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万見
- PDB-3onl: yeast Ent3_ENTH-Vti1p_Habc complex structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3onl
タイトルyeast Ent3_ENTH-Vti1p_Habc complex structure
要素
  • Epsin-3
  • t-SNARE VTI1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / HELIX / ENTH / HABC / recognition between SNARE and adaptor
機能・相同性
機能・相同性情報


vacuolar calcium ion homeostasis / amphisome-lysosome fusion / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / vesicle fusion with Golgi apparatus / Golgi vesicle fusion to target membrane / clathrin vesicle coat / early endosome to Golgi transport / Golgi to vacuole transport / vacuole fusion, non-autophagic / Golgi to endosome transport ...vacuolar calcium ion homeostasis / amphisome-lysosome fusion / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / vesicle fusion with Golgi apparatus / Golgi vesicle fusion to target membrane / clathrin vesicle coat / early endosome to Golgi transport / Golgi to vacuole transport / vacuole fusion, non-autophagic / Golgi to endosome transport / Platelet degranulation / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / SNAP receptor activity / SNARE complex / multivesicular body sorting pathway / vesicle fusion / intra-Golgi vesicle-mediated transport / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / fungal-type vacuole membrane / retrograde transport, endosome to Golgi / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / vacuolar membrane / clathrin binding / autophagosome membrane / SNARE binding / macroautophagy / intracellular protein transport / ER to Golgi transport vesicle membrane / phospholipid binding / endocytosis / late endosome membrane / protein transport / actin cytoskeleton organization / endosome membrane / endosome / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
t-snare proteins / GOSR2/Membrin/Bos1 / Vesicle transport v-SNARE, N-terminal / Vesicle transport v-SNARE protein N-terminus / Vesicle transport v-SNARE, N-terminal domain superfamily / Snare region anchored in the vesicle membrane C-terminus / ENTH domain / Epsin N-terminal homology (ENTH) domain / ENTH domain profile. / ENTH domain ...t-snare proteins / GOSR2/Membrin/Bos1 / Vesicle transport v-SNARE, N-terminal / Vesicle transport v-SNARE protein N-terminus / Vesicle transport v-SNARE, N-terminal domain superfamily / Snare region anchored in the vesicle membrane C-terminus / ENTH domain / Epsin N-terminal homology (ENTH) domain / ENTH domain profile. / ENTH domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #90 / SNARE / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / ENTH/VHS / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Epsin-3 / t-SNARE VTI1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wang, J. / Fang, P. / Niu, L. / Teng, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Epsin N-terminal homology domains bind on opposite sides of two SNAREs
著者: Wang, J. / Gossing, M. / Fang, P. / Zimmermann, J. / Li, X. / von Mollard, G.F. / Niu, L. / Teng, M.
履歴
登録2010年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月21日Group: Database references
改定 1.22014年4月2日Group: Derived calculations
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epsin-3
B: Epsin-3
C: t-SNARE VTI1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2393
ポリマ－46,2393
非ポリマー00
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.683, 82.351, 95.953
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細THERE IS AN 1:1 COMPLEX FORMING BY TWO MONOMERIC PROTEIN.

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要素

#1: タンパク質 Epsin-3 / ENT3


分子量: 17621.947 Da / 分子数: 2 / 断片: ENTH domain, residues 28-170 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3) / 参照: UniProt: P47160
#2: タンパク質 t-SNARE VTI1 / Vesicle transport v-SNARE protein VTI1 / Qb-SNARE VTI1 / VPS10-interacting protein 1


分子量: 10995.161 Da / 分子数: 1 / 断片: Habc domain, residues 3-99 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3) / 参照: UniProt: Q04338
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.94 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M tri-Lithium Citrate tetrahydrate, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 23733 / % possible obs: 98.4 %
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3ONJ and 3ONK

3onj

3onk


解像度: 2.2→33.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.59 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2693 1213 5.1 %RANDOM
Rwork0.2233 ---
obs0.2256 23725 97.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 113.15 Å2 / Biso mean: 38.5679 Å2 / Biso min: 17.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20 Å20 Å2
2--0.49 Å20 Å2
3----0.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→33.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2977 0 0 180 3157
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223020
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0511.9524068
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2345368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.48724.088159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.30415561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1211530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2453
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022279
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.041.51843
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.91922961
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.42231177
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.4784.51107
LS精密化 シェル解像度: 2.202→2.259 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 88 -
Rwork0.28 1528 -
all-1616 -
obs--91.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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