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- PDB-3ong: Crystal structure of UBA2ufd-Ubc9: insights into E1-E2 interactio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ong
タイトルCrystal structure of UBA2ufd-Ubc9: insights into E1-E2 interactions in Sumo pathways
要素
  • SUMO-conjugating enzyme UBC9
  • Ubiquitin-activating enzyme E1-like
キーワードLIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMO activating enzyme complex / SUMO activating enzyme activity / SUMO conjugating enzyme activity / mitotic spindle elongation / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMOylation of transcription factors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of transcription cofactors ...SUMO activating enzyme complex / SUMO activating enzyme activity / SUMO conjugating enzyme activity / mitotic spindle elongation / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMOylation of transcription factors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of transcription cofactors / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of DNA replication proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / SUMO transferase activity / protein sumoylation / condensed nuclear chromosome / cell division / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like 2 activating enzyme e1b. Chain: B, domain 3 / SUMO-activating enzyme subunit Uba2 / Ubiquitin activating enzyme, alpha domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, Cys active site / Ubiquitin-activating enzyme active site. / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / ThiF/MoeB/HesA family ...Ubiquitin-like 2 activating enzyme e1b. Chain: B, domain 3 / SUMO-activating enzyme subunit Uba2 / Ubiquitin activating enzyme, alpha domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, Cys active site / Ubiquitin-activating enzyme active site. / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme / : / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SUMO-conjugating enzyme UBC9 / Ubiquitin-activating enzyme E1-like
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wang, J. / Taherbhoy, A.M. / Hunt, H.W. / Seyedin, S.N. / Miller, D.W. / Huang, D.T. / Schulman, B.A.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of UBA2(ufd)-Ubc9: insights into E1-E2 interactions in Sumo pathways.
著者: Wang, J. / Taherbhoy, A.M. / Hunt, H.W. / Seyedin, S.N. / Miller, D.W. / Miller, D.J. / Huang, D.T. / Schulman, B.A.
履歴
登録2010年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年1月23日Group: Database references
改定 1.32013年9月18日Group: Derived calculations
改定 1.42017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.62024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-activating enzyme E1-like
B: SUMO-conjugating enzyme UBC9
C: Ubiquitin-activating enzyme E1-like
D: SUMO-conjugating enzyme UBC9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8094
ポリマ－64,8094
非ポリマー00
水68538
1
B: SUMO-conjugating enzyme UBC9
C: Ubiquitin-activating enzyme E1-like


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4052
ポリマ－32,4052
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Ubiquitin-activating enzyme E1-like
D: SUMO-conjugating enzyme UBC9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4052
ポリマ－32,4052
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.465, 134.038, 62.012
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-activating enzyme E1-like / SMT3-activating enzyme subunit 2 / Polymerase-interacting protein 2


分子量: 14324.036 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 439-563 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: UBA2, PIP2, UAL1, YDR390C, D9509.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52488
#2: タンパク質 SUMO-conjugating enzyme UBC9 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-18 kDa / Ubiquitin-protein ligase / Ubiquitin carrier protein 9


分子量: 18080.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: UBC9, YDL064W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P50623, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.29 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月23日
放射モノクロメーター: 1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 22536 / % possible obs: 94.03 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MAR345データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→38.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 21.582 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.568 / ESU R Free: 0.283 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25099 1143 5.1 %RANDOM
Rwork0.2228 ---
obs0.22423 21393 81.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 71.864 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20 Å2-0.26 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4267 0 0 38 4305
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0224369
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0821.9785935
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2795538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.46625200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.91715737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.181522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2643
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213354
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2591.52719
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.5124388
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.76831650
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3514.51547
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 55 -
Rwork0.334 903 -
obs--47.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.2878-2.12291.42568.9888-2.48646.94210.2093-0.0340.2799-0.078-0.2624-0.5850.05920.16010.05310.0215-0.0298-0.00650.26670.00140.264729.798380.591547.3162
22.42020.41181.29498.4511.48784.00610.02090.3456-0.0317-0.4366-0.00210.05360.28820.0966-0.01880.15070.00990.09660.24560.04530.124112.423387.102423.458
39.14612.01743.02889.67424.69338.24940.75140.0059-0.63050.9666-0.2173-0.24871.2376-0.3339-0.53411.1219-0.1723-0.19190.27870.04030.29663.86454.474421.0474
42.1273-0.20450.47659.289-0.01452.6480.18210.0785-0.03931.0613-0.128-0.17430.3584-0.293-0.05410.3868-0.079-0.06930.3386-0.0210.174428.853248.10254.6122
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999
3X-RAY DIFFRACTION3C-10 - 9999
4X-RAY DIFFRACTION4D-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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