[日本語] English
万見
- PDB-3oml: Structure of full-length peroxisomal multifunctional enzyme type ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oml
タイトルStructure of full-length peroxisomal multifunctional enzyme type 2 from Drosophila melanogaster
要素Peroxisomal Multifunctional Enzyme Type 2, CG3415
キーワードOxidoreductase / Hydrolase / Rossmann fold / hot-dog fold / hydratase 2 motif / Peroxisomes / lyase
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / alpha-linolenic acid (ALA) metabolism / Beta-oxidation of pristanoyl-CoA / Beta-oxidation of very long chain fatty acids / Peroxisomal protein import / : / (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / enoyl-CoA hydratase 2 / 3-hydroxyacyl-CoA dehydratase activity / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) activity ...Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / alpha-linolenic acid (ALA) metabolism / Beta-oxidation of pristanoyl-CoA / Beta-oxidation of very long chain fatty acids / Peroxisomal protein import / : / (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / enoyl-CoA hydratase 2 / 3-hydroxyacyl-CoA dehydratase activity / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) activity / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA oxidase / (3S)-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / enoyl-CoA hydratase activity / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / fatty acid beta-oxidation / peroxisome / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #4290 / : / MFE-2 hydratase 2 N-terminal domain / : / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / short chain dehydrogenase ...Helix Hairpins - #4290 / : / MFE-2 hydratase 2 N-terminal domain / : / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / short chain dehydrogenase / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / Helix Hairpins / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Roll / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxisomal multifunctional enzyme type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Haataja, T.J.K. / Koski, M.K. / Glumoff, T. / Hiltunen, J.K.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2011
タイトル: Peroxisomal multifunctional enzyme type 2 from the fruitfly: dehydrogenase and hydratase act as separate entities, as revealed by structure and kinetics.
著者: Haataja, T.J. / Koski, M.K. / Hiltunen, J.K. / Glumoff, T.
履歴
登録2010年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月24日Group: Database references
改定 1.32014年10月8日Group: Database references
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Peroxisomal Multifunctional Enzyme Type 2, CG3415


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1741
ポリマ－66,1741
非ポリマー00
水2,486138
1
A: Peroxisomal Multifunctional Enzyme Type 2, CG3415

A: Peroxisomal Multifunctional Enzyme Type 2, CG3415


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,3482
ポリマ－132,3482
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
Buried area11320 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area45150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.480, 114.480, 89.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 Peroxisomal Multifunctional Enzyme Type 2, CG3415 / GH14720p


分子量: 66174.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG3415, Dmel_CG3415 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: Q9VXJ0, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.24 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris, 1.0 M NaCl, 20 % (w/v) PEG 5000 MME, 5 mM NAD+ , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K, pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月25日
放射モノクロメーター: Si 311 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→28.1 Å / Num. all: 31114 / Num. obs: 31008 / % possible obs: 99.66 %
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1PN4 AND 1GZ6

1pn4

1gz6


解像度: 2.15→28.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 18.872 / SU ML: 0.212 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.268 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28542 1636 5 %RANDOM
Rwork0.23431 ---
obs0.23686 31008 99.66 %-
all-31114 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 65.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å20 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→28.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4038 0 0 138 4176
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223972
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2021.9655394
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9395526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.61124.78159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.86615617
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7561519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2629
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212998
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4471.52613
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.81224158
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.31531359
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9814.51236
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.205 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 118 -
Rwork0.319 2253 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3534-2.772-1.53064.731.55882.7944-0.8579-0.2705-1.2311.4305-0.10980.93321.2589-0.28850.96770.9429-0.20640.61360.23-0.07980.5713-59.79534.8045.412
27.2348-3.1814-1.88746.08523.63692.53960.08390.54640.9293-0.1632-0.2385-0.2801-0.2039-0.560.15460.25090.0584-0.00450.5421-0.23770.4398-69.18870.5940.473
35.5854-2.3081-0.18124.4087-0.67013.50040.0788-0.0951-0.3474-0.07770.06641.01770.0857-1.0351-0.14520.0944-0.1138-0.01130.44720.01180.2475-49.06786.0556.563
43.1896-0.3132-0.11153.23710.07374.3938-0.0129-0.34160.5977-0.01150.10040.3681-0.5626-0.5687-0.08750.12660.0315-0.01190.1836-0.0320.2046-41.02898.1174.923
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 251
2X-RAY DIFFRACTION2A252 - 312
3X-RAY DIFFRACTION3A313 - 450
4X-RAY DIFFRACTION4A459 - 592

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る