
1.952.0258.110.1731.034
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 20610 / % possible obs: 91.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1.052 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.95-2.020.17312931.03458.1
2.02-2.10.1519511.06786.5
2.1-2.20.12521441.04594.7
2.2-2.310.11121241.0496.2
2.31-2.460.08922031.04596.8
2.46-2.650.07521701.0497.2
2.65-2.910.0721921.07197.6
2.91-3.330.05622001.05698
3.33-4.20.0522081.07997.8
4.2-500.04521251.03694.7

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.414 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.574
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å25.88 Å
Translation3 Å25.88 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1FX7

1fx7


解像度: 1.955→45.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 3.753 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 1058 5.1 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.178 20606 91.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.607 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.04 Å20.1 Å2-0.6 Å2
2---1.04 Å2-1.29 Å2
3----1.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.955→45.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2359 0 14 148 2521
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0212416
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2821.993296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0465312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.5123.478115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.5315425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.6831527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2383
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021831
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.31220
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.51669
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2090.5291
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0040.011
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2840.351
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1740.518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.69531529
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.62942429
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6514968
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6885857
LS精密化 シェル解像度: 1.955→2.006 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 40 -
Rwork0.224 820 -
obs-860 51.84 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る