PDB-3on1: The structure of a protein with unknown function from Bacillus ha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3on1

タイトル

The structure of a protein with unknown function from Bacillus halodurans C

要素

BH2414 protein

キーワード

structural genomics / unknown function / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus halodurans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Fan, Y. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Edwards, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The structure of a protein with unknown function from Bacillus halodurans C
著者: Fan, Y. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Edwards, A.

履歴

登録	2010年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3on1.cif.gz	54.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3on1.ent.gz	43.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3on1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3on1_validation.pdf.gz	418.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3on1_full_validation.pdf.gz	421.5 KB	表示
XML形式データ	3on1_validation.xml.gz	7.6 KB	表示
CIF形式データ	3on1_validation.cif.gz	9.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/3on1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/3on1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4v32-1 3r1p-6 2pyq-3 1r5x-1 6z2b-1 1gsv-d 3pyp-d 3dsg-1 2kky-d 4v2z-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC41278.0

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (2) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (3) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (2) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (2) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: BH2414 protein

11 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.239, 51.141, 55.751
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	BH2414 protein 分子量: 11032.677 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア) 株: C-125 / 遺伝子: BH2414 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KA76
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.95 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: Na formate 4M, 221NDSB 0.3M, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月4日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 11377 / Num. obs: 11377 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 58.76
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.226 / Mean I/σ(I) obs: 11.34 / Num. unique all: 465 / % possible all: 81.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect	collect	データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
ARP		モデル構築
WARP		モデル構築
HKL-3000		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.65→37.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 4.442 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.104
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20271	547	4.8 %	RANDOM
R_work	0.18356	-	-	-
all	0.18449	10740	-	-
obs	0.18449	10740	98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.26 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→37.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	751	0	0	107	858

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	893
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.029	1.979	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.607	5	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.189	23.429	35
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.152	15	185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.25	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	139
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	670
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.628	1.5	568
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.182	2	924
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.892	3	325
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.204	4.5	291
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.788	3	893

LS精密化シェル

解像度: 1.655→1.698 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	49	-
R_work	0.234	753	-
obs	-	-	94.35 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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