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- PDB-3onj: Crystal structure of yeast Vti1p_Habc domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3onj
タイトルCrystal structure of yeast Vti1p_Habc domain
要素t-SNARE VTI1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / helix / Habc
機能・相同性
機能・相同性情報


vacuolar calcium ion homeostasis / amphisome-lysosome fusion / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Golgi vesicle fusion to target membrane / vesicle fusion with Golgi apparatus / vacuole fusion, non-autophagic / Golgi to endosome transport / Golgi to vacuole transport / vesicle fusion / Platelet degranulation ...vacuolar calcium ion homeostasis / amphisome-lysosome fusion / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Golgi vesicle fusion to target membrane / vesicle fusion with Golgi apparatus / vacuole fusion, non-autophagic / Golgi to endosome transport / Golgi to vacuole transport / vesicle fusion / Platelet degranulation / SNARE complex / SNAP receptor activity / intra-Golgi vesicle-mediated transport / fungal-type vacuole membrane / retrograde transport, endosome to Golgi / vacuolar membrane / autophagosome membrane / SNARE binding / macroautophagy / intracellular protein transport / ER to Golgi transport vesicle membrane / endocytosis / late endosome membrane / endosome membrane / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / cytosol
類似検索 - 分子機能
t-snare proteins / GOSR2/Membrin/Bos1 / Vesicle transport v-SNARE, N-terminal / Vesicle transport v-SNARE protein N-terminus / Vesicle transport v-SNARE, N-terminal domain superfamily / Snare region anchored in the vesicle membrane C-terminus / SNARE / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain ...t-snare proteins / GOSR2/Membrin/Bos1 / Vesicle transport v-SNARE, N-terminal / Vesicle transport v-SNARE protein N-terminus / Vesicle transport v-SNARE, N-terminal domain superfamily / Snare region anchored in the vesicle membrane C-terminus / SNARE / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Wang, J. / Fang, P. / Niu, L. / Teng, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Epsin N-terminal homology domains bind on opposite sides of two SNAREs
著者: Wang, J. / Gossing, M. / Fang, P. / Zimmermann, J. / Li, X. / von Mollard, G.F. / Niu, L. / Teng, M.
履歴
登録2010年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月21日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: t-SNARE VTI1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9951
ポリマ－10,9951
非ポリマー00
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.112, 49.751, 51.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 t-SNARE VTI1 / Vesicle transport v-SNARE protein VTI1 / Qb-SNARE VTI1 / VPS10-interacting protein 1


分子量: 10995.161 Da / 分子数: 1 / 断片: Habc domain, residues 3-99 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3) / 参照: UniProt: Q04338
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.49 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate trihydrate, 25% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 6805 / % possible obs: 99.8 %
反射 シェル解像度: 1.92→1.95 Å / 冗長度: 5.8 % / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1vcs

1vcs


解像度: 1.92→35.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.62 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2403 669 10 %RANDOM
Rwork0.1721 ---
obs0.1788 6684 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 49.94 Å2 / Biso mean: 13.5034 Å2 / Biso min: 3.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8 Å20 Å20 Å2
2--0.75 Å20 Å2
3----1.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→35.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数752 0 0 98 850
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.022761
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8711.981030
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.031596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.2927.14335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.9315142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.155152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021564
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.841.5486
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7422783
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0373275
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.6244.5247
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 46 -
Rwork0.187 435 -
all-481 -
obs--99.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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