PDB-3omz: Crystal structure of MICA-specific human gamma delta T cell receptor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3omz

タイトル

Crystal structure of MICA-specific human gamma delta T cell receptor

要素

human Vdelta1 gamma delta T cell receptor delta1A/B-3

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin fold / Immune surveillance of cell stress protein MIC-A/B / MIC-A/B binding / Epithelium

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3.04 Å

データ登録者

Xu, B. / Holmes, M.A. / Strong, R.K.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of a {gamma}{delta} T-cell receptor specific for the human MHC class I homolog MICA.
著者: Xu, B. / Pizarro, J.C. / Holmes, M.A. / McBeth, C. / Groh, V. / Spies, T. / Strong, R.K.

履歴

登録	2010年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3omz.cif.gz	228.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3omz.ent.gz	186.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3omz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3omz_validation.pdf.gz	462 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3omz_full_validation.pdf.gz	480.2 KB	表示
XML形式データ	3omz_validation.xml.gz	26.6 KB	表示
CIF形式データ	3omz_validation.cif.gz	36.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/3omz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/3omz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5z11-d 1hj1-d 5a9i-1 5a9h-d 6pfq-1 5b09-1 4pqh-2 3fsd-1 3whp-d 4gix-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: human Vdelta1 gamma delta T cell receptor delta1A/B-3

C: human Vdelta1 gamma delta T cell receptor delta1A/B-3

E: human Vdelta1 gamma delta T cell receptor delta1A/B-3

G: human Vdelta1 gamma delta T cell receptor delta1A/B-3

117 kDa, 4 ポリマー
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1

A: human Vdelta1 gamma delta T cell receptor delta1A/B-3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.2 kDa, 1 ポリマー
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2

C: human Vdelta1 gamma delta T cell receptor delta1A/B-3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.2 kDa, 1 ポリマー
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3

E: human Vdelta1 gamma delta T cell receptor delta1A/B-3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.2 kDa, 1 ポリマー
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4

G: human Vdelta1 gamma delta T cell receptor delta1A/B-3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	112.370, 112.370, 108.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	human Vdelta1 gamma delta T cell receptor delta1A/B-3 分子量: 29232.941 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 RIL

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.86 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 0.4M ammonium sulfate, 1.0M lithium sulfate, 0.1M sodium citrate, 0.03M glycyl-glycyl-glycine, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月18日 / 詳細: Dual crystal, Si(111)
放射	モノクロメーター: Dual crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.04→50 Å / Num. all: 25563 / Num. obs: 25563 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.054 / R_sym value: 0.054 / Net I/σ(I): 48.4
反射シェル	解像度: 3.04→3.16 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.365 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SHELXS		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3.04→32.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.888 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.849 / SU B: 39.567 / SU ML: 0.338 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.849 / ESU R Free: 0.429 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30779	1324	5.1 %	RANDOM
R_work	0.26514	-	-	-
obs	0.26728	24654	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 90.023 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.22 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.04→32.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4999	0	0	0	4999

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	5108
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	3148
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.418	1.929	6946
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.814	3.004	7576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.161	5	671
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.928	22.88	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.383	15	620
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.14	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	772
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5858
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1141
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.24	0.3	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.236	0.3	3159
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.216	0.5	2338
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.1	0.5	2922
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.2	0.5	218
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.032	0.5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.19	0.3	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.281	0.3	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.247	0.5	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.803	2	3480
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.137	2	1426
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.414	3	5261
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.838	4	1981
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.765	6	1685
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.037→3.115 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.364	111	-
R_work	0.31	1779	-
obs	-	-	99.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5281	-0.0908	0.5124	8.7687	-3.711	4.2118	0.4184	0.4415	0.1418	-0.5227	-0.1091	0.3427	0.283	0.0804	-0.3093	0.3465	0.043	0.0139	0.2195	0.0594	0.1707	-15.406	48.66	-8.195
2	4.6698	1.2286	0.391	4.8952	-1.4616	3.1496	0.4898	-0.1877	0.274	0.5456	-0.0978	0.9723	-0.2704	-0.196	-0.3919	0.3285	-0.0767	0.0355	0.1754	0.008	0.2711	-23.402	39.222	7.613
3	7.1558	-3.2444	-2.9119	3.7577	3.3807	4.2581	0.4098	1.3686	-0.3952	-0.1869	-0.1391	-0.1886	0.0288	-0.4306	-0.2708	0.3151	0.0373	-0.0202	0.3988	-0.1373	0.053	-39.443	5.006	-8.804
4	4.1598	1.2901	-0.365	1.9086	0.1924	2.4676	0.4717	-0.1108	0.1604	0.2109	-0.2503	-0.0411	0.0114	0.1322	-0.2214	0.3479	-0.0864	0.1055	0.1962	-0.0705	0.2517	-36.121	15.455	8.809
5	5.478	3.8597	-0.2008	5.6141	2.3451	5.938	0.2762	0.0319	0.1531	0.3016	-0.0715	-0.236	-0.7613	1.0312	-0.2047	0.4395	-0.3138	-0.017	0.4611	0.1342	0.1114	-43.605	5.903	-46.711
6	4.8185	-0.3968	-0.9104	3.4213	1.9835	5.7594	0.3236	0.9587	-0.2848	-0.6453	0.3793	-1.2371	-0.7426	2.1201	-0.7029	0.2398	-0.3967	0.1753	1.2893	-0.0329	0.3779	-30.658	1.097	-59.764
7	3.0802	0.1133	-1.6197	5.663	-3.3131	12.7558	0.1617	0.5371	-0.4479	0.0479	0.564	0.7862	0.5708	-1.2231	-0.7257	0.6537	0.1668	-0.2371	0.3845	-0.0479	0.0627	-18.43	52.518	-47.858

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 105
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	106 - 250
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	11 - 100
4	X-RAY DIFFRACTION	4	C	101 - 250
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	13 - 108
6	X-RAY DIFFRACTION	6	E	109 - 247
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	12 - 241

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