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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3onf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Lupinus luteus S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase in complex with cordycepin | ||||||
要素 | Adenosylhomocysteinase | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Plant protein / enzyme-inhibitor complex / NAD cofactor / Regulation of SAM-dependent methylation reactions / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lupinus luteus (キバナノハウチワマメ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Brzezinski, K. / Jaskolski, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012 タイトル: High-resolution structures of complexes of plant S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase (Lupinus luteus). 著者: Brzezinski, K. / Dauter, Z. / Jaskolski, M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008 タイトル: Purification, crystallization and preliminary crystallographic studies of plant S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase (Lupinus luteus). 著者: Brzezinski, K. / Bujacz, G. / Jaskolski, M. #2: ジャーナル: Acta Biochim.Pol. / 年: 2001 タイトル: Sequence determination and analysis of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from yellow lupine (Lupinus luteus). 著者: Brzezinski, K. / Janowski, R. / Podkowinski, J. / Jaskolski, M. #3: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998 タイトル: Structure determination of selenomethionyl S-adenosylhomocysteine hydrolase using data at a single wavelength. 著者: Turner, M.A. / Yuan, C.S. / Borchardt, R.T. / Hershfield, M.S. / Smith, G.D. / Howell, P.L. #4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of S-adenosylhomocysteine hydrolase from rat liver. 著者: Hu, Y. / Komoto, J. / Huang, Y. / Gomi, T. / Ogawa, H. / Takata, Y. / Fujioka, M. / Takusagawa, F. #5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from the human malaria parasite Plasmodium falciparum. 著者: Tanaka, N. / Nakanishi, M. / Kusakabe, Y. / Shiraiwa, K. / Yabe, S. / Ito, Y. / Kitade, Y. / Nakamura, K.T. #6: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008 タイトル: Crystal structures of Mycobacterium tuberculosis S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase in ternary complex with substrate and inhibitors. 著者: Reddy, M.C. / Kuppan, G. / Shetty, N.D. / Owen, J.L. / Ioerger, T.R. / Sacchettini, J.C. #7: ジャーナル: MOL.PHYLOGENET.EVOL. / 年: 2005 タイトル: Bayesian phylogenetic analysis reveals two-domain topology of S-adenosylhomocysteine hydrolase protein sequences. 著者: Stepkowski, T. / Brzezinski, K. / Legocki, A.B. / Jaskolski, M. / Bena, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3onf.cif.gz | 418.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3onf.ent.gz | 341.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3onf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3onf_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3onf_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3onf_validation.xml.gz | 43.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3onf_validation.cif.gz | 64 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/3onf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/3onf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit contains a dimer, which corresponds to the biological unit |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 53673.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lupinus luteus (キバナノハウチワマメ) 遺伝子: SAHH, SHH, ssh-1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q9SP37, adenosylhomocysteinase |
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-非ポリマー , 5種, 644分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-TRS / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.49 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% PEG 4000, 10% isopropanol, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 2 mM cordycepin, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月19日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111), HORIZONTALLY FOCUSING プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 65547 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 22.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 17.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.686 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1V8B 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 7.899 / SU ML: 0.098 Isotropic thermal model: Isotropic atomic displacement parameters 交差検証法: R FREE / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.72 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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