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万見
- PDB-3onk: yeast Ent3_ENTH domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3onk
タイトルyeast Ent3_ENTH domain
要素Epsin-3
キーワードPROTEIN TRANSPORT / helix
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin vesicle coat / early endosome to Golgi transport / Golgi to endosome transport / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / multivesicular body sorting pathway / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / clathrin binding / phospholipid binding / endocytosis ...clathrin vesicle coat / early endosome to Golgi transport / Golgi to endosome transport / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / multivesicular body sorting pathway / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / clathrin binding / phospholipid binding / endocytosis / protein transport / actin cytoskeleton organization / endosome / Golgi apparatus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
ENTH domain / Epsin N-terminal homology (ENTH) domain / ENTH domain profile. / ENTH domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #90 / ENTH/VHS / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Wang, J. / Fang, P. / Niu, L. / Teng, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Epsin N-terminal homology domains bind on opposite sides of two SNAREs
著者: Wang, J. / Gossing, M. / Fang, P. / Zimmermann, J. / Li, X. / von Mollard, G.F. / Niu, L. / Teng, M.
履歴
登録2010年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月21日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epsin-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6221
ポリマ－17,6221
非ポリマー00
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.600, 37.589, 38.109
Angle α, β, γ (deg.)77.810, 86.640, 65.540
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Epsin-3 / ENT3


分子量: 17621.947 Da / 分子数: 1 / 断片: ENTH domain, residues 28-170 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3) / 参照: UniProt: P47160
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.03 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 8% tacsimate, 20% PEG 3350, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→40 Å / Num. obs: 7327 / % possible obs: 95.1 %
反射 シェル解像度: 2.09→2.18 Å / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XGW

1xgw


解像度: 2.09→33.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2587 714 9.7 %RANDOM
Rwork0.1953 ---
obs0.2015 7326 94.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 66.43 Å2 / Biso mean: 28.8799 Å2 / Biso min: 13.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.13 Å20.47 Å20.21 Å2
2--1.26 Å2-0.21 Å2
3----0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→33.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1110 0 0 33 1143
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0211127
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0271.9421517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8635136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.75723.22662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.36515206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2941514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2166
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02861
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2151.5678
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.31821086
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2633449
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.1554.5431
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.144 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 52 -
Rwork0.251 403 -
all-455 -
obs--81.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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