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- PDB-3onf: Crystal structure of Lupinus luteus S-adenosyl-L-homocysteine hyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3onf
タイトルCrystal structure of Lupinus luteus S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase in complex with cordycepin
要素Adenosylhomocysteinase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Plant protein / enzyme-inhibitor complex / NAD cofactor / Regulation of SAM-dependent methylation reactions / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenosylhomocysteinase-like / Adenosylhomocysteinase-like / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, conserved site / Adenosylhomocysteinase-like superfamily / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 1. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 2. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain ...Adenosylhomocysteinase-like / Adenosylhomocysteinase-like / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, conserved site / Adenosylhomocysteinase-like superfamily / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 1. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 2. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-DEOXYADENOSINE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Adenosylhomocysteinase
類似検索 - 構成要素
生物種Lupinus luteus (キバナノハウチワマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Brzezinski, K. / Jaskolski, M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: High-resolution structures of complexes of plant S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase (Lupinus luteus).
著者: Brzezinski, K. / Dauter, Z. / Jaskolski, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: Purification, crystallization and preliminary crystallographic studies of plant S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase (Lupinus luteus).
著者: Brzezinski, K. / Bujacz, G. / Jaskolski, M.
#2: ジャーナル: Acta Biochim.Pol. / 年: 2001
タイトル: Sequence determination and analysis of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from yellow lupine (Lupinus luteus).
著者: Brzezinski, K. / Janowski, R. / Podkowinski, J. / Jaskolski, M.
#3: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Structure determination of selenomethionyl S-adenosylhomocysteine hydrolase using data at a single wavelength.
著者: Turner, M.A. / Yuan, C.S. / Borchardt, R.T. / Hershfield, M.S. / Smith, G.D. / Howell, P.L.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of S-adenosylhomocysteine hydrolase from rat liver.
著者: Hu, Y. / Komoto, J. / Huang, Y. / Gomi, T. / Ogawa, H. / Takata, Y. / Fujioka, M. / Takusagawa, F.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from the human malaria parasite Plasmodium falciparum.
著者: Tanaka, N. / Nakanishi, M. / Kusakabe, Y. / Shiraiwa, K. / Yabe, S. / Ito, Y. / Kitade, Y. / Nakamura, K.T.
#6: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of Mycobacterium tuberculosis S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase in ternary complex with substrate and inhibitors.
著者: Reddy, M.C. / Kuppan, G. / Shetty, N.D. / Owen, J.L. / Ioerger, T.R. / Sacchettini, J.C.
#7: ジャーナル: MOL.PHYLOGENET.EVOL. / 年: 2005
タイトル: Bayesian phylogenetic analysis reveals two-domain topology of S-adenosylhomocysteine hydrolase protein sequences.
著者: Stepkowski, T. / Brzezinski, K. / Legocki, A.B. / Jaskolski, M. / Bena, G.
履歴
登録2010年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月4日Group: Database references
改定 1.22014年2月19日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosylhomocysteinase
B: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,3449
ポリマ－107,3472
非ポリマー1,9977
水11,476637
1
A: Adenosylhomocysteinase
B: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子

A: Adenosylhomocysteinase
B: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,68818
ポリマ－214,6934
非ポリマー3,99514
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area29360 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area62350 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10400 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area35450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.623, 122.623, 126.622
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細The asymmetric unit contains a dimer, which corresponds to the biological unit

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Adenosylhomocysteinase / AdoHcyase / SAHASE / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase


分子量: 53673.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lupinus luteus (キバナノハウチワマメ)
遺伝子: SAHH, SHH, ssh-1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q9SP37, adenosylhomocysteinase

-
非ポリマー , 5種, 644分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-3AD / 3'-DEOXYADENOSINE


分子量: 251.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O3
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 637 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.49 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG 4000, 10% isopropanol, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 2 mM cordycepin, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月19日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111), HORIZONTALLY FOCUSING
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 65547 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 22.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.686 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0077精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1V8B

1v8b


解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 7.899 / SU ML: 0.098
Isotropic thermal model: Isotropic atomic displacement parameters
交差検証法: R FREE / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 1119 1.7 %RANDOM
Rwork0.156 ---
obs0.157 64344 99.8 %-
all-65729 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å20 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7500 0 134 637 8271
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0227953
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025330
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4791.98610824
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2363.00213040
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.27851023
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.93525.06332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.944151406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5791534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21232
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218792
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021476
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7561.54907
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1841.52014
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4342.57939
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.57653046
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.427102860
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 100 -
Rwork0.247 4659 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6356-0.2431-0.29151.44830.80040.8661-0.0298-0.04380.17670.02150.04260.0245-0.13460.0456-0.01280.1094-0.0129-0.03560.03550.03340.10589.030844.7607-2.4922
20.5760.03210.21490.373-0.25020.9271-0.0245-0.05970.12320.0793-0.01010.0595-0.1457-0.06770.03470.0576-0.0087-0.01120.0218-0.01220.03365.303325.42329.0391
30.86650.56910.00132.17890.53760.7606-0.09270.06080.2245-0.2411-0.02760.3824-0.163-0.11580.12030.07830.0158-0.07360.08110.02210.1196-12.639325.0096-14.5283
41.444-0.35560.64211.1079-0.1680.75790.05320.0586-0.023-0.071-0.04530.27340.0716-0.19-0.00780.0379-0.03110.0280.1667-0.02990.1103-37.214-1.69290.2054
50.46090.1272-0.17910.720.16020.9443-0.0220.07170.0516-0.0804-0.01480.1112-0.0554-0.13750.03670.0211-0.0165-0.01760.06160.00030.021-17.00421.6307-10.3868
61.7250.3940.8241.17740.20851.1924-0.1209-0.28030.35620.1316-0.06540.2691-0.1998-0.23970.18630.11210.01950.02190.1123-0.06040.1497-18.494921.20212.1378
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 193
2X-RAY DIFFRACTION2A194 - 424
3X-RAY DIFFRACTION3A425 - 485
4X-RAY DIFFRACTION4B-2 - 193
5X-RAY DIFFRACTION5B194 - 424
6X-RAY DIFFRACTION6B425 - 485

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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