PDB-3omd: Crystal structure of unknown function protein from Leptospirillum...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3omd

タイトル

Crystal structure of unknown function protein from Leptospirillum rubarum

要素

Uncharacterized protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-2 / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative / MCSG

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Leptospirillum rubarum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Chang, C. / Xu, X. / Cui, H. / Chen, Z. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of unknown function protein from Leptospirillum rubarum
著者: Chang, C. / Xu, X. / Cui, H. / Chen, Z. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年8月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3omd.cif.gz	146 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3omd.ent.gz	123.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3omd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3omd_validation.pdf.gz	430.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3omd_full_validation.pdf.gz	432.4 KB	表示
XML形式データ	3omd_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	3omd_validation.cif.gz	25.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/3omd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/3omd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3m6jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6top-3 6xxu-d 6g0h-d 2hkv-d 4oyj-1 6i9o-4 2p0b-d 4ntg-1 5xic-3 1io0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC41476.0

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

34.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

ソフトウェアが定義した集合体
17.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Uncharacterized protein

ソフトウェアが定義した集合体
17.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.910, 66.259, 78.044
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 17098.645 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 7-140 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leptospirillum rubarum (バクテリア) 遺伝子: UBAL2_82410030 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)gold / 参照: UniProt: A3EP82
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.63 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M Bis-tris, 1.0M tri-Ammonium Citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月24日
放射	モノクロメーター: Si(111)double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 56691 / Num. obs: 54961 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 19.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 39
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.571 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 2671 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定
Coot		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.5→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 2.249 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.067
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1864	2793	5.1 %	RANDOM
R_work	0.151	-	-	-
all	0.1528	54899	-	-
obs	0.1528	54899	99.52 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 57.52 Å² / B_iso mean: 21.3817 Å² / B_iso min: 8.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2392	0	0	346	2738

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	2634
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.558	1.958	3595
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.632	5	328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.792	23.358	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.966	15	448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.295	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	356
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	2134
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.377	1.5	1584
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.096	2	2586
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.826	3	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.622	4.5	1009
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.951	3	2634

LS精密化シェル

解像度: 1.502→1.541 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.233	209	-
R_work	0.213	3683	-
all	-	3892	-
obs	-	3992	97.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2356	-0.2012	0.2161	0.8305	0.0935	1.5142	-0.018	-0.1555	0.016	0.0057	-0.0369	0.0727	-0.0301	-0.0991	0.0549	0.036	0.0053	0.0123	0.0298	-0.0152	0.0284	31.6089	37.9606	19.5695
2	1.7866	0.3206	-0.2418	1.4807	0.2214	2.0059	-0.0081	-0.12	-0.1768	-0.0299	0.0671	-0.0711	0.0558	0.2376	-0.059	0.0518	0.0197	0.0139	0.0438	0.0003	0.033	47.4179	32.3947	15.9911
3	1.2887	-0.938	0.1028	2.5338	0.9165	1.8099	-0.0048	0.2521	-0.0005	-0.1722	0.0144	0.0242	-0.2049	0.132	-0.0096	0.0592	-0.0103	0.0167	0.0736	0.0074	0.0125	37.1254	36.4164	-2.3946
4	1.1781	-0.8504	0.0435	1.3971	-0.3044	0.7212	0.0378	0.019	-0.1479	-0.0547	-0.0421	0.1721	0.0828	0.0335	0.0042	0.0302	0.0165	0.0065	0.0708	-0.0386	0.0582	50.3725	10.6297	-3.4748
5	1.6432	-0.2181	0.156	1.569	-1.1968	4.074	0.102	0.0925	0.068	0.0807	-0.0174	0.0466	-0.263	0.0429	-0.0846	0.0506	0.0048	0.0298	0.0418	-0.0203	0.0363	48.9665	27.6016	-2.5605
6	1.7311	-1.3516	-0.6268	1.211	0.7134	4.4954	-0.0378	-0.0909	-0.0883	0.092	0.1187	0.0426	-0.1459	0.4989	-0.0809	0.0625	-0.0076	0.0063	0.0636	-0.0017	0.0458	53.1141	19.2636	17.1616

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-4 - 84
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	85 - 98
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	99 - 140
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	-4 - 84
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	85 - 98
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	99 - 140

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関連情報:EMDBヘッダ

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